Hulab Journal Club

[Software] MEGA5 for Mac is out

2011-01-28T12:03:00.000-08:00

MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis)是一個相當不錯的分子演化／譜系分析的工具，1993年以來，一直都只在Windows系統中可用；在經過一陣子的beta測試後，正式版MEGA5 for Mac終於出版了。有興趣的人可以到MEGA的網頁去下載，是免費的。
(Of course there is a MEGA5 for Win as well. Check the one you prefer.)

[Paper] Primitive agriculture in a social amoeba

2011-01-20T08:03:00.000-08:00

Authors:
Debra A. Brock, Tracy E. Douglas, David C. Queller & Joan E. Strassmann

Paper: Nature 469:393-396. (Direct link to Nature website)

Abstract
科學家們第一次發現黏菌也會進行農業！作者們在野外採集時發現，當一種阿米巴Dictyostelium discoideum在吃細菌後，其形成的fruiting body中，約有1/3會把沒吃完的細菌包在裡面，另外2/3則不會有細菌在fruiting body中。當孢子抵達新的環境後，若當地沒有他們喜歡的細菌，則有帶細菌的阿米巴會活得比較好，但若所到的新環境有很多他們喜歡的細菌，則沒帶的阿米巴會活得較佳。（－是的，連阿米巴也會挑食。）

明顯的這是一種聰明的生存策略，也在族群中保持了一個巧妙的平衡。

在The Scientist中也有介紹這篇文章的報導，可以先看。

[Paper] Nitrogen stress response of a hybrid species: a gene expression study

2011-01-12T23:15:00.000-08:00

出處: Annals of Botany, 2011, 107: 101-108

作者: Larry C. Brouillette and Lisa A. Donovan

摘要:

Helianthus anomalus是一種雜交起源的一年生向日葵，根據先前的研究顯示，相較於父母親本，此雜交種可生活於較低肥沃度的土壤當中，也產生相對適應的特徵，包含較低的生長速率與較長的葉子存活時間。cDNA microarray的方式發現此三種物種在不同營養處理下，會有不同的表現情況。已經screen到5個可能參與基因，其中一個的同源基因是阿拉伯芥葉子老化有關的基因-catalase 1。作者認為這樣的研究有助於生活在貧瘠環境的作物基因調控的了解。

[Paper] Sexual dimorphism in resource acquisition and deployment: both size and timing matter

2011-01-12T22:41:00.000-08:00

出處: Annals of Botany, 2011, 107: 119-126

作者: Julia Sa´nchez Vilas and John R. Pannell

摘要:

雌雄異株的植物，因為功能性的差別，雌雄個體在生活史或是植物個體的大小也會有不同。本篇文章使用一年生雌雄異株的Mercurialis annua作為研究材料，了解不同性別隨著生長時間的改變，碳與氮對於生長及生殖組織上資源的分配。結果發現在生殖初期，雄株會比雌株分配較多資源，此趨勢到了晚期則會相反。在晚期時，雄株相對而言投資較多部份在根部，但是實際上雌株的根會比較大。研究證實雌雄個體的資源分配，不僅在空間上，在時間上也會有性別分化的產生。

[Review] Using proteomics to study sexual reproduction in angiosperms

2010-11-15T00:22:00.000-08:00

出處: Sexual plant reproduction, 2010

作者: Ja´n A. Miernyk • Anna Pretˇova´ • Adela Olmedilla • Katarı´na Klubicova´ • Bohusˇ Obert • Martin Hajduch

摘要：

蛋白質體的研究在過去十年間明顯地增加，不論是在方法學的增進、技術的進步或是機器的靈敏度，都有顯著的成長。本篇review對於樣品製備、gel-based及gel-free的方法以及解釋資料的分析等在植物生殖生物學中的應用，提供了一個簡短的介紹。並且整理了目前利用蛋白質體學研究被子植物生殖的報導（例如在花、雄配子體、自交不親和、種子不孕、胚乳發育、無配生殖等研究結果），以及對於這個方法將來研究的發展與方向提出討論。

[Review] Adaptation genomics: the next generation

2010-11-14T22:31:00.000-08:00

出處: Trends in Ecology and Evolution, 2010, 25: 705-712

作者: Jessica Stapley1, Julia Reger1, Philine G.D. Feulner, Carole Smadja, Juan Galindo1, Robert Ekblom, Clair Bennison, Alexander D. Ball, Andrew P. Beckerman and Jon Slate

摘要

此篇review是第一篇整理next generation sequencing(NGS)於genome adaptation應用的文章。現在仍有許多困擾著生態遺傳學家的問題，舉例來說，有多少基因參與適應？當環境狀況改變時，genome適應的改變是否採用已經存在的變異或是必需要有新的突變產生？NGS資料將會協助回答這些難解的問題。

[Paper] Mutational dynamics and phylogenetic utility of noncoding chloroplast DNA

2010-11-02T08:15:00.000-07:00

Authors: Borsch T and Quandt D
Source: Plant Systematics and Evolution (2009) 282:169-199.
Note:
The authors studied the mutational dynamics of introns and spacers in plastid genomes. They reviewed some of the well-known markers and the argued the usage of them for phylogenetic analysis. The bottom line is that the structural information is needed to be incorporated.
Also, they put up an erratum in PSE 2010 284:129. There are some mislabeling in Figure 1.

[Paper] Universal primer for chloroplast trnK/matK

2010-11-02T08:11:00.000-07:00

Title: Universal primers for the amplification of the plastid trnK/matK region in land plants
Authors: Susann Wicke & Dietmar Quandt
Source: Anales del Jardin Botanico de Madrid (2009) 66:285-288.
Note:
I ran across this small paper talking about new primers for PCR of chloroplast trnK/matK of all land plants. They claimed these work for various land plants. Just try for yourself if you like.

[Paper] An Atlas of Type I MADS Box Gene Expression during Female Gametophyte and Seed Development in Arabidopsis

2010-10-26T15:22:00.000-07:00

Authors: Marian Bemer, Klaas Heijmans, Chiara Airoldi, Brendan Davies and Gerco C. Angenent
Source: Plant Physiology (2010) 154:287-300.
Abstract:
Type I的MADS-box基因研究的人比較少，在阿拉伯芥中有61個copies，但是除了PHERES1, AGL80, DIANA, AGL62, AGL23之外，幾乎沒有什麼報導。主要的原因在於大部份T-DNA insertion的mutant沒有什麼phenotype。作者利用系統性的gene expression研究，顯示這些基因大多表現於female gametophyte和早期的seed development。相對於MIKCc-MADS genes，是蠻有意思的比較，也許和世代交替的改變有關連。

[Paper] Computational morphodyamics: a modeling framework to understand plant growth

2010-10-26T15:11:00.000-07:00

Authors: Vijay Chickarmane, Adrienne H.K. Roeder, Paul T. Tarr, Alexandre Cunha, Cory Tobin, and Elliot M. Meyerowitz
Source: Annu. Rev. Plant Biology (2010) 61:65
Abstract:
這是一篇有關電腦模擬植物生長模式的review，作者們舉了很多的例子，說明目前modeling的應用性。Computer modeling在近幾年應用在植物生長，自細胞、個體、以至群聚模型上都有很大的進展。在不同參數的選擇下，可以模擬出各種發育的狀況。有興趣的人可以參考如CellModeller，OpenAlea等的網站，體驗一下這些新的工具。

[Paper] Land plant life cycle

2010-10-26T15:05:00.000-07:00

Authors: Karl J. Niklas and Ulrich Kutschera
Journal: New Phytologist (2010) 185:27
Abstract:
A paper summarized the evolution of life cycle in land plants. 雖然是一篇review，但是在分子證據的解讀上，有一些錯誤，讀的時候要小心。

[Paper] Cryptic dioecy in Mussaenda pubescens (Rubiaceae): a species with stigma-height dimorphism

2010-09-08T02:51:00.000-07:00

作者：Ai-Min Li, Xiao-Qin Wu, Dian-Xiang Zhang, and Spencer C. H. Barrett

出處: Annals of Botany （出版時間尚未確定）

摘要：

具有distyly特徵的玉葉金花，是不是一種隱性的雌雄異株(cryptic dioecy)？本篇文章結果顯示，具有長花柱型者花粉為無性，而短花柱型則不會結實，這代表了兩種花柱型的個體分別具有雌雄的功能。長花柱大孢子與雌配子體可正常發育，而花藥中的tepetal cell會提早瓦解，而導致雄不孕。相反地，短花柱中的小孢子及雄配子體發育正常，而大孢子及雌配子體在發育的各階段皆有退化的現象，無法形成正常的胚囊，雌不孕也因此產生。由此推論，玉葉金花的確是一種隱性的雌雄異株。

[Paper] GENES IN EVOLUTION

2010-08-22T18:32:00.000-07:00

出處：Annals of Botany, 2010, 106: 437-520

摘要：

本卷的主題是 gene in evolution: the control of diversity and speciation，可參考以下內容。

J. S. Pat Heslop-Harrison
Genes in evolution: the control of diversity and speciation
Ann Bot 2010 106: 437-438; doi:10.1093/aob/mcq168.
http://aob.oxfordjournals.org/cgi/content/full/106/3/437?etoc

Loren H. Rieseberg and Benjamin K. Blackman
Speciation genes in plants
Ann Bot 2010 106: 439-455; doi:10.1093/aob/mcq126.
http://aob.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/106/3/439?etoc

Tianhua He, Byron B. Lamont, Siegfried L. Krauss, and Neal J. Enright
Genetic connectivity and inter-population seed dispersal of Banksia
hookeriana at the landscape scale
Ann Bot 2010 106: 457-466; doi:10.1093/aob/mcq140.
http://aob.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/106/3/457?etoc

Naofumi Nomura, Tokushiro Takaso, Ching-I Peng, Yoshiko Kono, Kazuo
Oginuma, Yuki Mitsui, and Hiroaki Setoguchi
Molecular phylogeny and habitat diversification of the genus Farfugium
(Asteraceae) based on nuclear rDNA and plastid DNA
Ann Bot 2010 106: 467-482; doi:10.1093/aob/mcq139.
http://aob.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/106/3/467?etoc

Fabiola Parra, Alejandro Casas, Juan Manuel Penaloza-Ramirez, Aurea C.
Cortes-Palomec, Victor Rocha-Ramirez, and Antonio Gonzalez-Rodriguez
Evolution under domestication: ongoing artificial selection and divergence
of wild and managed Stenocereus pruinosus (Cactaceae) populations in the
Tehuacan Valley, Mexico
Ann Bot 2010 106: 483-496; doi:10.1093/aob/mcq143.
http://aob.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/106/3/483?etoc

Tao Shi, Hongwen Huang, and Michael S. Barker
Ancient genome duplications during the evolution of kiwifruit (Actinidia)
and related Ericales
Ann Bot 2010 106: 497-504; doi:10.1093/aob/mcq129.
http://aob.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/106/3/497?etoc

Juan Guo, Yunsheng Wang, Chi Song, Jianfeng Zhou, Lijuan Qiu, Hongwen
Huang, and Ying Wang
A single origin and moderate bottleneck during domestication of soybean
(Glycine max): implications from microsatellites and nucleotide sequences
Ann Bot 2010 106: 505-514; doi:10.1093/aob/mcq125.
http://aob.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/106/3/505?etoc

Tsutomu Ishimaru, Hideyuki Hirabayashi, Masashi Ida, Toshiyuki Takai,
Yumiko A. San-Oh, Satoshi Yoshinaga, Ikuo Ando, Tsugufumi Ogawa, and
Motohiko Kondo
A genetic resource for early-morning flowering trait of wild rice Oryza
officinalis to mitigate high temperature-induced spikelet sterility at
anthesis
Ann Bot 2010 106: 515-520; doi:10.1093/aob/mcq124.
http://aob.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/106/3/515?etoc

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[Review] Determination of sexual organ development

2010-07-22T02:48:00.000-07:00

作者: Chiara A. Airoldi

出處: Plant sexual reproduction, 2010, 23:53-62

摘要：

本篇review是針對目前花部器官決定基因對於性別器官發育調控機制的一個整理報告。分別討論有關調控的時間、空間、蛋白質交互作用及演化等問題進行討論。

[Paper] The gynoecium of male Anchietea pyrifolia (Violaceae): Preserved structure with a new function

2010-07-21T03:14:00.000-07:00

作者: Matthias H. Hoffmann, Julianade Paula-Souza, AxelFl ¨aschendr¨ager, MartinR¨ oser

出處: Flora, 2010, 205: 429-433

摘要：

Anchietea pyrifolia具有不對稱的花瓣，成為鏡像花中少數藉由鱗翅類授粉的例子。作者研究發現在此物種的雄花中，雌花器表面上仍可正常發育，但是不具有胚珠。而此柱頭當受到刺激或是壓力的影響，能夠分泌黏液。同屬於其他堇菜科的兩性花植物也具有此黏液，主要功能是協助花粉的收集。在Anchietea pyrifolia的雄花中，柱頭分泌黏液主要的功能可能是協助將花粉黏附在授粉者身上，而將pollen傳遞到雌花上。

[Paper] Horizontal Gene Transfer by the Parasitic Plant Striga hermonthica

2010-07-13T00:53:00.000-07:00

作者：Yoshida S, Maruyama S, Nozaki H, Shirasu K
出處：Science 2010 May 28 328(5982):1128

本篇作者報導了一個寄主與寄生植物間的HGT事件。特別的是，這是一個核基因的移轉，從單子葉跑到真雙子葉裡。

[Paper] Orthoptera, a new order of pollinator

2010-06-24T03:51:00.000-07:00

作者: Claire Micheneau, Jacques Fournel, Ben H. Warren, Sylvain Hugel, Anne Gauvin-Bialecki, Thierry Pailler, Dominique Strasberg and Mark W. Chase

出處: Annals of Botany, 2010 (105): 355-364

摘要

問起植物授粉者有哪些？回答不外乎是蜜蜂、蝴蝶、蛾、甲蟲或螞蟻等等。本篇文章提供了一個意想不到的發現-蟋蟀也有可能成為授粉者，而他們所協助的植物就是達爾文最喜歡提到的蘭花-Angraecum，具有非常長的花距，與其共演化的蛾也會具有長長的喙。但在Réunion島上特有的A. cadetii只具有非常短的花距，作者觀察在缺乏其他授粉者的情況下，夜行性的蟋蟀是此蘭花唯一的一個授粉者。本篇文章是蟋蟀作為授粉者的第一次報導。

以下是相關影片

[Review] Convergent evolution of seed dispersal by ants, and phylogeny and biogeography inflowering plants: A global survey

2010-06-23T00:02:00.000-07:00

作者：Szabolcs Lengyel, Aaron D.Gove, Andrew M.Latimer, Jonathan D.Majer, Robert R.Dunn

出處：Perspectives in Plant Ecology, Evolution and Systematics, 2010(12): 43-55

摘要：作者review了在開花植物中螞蟻傳播模式的分類、譜系關係及地理分佈的情況。整理後發現此類群植物目前至少有11000種，分布在77個科中，分屬於147個獨立起源事件。主要分布是在澳洲、南非及北溫帶。而種子吸引螞蟻傳播種子主要是受到一種lipid-rich的物質-elaiosome作為reward，作者認為產生elaiosome僅需要低能量的花費即可獲得選擇上的優勢(ex: 種子傳播、保護種子避免被食用及火燒、豐富的微生物環境)，可能是影響螞蟻授粉在被子植物中大量演化的原因。

[Paper] Introducing W.A.T.E.R.S.: a Workflow for the Alignment,Taxonomy, and Ecology of Ribosomal Sequences

2010-06-19T05:03:00.000-07:00

作者: Amber L. Hartman, Sean Riddle, Timothy McPhillips, Bertram Ludäscher, Jonathan A. Eisen
出處: BMC Bioinformatics 2010, 11: 317

摘要:
作者提供了一個16S rRNA (主要針對微生物)的軟體分析工具，可以進行sequence alignment、建構譜系樹等。讓微生物生態的研究更為容易、便利。

[Review] LEAFY blossoms

2010-06-19T04:38:00.000-07:00

作者: Edwige Moyroud, Elske Kusters, Marie Monniaux, Ronald Koes, and François Parcy
出處: Trends in Plant Science 2010, 15: 346

摘要:
LEAFY基因在被子植物花的形成扮演相當關鍵的角色。在裸子植物、蕨類和苔蘚中也發現有LFY-like基因，但其功能尚不清楚。作者檢視了近來的研究，提出LFY homologs原始的角色為調節細胞的分裂和排列，而在種子植物中獲得新的功能，如活化繁殖基因網路。

[Paper] Small mammal diversity loss in response to late-Pleistocene climatic change

2010-06-16T23:59:00.000-07:00

作者: Jessica L. Blois, Jenny L. McGuire & Elizabeth A. Hadl
出處: Nature-2010.465.771

摘要:
物競天擇，弱者生存

在距今約1萬年前的更新世末期大型哺乳動物（巨型動物）在全世界範圍內的滅絕是重大事件。它們是因人類屠殺或氣候變化才滅絕的嗎？那麼較小的哺乳動物（如嚙齒類、食蟲動物等等）呢？它們通常比巨型動物的化石記錄要全面得多，成為狩獵目標的可能性也要小得多。對加州北部一個豐富的小哺乳動物群落所做的一項研究表明，小哺乳動物通過滅絕來對更新世—全新世過渡期做出反應的可能性要小得多。相反，生物多樣性和均勻性受到影響，使得種群數量較少的物種變得更為稀少，同時使得那些更大眾化的弱小物種更為普遍。

[Short Communication] Faster evolution of highly conserved DNA in tropical plants

2010-06-11T04:07:00.000-07:00

Authors: L. N. Gillman, D. J. Keeling, R. C. Gardner and S. D. Wright
Source: Journal of Evolutionary Biology (2010) 23 (6): 1327-1330. (Click here to link to the paper)
Notes:
本篇比較45對分布於熱帶及溫帶的同屬植物物種的18S演化速率，發現熱帶物種的演化速率平均較溫帶物種的速率高出51%。此結果與同一團隊之前研究同樣材料ITS的結果（Wright et al., 2006）吻合，且兩DNA區域的演化速率呈正相關，說明了此現象也發生在較保守的DNA區域。
除植物方面的研究外，之前在哺乳類及有孔蟲也發現類似的現象。熱帶物種的演化速率較快，或許多少能解釋生物多樣性的緯度梯度。

[Paper]Complex distribution patterns, ecology and coexistence of ploidy levels of Allium oleraceum (Alliaceae) in the Czech Republic

2010-05-27T23:40:00.000-07:00

作者: Martin Duchoslav, Lenka S ˇ afa´rˇova´ and Frantisˇek Krahulec

出處: Annals of Botany, 2010, 105: 719-735

摘要

多倍體化的現象在植物當中履見不鮮，但是有很少的研究針對多倍體結構與地理親緣上做個連結。本篇文章研究了4347個來自325族群的Allium oleraceum利用flow cytometry及根尖壓片的方式，研究不同來源的多倍體與環境變異間的關係。結果顯示該物種有三種不同的多倍體型，其中以五倍體分佈最廣，四倍體及六倍體較不頻繁。根據分佈的情況，作者推論倍體數的演化應該是由四倍體至五倍體至六倍體的途徑。而不同的倍體數有不同的適應機制，造成複雜的分佈狀況。

[Letter] Genome streamlining in prokaryotes versus eukaryotes

2010-05-27T18:41:00.000-07:00

作者: Dag O. Hessen, Punidan D. Jeyasingh, Maurine Neiman and Lawrence J. Weider

出處: Trends in Ecology and Evolution, 2010, 25(6), 320-321

摘要:

長期以來對於真核生物為何要在genome中要保有如此多的沒有功能的序列仍有許多的爭議。本篇作者提出一個演化機制上的解釋，認為氮及磷在營養上的缺乏是促進這些含有高磷的DNA及RNA大量存在的原因。這樣的推論是基於1. 生物的最大生長速率與RNA濃度相關 2. 最大生長速率與genome size有成負相關 3. 生物的生長速率受限於所能獲得的磷及氮。

[Website] Datamonkey

2010-05-11T00:15:00.000-07:00

網頁連結： http://www.datamonkey.org/
簡介：
這是一個能在線上分析正向選汰(detection of positive selection)的網站，一些分析方法來自於HyPhy package的原始碼。介面還蠻單純的，如果覺得HyPhy用起來太繁雜，可以試試這個網站。這個網站的作者是UC San Diego的一個病毒演化研究團隊。

[Paper] Biparental plastid inheritance in angiosperms

2010-05-09T10:15:00.000-07:00

Authors: Quan Zhang and Sodmergen
Source: Journal of Plant Research (2010) 123: 201-206. (Click here to link to the paper)
Notes:
這篇文章討論為什麼有些被子植物要重新演化出雙親型質體遺傳。在被子植物中，其實有約20%的屬，有所謂的潛在雙親型質體遺傳(potential biparental plastid inheritance, PBPI)，其證據來自於雄性生殖細胞中所能偵測到的plastid DNA的比例。不過由於真的直接證據仍然很少，所以實際的比例仍然不知道。對於為什麼被子植物會有雙親型質體遺傳，作者認為最重要的原因應是被子植物希望藉由此機制，挽救有缺陷的質體。

[Paper] Plant distribution in Taiwan

2010-05-09T10:06:00.000-07:00

作者：C.-R. Chiou et al.
出處：Botanical Studies. 2010. 51. 89. (Click here to link to the paper)
簡介：
這篇文章分析有關台灣植物分布的起因，東北季風的影響應該比山塊蓄熱機制(以前也稱大山塊加熱效應)還要大。分析的資料來源，即為這幾年的國家植群調查計畫。

[Paper] Floral morphs, pollen viability, and ploidy level of Oxalis corymbosa DC. in Taiwan

2010-04-24T20:46:00.000-07:00

作者：Meng-Ying Tsai, Su-Hwa Chen and Wen-Yuan Kao

出處：Botanical Studies. 2010. 51. 81.

(Link to the article)

摘要：

Oxalis corymbosa (紫花酢醬草)在台灣是外來種植物，目前為止台灣的族群從來沒有結實的紀錄，本文嘗試探討何種原因造成紫花酢醬草在台灣無法行有性生殖。結果發現，雖然紫花酢醬草在原生地具有花柱三型性 (tristylous plant)的特徵，可是台灣的族群全都缺少長花柱型，另外，短花柱型與半等高花柱型其花藥呈白色且藥室內無花粉，中花柱型雖然具有花粉但活性偏低，因此紫花酢醬草在台灣無法正常結實。

[Paper] A Self-Incompatibility System Explains High Male Frequencies in an Androdioecious Plant

2010-04-22T22:45:00.000-07:00

作者：Pierre Saumitou-Laprade, Philippe Vernet, Christine Vassiliadis, Yves Hoareau, Guillaume de Magny, Bertrand Dommee and Jacques Lepart

出處：Science. 2010. 327. 1648.

(Link to the article)

摘要：
Phillyrea angustifolia是一種雄花/兩性異株花 (androdioecy)的植物，理論模式預測，在雄花/兩性異株花的族群裡，雄株的數量一定小於全體的50%，但是野外觀察顯示，在P. angustifolia的族群中，雄株的數量卻常高於50%。本文發現，該植物具有獨特的self-incompatibility system，兩性株分成兩型，第一型 (G1)產生的花粉只能在第二型 (G2)的柱頭上萌發，同樣的，G2的花粉也只能在G1上萌發，而雄株產生的花粉則可以在G1和G2上萌發。也就是說，雄株比起兩性株，確實具有較高的雄性生殖優勢，這一點可以解釋為何P. angustifolia的族群中雄株的頻度會高於理論值。

[Paper] Breeding systems and phylogenetic diversity of seed plants along a large-scale elevational gradient

2010-03-16T05:51:00.000-07:00

作者：Steven M. Vamosi and Simon A. Queenborough

出處：Journal of Biogeography. 2010. 37. 465.

(Link to the article)

摘要：

本文是少數探討不同海拔高度對雌雄異株植物頻度影響的文章。作者研究哥斯大黎加當地從海拔30公尺到2600公尺的範圍內其雌雄異株植物的多寡，結果發現，不管是雌雄異株植物的物種數或個體數，在海拔750公尺的地方都是最高的，然後往更高或更低的海拔物種數或個體數都會減少，另外作者也注意到，樣區內的雌雄異株物種比例與species richness和phylogenetic diversity呈正比。相對於雌雄異株，雌雄同株但異花的植物其分布則是與海拔呈反比，而且與species richness和phylogenetic diversity比較沒有關係。這樣的分布模式與作者的假設不同，作者原本假設雌雄異株頻度與海拔高度呈反比，或許海拔高度的改變會影響很多其他因子，因此對雌雄異株頻度的影響並不是簡單的線性關係。

[Paper] The reducible complexity of a mitochondrial molecular machine

2010-03-11T00:06:00.000-08:00

作者：A. Clements, D. Bursac, X. Gatsos, A. J. Perry, S. Civciristov, N. Celik, V. A. Likic, S. Poggio, C. Jacobs-Wagner, R. A. Strugnell, T. Lithgow.

出處：PNAS. 2009. 106. 15791.

(Link to the article)

摘要：

Irreducible complexity (IC)是指某些生物系統太複雜，無法由較簡單的系統漸漸演化而成，例如細胞內的某些分子機器，少了任何一個subunit就無法運作。IC的擁護者認為這樣的系統是演化論無法解釋的，而且他們也宣稱IC是智慧設計論強力的佐證。

本文提供了證據駁斥以上想法，即看似複雜的生物系統在分子層級還是可以逐步演化而來。作者研究粒線體膜上的蛋白質，並且與alpha proteobacteria的蛋白質互相比較。由於目前的證據顯示真核生物的粒線體是由alpha proteobacteria演化而來的，而從原核細菌到細胞內產生能量的胞器，存在於膜上的蛋白質通道系統是必須要演化出來的。作者發現在alpha proteobacteria的膜上有兩種蛋白質 (TimA與TimB)，序列與構造分別類似粒線體膜上的兩個蛋白質 (Tim44 與Tim14)，在粒線體中Tim44 與Tim14是通道系統 (Tim complex)中重要的兩個subunit，可是在alpha proteobacteria中TimA與TimB負責完全不同的任務。後續的研究顯示，只要少許的突變，TimB就具有Tim14在粒線體蛋白質通道系統中的功能。作者認為內共生演化剛開始的時候，粒線體上的蛋白質通道非常簡單，後來其他的subunit才漸漸加入蛋白質通道系統，並加強它的功能。

補充：

以下是最近Science上針對粒線體膜上蛋白質通道系統演化的文章。

作者： F. Alcock, A. Clements, C. Webb, T. Lithgow

出處：Science. 2010. 327. 649.

(Link to the article)

[Paper] Complex sex determination in the stinging nettle Urtica dioica

2010-03-10T05:32:00.000-08:00

作者：Grit A. Glawe and Tom J. de Jong

出處：Evolutionary Ecology. 2009. 23. 635.

(Link to the article)

摘要：

Urtica dioica是雌雄異株的植物，理論上seed sex ratio (SSR)應該要接近1:1，可是實際上的SSR變異很大，另外族群中偶爾會出現雌雄同株的個體，這些觀察顯示Urtica dioica的性別決定機制可能很複雜。

本文作者將雄株、雌株與雌雄同株的個體互相異交後，觀察下一代的性別與其比例。目前的資料看起來，one-locus-four-alleles的模式是最符合觀察到的現象，可是這無法解釋為何SSR有如此大的差異，所以應該還有別的機制參與性別的決定。

[Paper] Botanical symbols: a new symbol set for new images

2010-03-09T01:32:00.000-08:00

作者：NIKI SIMPSON

出處：Botanical Journal of the Linnean Society. 2010. 162. 117.

(Link to the article)

摘要：

符號雖然只是簡單的視覺元素，卻可以快速而簡潔的提供訊息給讀者。在植物學的研究中，好的照片和圖片是很重要的，能幫助讀者認識這個植物，不過有些訊息單純用圖片是不能表達的，這時如果能在植物圖片上給予簡單的符號，就可以更近一步幫助讀者快速的理解訊息。例如有些植物的手繪圖中並沒有畫出果實，那到底是這個植物從來沒有人發現過它的果實，還是某些原因畫家沒有畫出果實呢？如果這個植物已經確定是不孕的，那在圖片上的空白處加上"不孕"的符號，讀者立刻就會明白了。可是根據本文作者的研究，目前植物學界並沒有一套通用的符號，用來描述植物的外部型態或是狀態。

因此作者參考了過去文獻後，訂定了一套符號來描述植物特徵，像是雌雄異株、多年生、瀕危、花有氣味、喬木...等等，另外作者也創造了一個新的字型檔，方便大家在電腦上使用這些符號。

補充：

以下是本文作者的網頁，可以下載到作者創造的字型檔：

http://www.nikisimpson.co.uk/index.html

[Paper] Cryptic Dioecy in Nyssa Yunnanensis (Nyssaceae), A Critically Endangered Species from Tropical Eastern Asia

2010-02-11T23:32:00.000-08:00

作者：Bao-Ling Sun, Chang-Qin Zhang, Porter P. Lowry II and Jun Wen

出處：Annals of the Missouri Botanical Garden. 2009. 96. 672.

(Link to the article)

摘要：

植物學家最近又找到一種新的隱性雌雄異株 (cryptic dioecy)植物。Nyssa yunnanensis (雲南藍果樹)是一種瀕危的木本植物，生長在中國雲南。本文作者發現，雖然N. yunnanensis的花部型態呈現雄花/兩性異株花的現象 (androdioecious)，來自外觀兩性花的花粉卻是無孔的 (inaperturate)，而且無法在蔗糖溶液中萌發，這顯示外觀似兩性花的花朵其實應該是雌花。

[Book] Why Evolution is True

2010-02-10T04:29:00.000-08:00

作者：Jerry A. Coyne

出版社：Penguin Group USA

(博客來網路書店連結)

心得：

這是一本介紹演化生物學的書，和一般教科書或其他科普書籍不同的是，作者想要強調生物演化不只是"scientific theory"，而是"scientific fact"。第一章作者先簡介什麼是演化，以及科學上theory和fact等詞彙的概念，接下來後面各章從不同生物學的角度提出各種生物演化的證據。

我認為這本書除了很適合剛接觸演化生物學的人閱讀以外，熟知演化證據的人一樣也可以從中獲得莫大的啟發，可以欣賞一下作者寫作的技巧。

[Paper] Article-Level Metrics and the Evolution of Scientific Impact

2010-01-17T20:02:00.000-08:00

作者：Cameron, Shirley Wu

出處：Plos Biology. 2009. 7. e1000242.

(Link to the article)

摘要：

隨著科學發展日新月異，每年發表的科學文章數也越來越多，研究者顯然不可能看完所有文章，因此通常大家會希望優先閱讀所謂"好的"或者"重要的"文章。目前大部分的人習慣是先挑選好的期刊，然後閱讀裡面的文章，可是什麼是"好的"期刊呢？單純以impact factor來評斷期刊的優劣是有問題的，而且更重要的是，好的期刊裡的文章不見得就是好的，或者說，不一定符合研究者的需求。Journal impact 不等於article impact!

根據以上的理由，作者認為，科學家需要好的方法來篩選及度量文章 (article-Level Metrics)，取代目前以度量期刊為主的選擇方法。作者列了幾個方法，但是每一種都有一些優點或缺點。例如文章引用數很具代表性，可是需要一段長時間的等待才有結果；點閱數或下載數短時間就可以知道答案，但是代表性可能有問題；網路上的評論有時帶來很好的交流機會，可是目前規模還不夠大，而且有一些制度問題如果不解決，很難讓每位研究者都願意發言…。以上這些方法無所謂優劣，哪一種方法較合適應該要看每個人的個性與需求。

心得：

目前還沒有可以概括所有的優點的方法，不知道有沒有人有好的點子？

[Paper] Parthenogenesis Maintains Male Sterility in a Gynodioecious Orchid

2010-01-12T21:26:00.000-08:00

作者：

Shuang‐Quan Huang,

Yang Lu,

Ying‐Zhuo Chen,

Yi‐Bo Luo, and

Lynda F. Delph

出處：American Naturalist. 2009. 174. 578.

(Link to the article)

摘要：

Satyrium ciliatum (緣毛鳥足蘭)是蘭科中唯一gynodioecious (雌花/ 兩性異株花的物種)的例子。在不同的族群中，雌株與兩性株的比例有很大的變化，有些族群甚至只有雌株的存在，且seed-set在所有的族群中都很高，這很不尋常，因為在缺乏兩性株的族群內，Seed-set應該會因為pollen limitation的影響而降低，而且雌株在族群中的比例也不會太高。實驗證實，S. ciliatum的花即使不經過授粉，也可以經由無性生殖產生種子。這項機制幫助S. ciliatum的雌株可以用很高的頻度存在於族群中。

補充：以下的文章是Current Biology上針對這篇文章的介紹。

作者：John R. Pannell

出處：Current Biology. 2009. 19. R983.

(Link to the article)

[Paper] Correlated Evolution of Sexual System and Life-History Traits in Mosses

2010-01-11T22:07:00.000-08:00

作者：Monique Crawford, Linley K. Jesson and Phil J. Garnock-Jones

出處：Evolution. 2009. 63. 1129.

(Link to the article)

摘要：

本文研究苔類植物 (mosses)的性別系統演化與其生活型態的關係，結果發現，具有較大體型的苔類，配子體比較容易具有性別分化。另外，孢子越小的苔類也比較多性別分化的例子。染色體數較高的種類則有比較高的比例是不具性別分化。

心得：在描述苔蘚植物的生殖系統時，雖然有些詞彙與被子植物一樣，但是所指的意義不同，因為苔蘚植物的配子體世代明顯，因次這些詞彙的描述以配子體世代為主，而被子植物的描述以孢子體世代為主。

[Paper] The evolution and ecology of masquerade

2010-01-07T20:00:00.000-08:00

作者：John Skelhorn, Hannah M Rowland, Graeme D Ruxton

出處：Biological Journal of the Linnean Society. 2010. 99. 1.

(Link to the article)
摘要：
Masquerade照字面有假裝、化妝、冒充與假面舞會的意思。根據這篇文章，masquerade在生物學上的定義是，生物的外形藉由偽裝，造成其他生物錯誤的認知，因此增加masquerader的生存優勢。這概念乍看之下與擬態很像，但是本質不同。在擬態的例子中，例如Batesian mimics，被擬態的生物 (model)會因為擬態者的存在，使得掠食者或被掠食者的行為受到改變，而影響其生存。在masquerade的例子中，被模仿的model並不會受到其他生物的影響。像是外形很像鳥糞的蜘蛛 (Ornithoscatoides decipiens)，或是外形像樹枝的竹節蟲，都算是masquerade。
這篇文章給予masquerade嚴謹的定義，並且回顧過去的研究，以及提出未來的研究方向，雖然masquerade在自然界中並不少見，可是我們對於這個現象的了解還是很少。

[Paper] How to be an attractive male: floral dimorphism and attractiveness to pollinators in a dioecious plant

2010-01-06T05:46:00.000-08:00

作者：Marc O Waelti, Paul A Page, Alex Widmer and Florian P Schiestl

出處：BMC Evolutionary Biology. 2009. 9: 190.

(Link to the article)

摘要：

Sexual selection theory預測在雌雄異株的植物中，雄性生殖功能比較容易受到傳粉機會的限制，相對的，雌性生殖功能比較容易受到可養育後代資源多寡的限制。因此，對動物傳粉的植物，天擇應該傾向增加雄花的吸引力，用來吸引更多的授粉者，另一方面，天擇可能降低雌花的吸引力，避免草食動物找上門破壞雌花。本文研究Silene latifolia的傳粉生物學。這種植物的傳粉者是夜間活動的蛾類，而且特別的是，蛾類傳粉者會在雌花下蛋，幼蟲孵化後會食用S. latifolia的種子。花部外型測量與化學分析顯示，雖然雄花的floral display沒有雌花大，但是雄花產生的氣味化學物質明顯比雌花多。測試蛾類傳粉者對雄花和雌花的偏好實驗顯示，雄蛾對雄花會有明顯的偏愛，可是雌蛾則對兩種花沒有特別的喜好。綜合以上結果，S. latifolia的雄花顯然以氣味增加自己的吸引力，而這種趨勢符合Sexual selection theory的預測。

補充：

作者在討論有提到，雌蛾如果發展出對雌花特別的偏好，應該也很合理，不過實驗結果並不是如此，或許懷孕的雌蛾與一般的雌蛾對花朵的偏好並不同。

[Paper] A comparison of pollen-siring ability and life history between males and hermaphrodites of subdioecious Silene acaulis

2010-01-04T22:01:00.000-08:00

作者：Marianne Philipp, Ruth Bruus Jakobsen and Gösta Nachman

出處：Evolutionary Ecology Research. 2009. 11. 787.

(Link to the article)

摘要：

Silene acaulis生長在北極圈內或是高山上等寒冷的地方，是一種座墊狀植物 (cushion plant)，族群中具有雄株，兩性株和雌株等不同的個體，因此生殖系統屬於subdioecy。本文想要探討，不同性別的個體生殖能力是否不同，藉以預測在未來，S. acaulis的生殖系統是否會朝向dioecy或gynodioecy演化？實驗結果顯示，雄株的花朵比起兩性株雖然產生較多有活性花粉，不過花粉替種子受孕的能力在這兩種性別中並無顯著不同。而兩性株的大小明顯大於雄株，因此產生較多花朵，這使得兩性株具有額外的優勢。綜合各項資訊，理論模式預測如果S. acaulis生長的環境不變，其生殖系統最後會演變為gynodioecy。

心得：

完成各項與繁殖有關的測量後，就可以用簡單的數學 (這篇文章最後的model只有用到加法和乘除法而已)預測未來的模式，我覺得這是很好的研究。雖然只要用到model，難免都會有過分簡化的疑慮在。

[Paper] Pollination mode and life form strongly affect the relation between mating system and pollen to ovule ratios

2010-01-03T06:30:00.000-08:00

作者：Stefan G. Michalski and Walter Durka

出處：New Phytologist. 2009. 183. 470.

(Link to the article)

摘要：

Pollen to ovule ratio (P-O ratio; 花粉-胚株比)常被認為與植物的異交程度 (outcrossing rate)有關，換句話說，P-O ratio越大可能暗示了植物比較傾向outcrossing。但是除了mating system，P-O ratio也可能與其他因子有關，例如pollination mode (e.g. Biotic or Abiotic)或life form (e.g. woody or herbaceous)。本文檢視了P-O ratio與outcrossing rate, pollination mode與life form之間的關係。結果發現，在風煤傳粉的植物中，P-O ratio的確與outcrossing rate成正比，但是這樣的關係在動物傳粉的植物中並不明顯，另外，木本植物比起草本植物具有較高的P-O ratio，且木本植物的P-O ratio不隨著outcrossing rate而變化。這些結果顯示，pollination mode與life form對P-O ratio的影響可能比outcrossing rate還要大。

[Website] 台大演講網：冬季特餐-論文寫作系列

2009-12-29T00:47:00.000-08:00

http://speech.ntu.edu.tw/paper/

這裡有一些演講的錄影，講題都與論文寫作有關。注意，這些只能在台大的網路連結下觀看。

[Website] Biodiversity Heritage Library

2009-12-16T07:03:00.000-08:00

http://www.biodiversitylibrary.org/Default.aspx

這裡可以下載到一些分類文獻。

[Website] Handbook of Biological Statistics

2009-12-09T05:42:00.000-08:00

http://udel.edu/~mcdonald/statintro.html

很棒的統計教學網站。

[Paper] Moving to mate: the evolution of separate and combined sexes in multicellular organisms

2009-11-26T21:28:00.001-08:00

作者：S. M. Eppley and L. K. Jesson

出處：Journal of Evolutionary Biology. 2008. 21. 727.

(Link to the article)

摘要：

生物在尋找交配機會的難易程度，可能會影響生殖系統的演化，例如被子植物中雌雄異株的比例較低，有些學者認為這是因為植物無法移動尋找伴侶，因此雌雄異株的植物在缺少適當傳粉媒介時會無法授粉，較不利生存。而脊椎動物在找伴侶時就比較主動，顯然他們具有較多雌雄異株的例子。

本文研究生物移動尋找伴侶的能力與生殖系統的關係，不同類群的多細胞生物的移動能力高低與生殖系統根據演化關係進行統計檢定，結果移動能力的改變的確與生殖系統的演化有關。

[Paper] The importance of scent and nectar filters in a specialized wasp-pollination system

2009-10-28T05:46:00.000-07:00

作者：Adam Shuttleworth and Steven D. Johnson

出處：Functional Ecology. 2009. 23. 931.

(Link to the article)

摘要：

Pachycarpus grandiflorus是一種產在南非的蘿摩科植物，花朵為輻射對稱，且開花時會產生大量的花蜜，以花部外型判斷P. grandiflorus應該會受到許多傳粉昆蟲的拜訪，可是野外觀察顯示這種植物幾乎只受到胡蜂的拜訪。本文證實P. grandiflorus特化為胡蜂專一受粉的植物。花朵散出的氣味專門吸引胡蜂，花朵產生的花蜜也只有胡蜂有興趣，分析花朵產生的反射光譜顯示P. grandiflorus的花在昆蟲眼中很不顯眼。以上的結果顯示P. grandiflorus的花以特殊氣味和花蜜吸引胡蜂，並且演化出不顯眼的反射光譜避免其他昆蟲拜訪。

這篇論文的重要性在於，一般而言我們習慣用花部外型判斷花朵有沒有特化以吸引專一的傳粉者 (例如很長的spurs)，在這個例子中，花部外型雖然沒有特化，可是其他的特徵的特化使P. grandiflorus仍然成為只吸引單一傳粉者的植物。

[Paper] APG III

2009-10-22T22:56:00.000-07:00

Angiosperm Phylogeny Group (APG) III 發表在今年十月的林奈氏學會。

請參考以下這篇：

An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG III

另外還有兩篇文章，一篇是討論陸生植物的分類：

A phylogenetic classification of the land plants to accompany APG III

還有各個科名的系統排列關係：

The Linear Angiosperm Phylogeny Group (LAPG) III: a linear sequence of the families in APG III

[Website] ESL assistant

2009-10-11T05:50:00.000-07:00

http://www.eslassistant.com/

這個網站點進去以後，可以把自己寫的英文文章複製貼上，然後網頁會幫忙檢查有沒有明顯的文法錯誤。

[Paper] Orchid Mimics Honey Bee Alarm Pheromone in Order to Attract Hornets for Pollination

2009-09-01T21:29:00.000-07:00

作者：Jennifer Brodmann,Robert Twele,Wittko Francke,Luo Yi-bo,Song Xi-qiang andManfred Ayasse

出處：Current Biology. 2009. 19. 1368.

(Link to the article)

摘要：

Dendrobium sinense (華石斛)是一種產在中國海南島的蘭花，本文作者發現這種蘭花開花時會發散一些化學物質，這些物質出現在蜜蜂的費洛蒙中，問題是，這些物質不會吸引蜜蜂，反而會吸引黃蜂－蜜蜂的掠食者－前來訪花。原來這是蜜蜂遇襲時會放出的警示物質，而且對黃蜂有很強的吸引力。因此華石斛是靠擬態蜜蜂的費洛蒙來吸引黃蜂，而黃蜂也是目前觀察的訪花者中唯一有效的受粉者。

[Paper] On the problems of a closed marriage: celebrating Darwin 200

2009-08-27T19:15:00.000-07:00

作者：John R. Pannell

出處：Biology Letters. 2009. 5. 332.

(Link to the article)

摘要：

這篇文章在談生物自交的問題。對生物來說，自交在某些條件下可以確保子代的產生，但是自交衰敗 (inbreeding depression)卻會對子代造成不良影響。達爾文曾經質疑過，世界上到底有沒有完全自交的生物？雖然有些植物被記錄為完全的閉花受粉 (cleistogamy)，但是也有可能只是開放受粉的花朵 (chasmogamy)至今尚未被發現而已。關於這項懷疑，我們可以利用現在的分子技術來檢查這些植物的基因體，看看近期有沒有發生recombination的痕跡來判斷有沒有異交發生。

另外作者提到androdioecy在植物與動物中所代表的意義有所不同，在植物中，一個沒有雄株存在的族群，族群內的兩性株可能自交也可能異交，可是在動物中，沒有雄性存在的族群其成員只能自交，有點類似植物中閉花受粉的族群，而雄性在這邊的角色，就很像開放受粉的花朵...。一樣的問題是，自然界中有沒有長久完全自交的動物族群？牠們會比較有可能滅絕嗎？這些問題有待進一步研究。

補充：

2007年在Botanical Review上有一篇review是專門在談閉花受粉這個主題，我之前在blog有寫一些介紹，大家可以參考一下這篇文章(Link to the article)。

[Book] 科學論文寫作入門

2009-08-24T04:44:00.000-07:00

作者：陳為堅

出版社：金名圖書有限公司

(博客來網路書店連結)

心得：

這本書有十二章，每一章都針對論文寫作中需要注意的地方加以論述。作者在解釋一些概念時，常常以自己的生活經驗加以比喻，所以讀起來會比其他類似的書籍親切一些。由於作者是台大公衛系的系主任，因此他在書中列舉的例子常常是公衛或生醫領域的論文，公衛或生醫領域的學生對這本書的內容應該很好吸收，不過即使是其他領域的學生看了也會很有幫助。本書花了許多篇幅講解圖和表的製作，另外也列舉了許多初學者容易用錯的英文用法。最後的附錄提到抄襲或剽竊的問題，值得大家思考。

[Book] 理科英文論文寫作

2009-08-11T20:52:00.000-07:00

作者：R. Lewis, N. Whitby and E. Whitby

譯者：劉華珍, 李珮華

出版社：眾文

(博客來網路書店連結)

心得：

本書旨在指引寫作者如何完成論文。全書依討論主題分成五大部分與許多章節，讀者可以依照自己的需要選擇章節來閱讀。除了一些基本的文法錯誤以外，有一些是在討論文章或段落的架構以及句子的寫法，對英文好但是不熟悉怎麼寫論文的人來說應該也有很大的幫助。

[Book] 如何撰寫和發表SCI期刊論文

2009-08-03T00:23:00.000-07:00

作者：金坤林

出版社：科學出版社

(博客來網路書店連結)

心得：

本書前半段在描述怎麼寫paper，後半段在教怎麼投稿。內容較偏實際操作時會遇到的問題，至於英文寫作的文法或是詞彙問題，這本書討論的比較少，但是像英文時態以及一些常見的錯誤作者也都有討論。我覺得值得一看。

[Paper] The timing of nectar secretion in staminal and staminodial glands in Lauraceae

2009-07-31T00:22:00.000-07:00

作者：J. G. Rohwer

出處：Plant Biology. 2009. 11. 490.

(Link to the article)

摘要：

樟科植物中開兩性花的成員常常具有heterodichogamy的現象，一朵花第一次開放時是雌花期，第二次開放時是雄花期。本文作者發現在這兩次花期中花朵都會產生花蜜，但是花蜜是由不同的構造分泌而來，雌花期時，花蜜是來自於第四輪雄蕊 (staminodial glands)，而雄花期時，花蜜則是來自於第三輪雄蕊 ( staminal glands)。

心得：

看起來這兩種分泌花蜜的構造都只能產生作用一次且作用時間不長，而這些植物在雌花期和雄花期都需要產生花蜜，因此產生這樣有趣的特化。

[Paper] Male sterility, fitness gain curves and the evolution of gender specialization from distyly in Erythroxylum havanense

2009-07-29T23:36:00.000-07:00

作者：F. Rosas, C. A. Dominguez

出處：Journal of Evolutionary Biology. 2009. 22. 50.

(Link to the article)

摘要：

本文研究異型花柱的植物演化成雌雄異株的可能性。傳統上，科學家認為受粉者的改變，可能會使異型花柱的植物中某一個類型容易貢獻較多的花粉，另一個類型容易接受較多花粉，這樣的作用可以導致性別分化，最終演化出雌雄異株的植物。除了以上的解釋，還有第二種可能途徑，就是在異型花柱植物中的某一型發生了雄不孕或雌不孕的突變，且該突變型在族群中漸漸取代了原有的類型。由於自交不親和的關係，如果這樣的突變發生，不只會讓原本那一個類型變成單性的，連帶也會直接影響另外一型的性別功能。以上的途徑很類似開完全花的物種經由gynodioecy演化為雌雄異株的途徑，不同的是，後者其族群需要發生至少兩次突變，一次雄不孕另一次為雌不孕，而本文研究的途徑只需要一次突變就有機會產生雌雄異株的植物。

Erythroxylum havanense (Erythroxylaceae)是一種異型花柱的植物，作者發現了族群中存在著某些性別表現的分化，短花柱型中可以找到從開兩性花到完全雄不孕的植株等種種變異。作者測量了 ﬁtness gain curves之後發現喪失雄性生殖功能的短花柱型比起兩性花的短花柱型具有較高的優勢，因此預測E. havanense之後會漸漸演化成雌雄異株的植物。

[Paper] 螞蟻在高山鳥巢蘭中的傳粉作用

2009-07-29T21:48:00.000-07:00

作者：王淳秋, 羅毅波, 台永東, 安德軍, 寇勇

出處：植物分類學報. 2008. 46. 836.

(Link to the article)

摘要：

螞蟻傳粉的植物在自然界中很少見，本文報導了一種產在中國四川的蘭科植物『高山鳥巢蘭 (Neottia listeroides)』其主要傳粉者是螞蟻。除此之外，本文也整理了目前已經發表有觀察到螞蟻傳粉現象的植物名錄。

[Paper] Ants Sow the Seeds of Global Diversification in Flowering Plants

2009-07-28T06:01:00.000-07:00

作者：Szabolcs Lengyel, Aaron D. Gove, Andrew M. Latimer, Jonathan D. Majer, Robert R. Dunn, Jerome Chave

出處：PloS ONE. 2009. 4. e5480.

(Link to the article)

摘要：

被子植物在白堊紀和第三紀大量分化，與動物的互相影響被認為是主因，例如與受粉者的共演化就是其中一個例子，另外，動物對於被子植物的種子傳播也有重要的影響。過去有學者認為，利用螞蟻傳播種子 (myrmecochory)這項特徵會促進植物的分化。這是因為螞蟻通常會把種子移到利於種子萌發的地方，促使植物滅絕的機率降低，另外螞蟻的傳播種子距離很短，這會使處在很小的地理範圍內的植物族群發生族群內的分化。

本文比較了具有myrmecochory這項特徵的分類群與其sister group的物種數與分化速率，結果以螞蟻散播種子的分類群具有較多的種數與較高的分化速率，作者認為myrmecochory對植物的分化有重要的影響。

悲慘的犯錯科學家

2009-07-13T10:38:00.000-07:00

Title: Life after fraud
Source: The Scientist 2009 23:28.
Note:
這是最近一篇有關曾經被判定違反科學倫理案件的人的訪談記錄。文章主要在說一些簽了認罪協定的一些科學家，他們後來的生活。有些違反科學倫理的判例，是申請計畫停權3-5年，理論上之後是可以回復一般人的生活，但是因為現在google太發達，每個人一查都會出現他的犯錯記錄。因此punishment永遠陰魂不散，基本上非常難再找到工作。有意思的是，在回覆的comments中，幾乎一面倒的沒有人同情這些科學家。看來我們真的要非常小心。

註：會看這篇文章，是因為最近又有一個scientific misconduct的新聞，有關阿拉巴馬大學研究人員被發現在8年研究期間實驗作假，所發表的16篇文章，現在都全數撤回(retract)。

The fading field

2009-06-10T09:37:00.000-07:00

Title: The fading field - traditional taxonomy
Source: The Scientist http://www.the-scientist.com/article/display/55708/
Note: 這篇有關關心分類學的存續的文章，請有心人參考。

[Review] Ecology and evolution of plant–pollinator interactions

2009-06-03T21:51:00.000-07:00

出處: Annals of botany, 2009, Volume 103, Number 9

摘要: 本期Ann bot為plant-pollinator研究的最新整理報導。題目如下, 有興趣者可參考。

Randall J. Mitchell, Rebecca E. Irwin, Rebecca J. Flanagan, and Jeffrey D. Karron
Ecology and evolution of plant–pollinator interactions
Ann Bot 2009 103: 1355-1363

Kazuharu Ohashi and James D. Thomson
Trapline foraging by pollinators: its ontogeny, economics and possible consequences for plants
Ann Bot 2009 103: 1365-1378

Jeffrey D. Karron, Karsten G. Holmquist, Rebecca J. Flanagan, and Randall J. Mitchell
Pollinator visitation patterns strongly influence among-flower variation in selfing rate
Ann Bot 2009 103: 1379-1383

Yoshiaki Kameyama and Gaku Kudo
Flowering phenology influences seed production and outcrossing rate in populations of an alpine snowbed shrub, Phyllodoce aleutica: effects of pollinators and self-incompatibility
Ann Bot 2009 103: 1385-1394

Robert J. Whelan, David J. Ayre, and Fiona M. Beynon
The birds and the bees: pollinator behaviour and variation in the mating system of the rare shrubGrevillea macleayana
Ann Bot 2009 103: 1395-1401

Randall J. Mitchell, Rebecca J. Flanagan, Beverly J. Brown, Nickolas M. Waser, and Jeffrey D. Karron
New frontiers in competition for pollination
Ann Bot 2009 103: 1403-1413

Carlos M. Herrera, Clara de Vega, Azucena Canto, and María I. Pozo
Yeasts in floral nectar: a quantitative survey
Ann Bot 2009 103: 1415-1423

Rebecca E. Irwin Realized tolerance to nectar robbing: compensation to floral enemies in Ipomopsis aggregata Ann Bot 2009 103: 1425-1433

Judith L. Bronstein, Travis Huxman, Brianna Horvath, Michael Farabee, and Goggy Davidowitz
Reproductive biology of Datura wrightii: the benefits of a herbivorous pollinator
Ann Bot 2009 103: 1435-1443

Diego P. Vázquez, Nico Blüthgen, Luciano Cagnolo, and Natacha P. Chacoff
Uniting pattern and process in plant–animal mutualistic networks: a review
Ann Bot 2009 103: 1445-1457

Martina Stang, Peter G. L. Klinkhamer, Nickolas M. Waser, Ingo Stang, and Eddy van der Meijden
Size-specific interaction patterns and size matching in a plant–pollinator interaction web
Ann Bot 2009 103: 1459-1469

Jeff Ollerton, Ruben Alarcón, Nickolas M. Waser, Mary V. Price, Stella Watts, Louise Cranmer, Andrew Hingston, Craig I. Peter, and John Rotenberry
A global test of the pollination syndrome hypothesis
Ann Bot 2009 103: 1471-1480

Nathan Muchhala, Angelica Caiza, Juan Carlos Vizuete, and James D. Thomson A generalized pollination system in the tropics: bats, birds and Aphelandra acanthus Ann Bot 2009 103: 1481-1487

Boris O. Schlumpberger, Andrea A. Cocucci, Marcela Moré, Alicia N. Sérsic, and Robert A. Raguso
Extreme variation in floral characters and its consequences for pollinator attraction among populations of an Andean cactus
Ann Bot 2009 103: 1489-1500

Jeff Ollerton, Siro Masinde, Ulrich Meve, Mike Picker, and Andrew Whittington
Fly pollination in Ceropegia (Apocynaceae: Asclepiadoideae): biogeographic and phylogenetic perspectives
Ann Bot 2009 103: 1501-1514

Jannice Friedman and Spencer C. H. Barrett
Wind of change: new insights on the ecology and evolution of pollination and mating in wind-pollinated plants
Ann Bot 2009 103: 1515-1527

W. Scott Armbruster, Thomas F. Hansen, Christophe Pélabon, Rocío Pérez-Barrales, and Johanne Maad
The adaptive accuracy of flowers: measurement and microevolutionary patterns
Ann Bot 2009 103: 1529-1545

Jeffrey K. Conner, Heather F. Sahli, and Keith Karoly
Tests of adaptation: functional studies of pollen removal and estimates of natural selection on anther position in wild radish
Ann Bot 2009 103: 1547-1556

Diane R. Campbell
Using phenotypic manipulations to study multivariate selection of floral trait associations
Ann Bot 2009 103: 1557-1566

Johanne Brunet
Pollinators of the Rocky Mountain columbine: temporal variation, functional groups and associations with floral traits
Ann Bot 2009 103: 1567-1578

Marcelo A. Aizen, Lucas A. Garibaldi, Saul A. Cunningham, and Alexandra M. Klein How much does agriculture depend on pollinators? Lessons from long-term trends in crop production Ann Bot 2009 103: 1579-1588

Eric Lonsdorf, Claire Kremen, Taylor Ricketts, Rachael Winfree, Neal Williams, and Sarah Greenleaf
Modelling pollination services across agricultural landscapes
Ann Bot 2009 103: 1589-1600

[Paper] Evolutionary Conditions for the Emergence of Communication in Robots

2009-05-21T22:41:00.000-07:00

作者：Dario Floreano, Sara Mitri, Stephane Magnenat and Laurent Keller

出處：Current Biology. 2007. 17. 514.
(Link to the article)

摘要：

本文作者利用機器人來模擬群體生物中溝通行為的演化。他們將十個機器人放在一塊區域中，這塊區域包含兩個裝置： "food source" (機器人碰到以後會充電)與 "poison" (機器人碰到以後電力會降低)。而他們設計的機器人具有會發光的環，攝影機與模擬神經電路程式，這樣的設計使機器人可以發光，並且在距離很近的時候看到其他機器人的光，而神經電路程式則決定了機器人如何發光與看到光之後如何反應，這些程式也加入了一些允許 "突變 "的機會。在每次的實驗後，他們會選出擁有最多電力的機器人，然後將其程式灌到下一代的機器人，重新開始試驗。簡而言之，他們希望模擬某些動物在自然界覓食，躲避危險等事件並且加入選汰的壓力。

經過500代以後，某些族群的機器人演化出了互助合作的模式，他們碰到"food source" 或"poison"時會發光通知其他機器人，也有的族群中出現了一些騙子，他們碰到 "poison"時會告訴其他機器人這是 "food source"。

心得：

Supplemental Data

以上的連結可以找到實驗影片，機器人實在太可愛了!!!

以下是一些網站的介紹：

http://discovermagazine.com/2008/jan/robots-evolve-and-learn-how-to-lie

http://www.dailygalaxy.com/my_weblog/2009/05/a-robot-hitler.html

我的介紹太過於簡化了，因為我很多東西都看不懂，大家有興趣自己看看...，總之我的感想是這個實驗很天才。

[Paper] Complete Primate Skeleton from the Middle Eocene of Messel in Germany: Morphology and Paleobiology

2009-05-19T23:26:00.000-07:00

作者：Jens L Franzen, Philip D Gingerich, Jörg Habersetzer, Jørn H Hurum, Wighart Von Koenigswald, B. Holly Smith and John Hawks
出處：Plos ONE. 2009. 4. e5723.
(Link to the article)

摘要：

一個研究團隊在德國發現目前保存最完整的靈長類化石，取名為Darwinius masillae，這隻靈長類生活在四千七百萬年前，研究者藉由外型特徵，重現了她的生活史，這可以解答一些人類演化的問題。

[Paper] Hermaphroditic Sex Allocation Evolves When Mating Opportunities Change

2009-05-18T10:36:00.000-07:00

作者：Marcel E. Dorken and John R. Pannell
出處：Current Biology. 2009. 19. 514.
(Link to the article)
摘要：
理論預測，在androdioecy或gynodioecy的族群中，兩性株會將資源多投資在與單性株相反的生殖功能上，例如在gynodioecy中，兩性株會加強雄性生殖功能的投資，因為雄性生殖功能越強的兩性株越有機會將其他胚株受孕。
本篇論文的作者以Mercurialis annua這種androdioecious的植物為實驗材料，建立數個實驗族群。半數的實驗族群只有兩性株，另外一半作者將雄株與兩性株的比例大致維持在1:1，這樣的實驗族群維持了三年，每年的作者會收集種子然後建立下一代的實驗族群。他們測量了每個族群內兩性株的雄性與雌性生殖功能，結果發現，三年過後沒有雄株的族群其兩性株投資了較多的資源在雄性生殖功能上，這樣的結果符合作者的預期，也就是當雄株消失時，天擇傾向篩選出雄性生殖功能較強的兩性株。
以下的文章與本篇paper同期，是這篇文章的導讀：
Sex Allocation: Evolution to and from Dioecy
作者：Lynda F. Delph
出處：Current Biology. 2009. 19. R249.

[Paper] Instability of Plastid DNA in the Nuclear Genome

2009-04-30T06:41:00.001-07:00

作者: Anna E. Sheppard and Jeremy N. Timmis
出處: PLoS Genetics 2009 5: e1000323
簡介:
Timmis團隊2003年在Nature發表了一篇paper，直接測量了在菸草花粉發育時葉綠體DNA轉移到細胞核的速度；同年Stegemann等人在PNAS發表了在菸草體細胞分裂(無性繁殖)時葉綠體DNA發生轉移的類似實驗；這兩篇paper的Corresponder Timmis和Bock在2008年在BioEssays共同發表了一篇這個主題的review。而Timmis團隊在2008年Plant Physiology的paper中顯示了在雄配子形成時以及體細胞分裂時，產生葉綠體DNA轉移到細胞核的情形較為頻繁。本篇paper延續這系列的實驗，顯示了在這些細胞核裡擁有葉綠體DNA的子代中，有些轉殖株在細胞核裡的葉綠體DNA並不穩定，而會在體細胞分裂或減數分裂時丟失。
相關閱讀：
Nature 2003 422:72-76
PNAS 2003 100:8828-8833
BioEssays 2008 30:556-566
Plant Physiology 2008 148:328-336

[Paper] MORE IS BETTER: THE USES OF DEVELOPMENTAL GENETIC DATA

2009-04-27T02:15:00.000-07:00

作者: Lena C. Hileman and Vivian F. Irish

出處: American Journal of Botany 96(1): 83–95. 2009.

年初就已出現的一篇討論花被片演化與B-class gene功能的文章.
再拿來複習一下挺不錯的

[Paper] Defensin-like polypeptide LUREs are pollen tube attractants secreted from synergid cells

2009-04-24T06:09:00.000-07:00

作者: Satohiro Okuda et al
出處: Nature 2008 458: 357-362
簡介:
引導花粉管生長的化學引誘劑
本期封面所示為一個花粉管在一種新發現的化學引誘劑LURE1引誘下按“N-形”形狀生長。精確的花粉管引導是開花植物成功受精的關鍵。花粉管引誘劑的概念是十九世紀末提出的，當時人們發現花粉管朝介質上被切除的雌蕊組織的方向生長。2001年，助細胞（英文名synergid cell，其位置在卵細胞旁）被發現分泌一種可溶因子，該因子引導花粉管向胚囊生長。現在，這些花粉管引誘劑終於被識別出來了。助細胞是從名為“藍豬兒”（Torenia fournieri）的植物中分離出來的，這種植物的獨特之處是有一個突出的胚囊。所分泌的引導因子被發現是富含半胱氨酸的多勝，屬於類似防衛素的蛋白，被命名為LUREs。

[Paper] Altered circadian rhythms regulate growth vigour in hybrids and allopolyploids

2009-04-24T06:00:00.000-07:00

作者: Zhongfu Ni, Eun-Deok Kim, Misook Ha, Erika Lackey, Jianxin Liu, Yirong Zhang, Qixin Sun & Z. Jeffrey Chen
出處: Nature 2008 457: 327-333
簡介:
雜交優勢的機制基礎
多倍性（或稱整基因組複製）是植物中常見的一種演化創新。幾種主要作物（包括小麥、棉花和油菜）是異源多倍體，含有兩個或多個趨異的基因組，而且一些植物也以種內和種間雜交體的形式存在。這樣的植物會有旺盛的生長現象。對兩種阿拉伯芥植物（Arabidopsis thaliana和A. arenosa.）的雜交體所做的一項研究，為了解雜交體生長能力增強的機制基礎提供了線索。研究表明，生物節律時鐘的表觀基因調製在異源多倍體中調節光合作用通道及澱粉代謝通道中的基因表達。因此，它們比其父輩積累更多葉綠素，產生更多澱粉，而且長得更大。所以，雜交體和異源多倍體植物似乎能通過可逆調整生物節律時鐘調控因子而從生理及代謝通道的控制中獲得優勢，以更好利用白天的時間。

[Paper] Parallel adaptations to high temperatures in the Archaean eon

2009-04-24T05:19:00.000-07:00

作者: Bastien Boussau, Samuel Blanquart, Anamaria Necsulea, Nicolas Lartillot & Manolo Gouy
出處: Nature 2008 456: 942-946
簡介:
現代生物的最後共同祖先——“LUCA”
人們對進一步了解“LUCA”很著迷。所謂“LUCA”，是假設存在的最後一個普遍性共同祖先，現存所有生物都是從它繁衍來的。來自距今35億∼38億年前的化石證據很少，所以尋找“LUCA”的人們依靠間接證據來獲取關於“LUCA”的生物信息及環境信息。根據來自現存基因組的基因證據對先祖蛋白序列所做重建表明，“LUCA”所處環境很熱，“LUCA”是嗜熱生物。但核糖體RNA（rRNA）序列過去被認為與一個溫度較低的環境相一致。一種新的“分子溫度計”方法可能已經解決了這一明顯的偏差。利用關於分子演化的最新數學模型對來自數百種現代物種的rRNA及蛋白序列所做分析表明，存在兩個環境溫度變化階段。後來變成“LUCA”的生物先是嗜中溫的，生活在大約60℃的水中，然後適應了較高的溫度（高於70℃），產生了一個嗜熱的共同祖先。隨著之後海洋溫度降低，細菌（Bacteria）和古細菌—真核生物（Archaea-Eukaryota）發生分化。

[Paper] Extinction Risk Escalates in the Tropics

2009-04-24T00:22:00.000-07:00

作者：Jana C. Vamosi and Steven M. Vamosi

出處：Plos ONE. 2008. 3. e3886.

(Link to the article)

摘要：

本文作者研究維管束植物在全世界各國的滅絕率，他們發現，地球上緯度越低，也就是越靠近熱帶的地方，滅絕率越高，世界上的大陸型國家都展現類似的趨勢，而對海島型國家而言，不論緯度高低普遍呈現很高的滅絕率。

心得：

這篇論文調查的基本單位是國家，因為通常植物誌調查記載的是每個國家的植物，而在估算瀕危植物上的資料來自IUCN的red list，這份名單也是以國家為單位，也就是說，這種方法目前最小的解析度就只能到國家了，不過有的國家幅員遼闊，每個地區的情況不是均質的，因此會影響到資料的解讀。

在這篇論文的fig 1中，每個國家都被依照滅絕率的高低上色，台灣是最危險的紅色，這樣的訊息值得我們注意。

[Paper] A partial but radical solution to the problem of nomenclatural taxonomic inflation and synonymy load

2009-04-18T03:00:00.000-07:00

作者：Alain Dubois
出處：Biological Journal of the Linnean Society. 2008. 93. 857

(Link to the article)

摘要：

作者希望現行的生物分類學命名法規可以做些修改。在目前的二名法系統下，完整的學名包括屬名與種小名，後面加上命名者的名字與命名年份。作者希望取消命名者的姓名，在種小名之後加上命名年份就可以了。這樣做至少有兩個好處，一個是減少學名的長度，二是減少部分同物異名的數量，這是因為某些學者輕率的命名只為了在歷史上留名，本文作者認為只加上命名年份的作法可以適當的停止這樣的作為。

另外作者也提到，即使只加上年份也不會影響後來的科學家查詢文獻，因為只要知道確實的年份，不知道命名者一樣可以找的到原始文獻，反而命名者的名字對資料搜尋的幫助比較小。

以上是這位作者大概的想法，這篇文章刊出之後，立刻也有學者站出來反駁他的意見。請參考以下的文章：

What's in a name? Or a namer's name? A reply to Dubois (2008)

作者：Stephen K. Donovan and Lars W. Van Den Hoek Ostende

出處：Biological Journal of the Linnean Society. 2009. 96. 709.

[Paper] SEP3: the " glue" for MADS box transcription factor

2009-03-02T22:42:00.000-08:00

作者：Richard GH Immink et. al.
出處: Genome Biology 25 Feb. 2009
Article URL: http://genomebiology.com/2009/10/2/R24

[Paper] A sheep in wolf’s clothing: do carrion and dung odours of ﬂowers not only attract pollinators but also deter herbivores?

2009-03-02T19:45:00.000-08:00

作者： Simcha Lev-Yadun, Gidi Ne'eman, Uri Shanas
出處： BioEssays. 2009. 31. 84.
(Link to the article)
摘要：
某些植物在開花時會產生腐屍或糞便般的臭味，一般認為這些味道是植物用來吸引蒼蠅或甲蟲類的昆蟲幫忙傳份，在這篇文章中作者提出了新的假說，他們認為這些味道除了吸引傳粉者還有別的功能：抵禦草食性動物的威脅。
心得：
這個主意聽起來很有道理，但仍需要一些實驗加以證實。更深入的一些想法是，吸引傳粉者與抵禦動物這兩個功能，在臭味剛演化出現時，哪一個是主要的功能？我覺得吸引傳粉者應該是最先出現的功用，而抵禦動物則是附加的功能。

[Paper] Density-Dependent Regulation of the Sex Ratio in an Annual Plant

2009-02-25T01:16:00.001-08:00

作者：Marcel E. Dorken and John R. Pannell
出處：American Naturalist. 2008. 171. 824

(Link to the article)

摘要：
本文作者以人工種植的Mercurialis annua族群模擬不同的族群密度，研究族群密度與植株性別比例的關係，他們證實子代族群的性別比例會受到親代族群密度的影響，親代族群密度如果越低，子代族群中雄株的比例也越低，作者認為親代族群的密度會影響兩性株的能量資源分配 (resources allocation)，低密度的環境下，兩性株會產生較多的花粉，這使得兩性株有較大的機會將自身的基因傳遞至下一代。

[Paper] DENSITY-DEPENDENT SELF-FERTILIZATION AND MALE VERSUS HERMAPHRODITE SIRING SUCCESS IN AN ANDRODIOECIOUS PLANT

2009-02-25T00:34:00.000-08:00

作者：Sarah M. Eppley and John R. Pannell

出處：Evolution. 2007. 61. 2349

(Link to the article)

摘要：
Mercurialis annua是一種大㦸科 (Euphorbiaceae)的植物，性別系統複雜，在歐洲大陸某些地區其族群是androdioecious的，但有些地區族群內卻沒有雄性植株存在。本文作者以人工種植的族群模擬不同的族群密度，證實族群密度如果越低， M. annua的自交比例就越高，這會使得雄株難以入侵密度低的兩性株族群，另外雄株比兩性株有更高的機率散播花粉，除了本身植物產生花粉的數量，作者認為花序的構造也會造成影響，因為M. annua是風媒傳粉的植物，雄株的花序是直立的，兩性株的花序是腋生的，這會讓雄花序散播花粉的能力較高。

[Paper] Associations between ﬂoral specialization and species diversity: cause, effect, or correlation?

2009-02-22T22:55:00.000-08:00

作者：W. Scott Armbruster, Nathan Muchhala

出處：Evolutionary Ecology. 2009. 23. 159.

(Link to the article)

摘要：

一般認為，被子植物之所以具有很高的多樣性，是因為它們演化出特化的動物授粉系統。很多研究都指出在被子植物中，具有越特化授粉系統 (specialized pollination)的分類群其物種數 (species richness)也越多。之前的假說認為特化的授粉系統會使分類群具有較高的種化速率 (speciation rate)，使物種數增加。本文的作者則提出了新的看法，他們認為特化授粉系統並不是促成物種數上升的原因，反而物種數高才是促使植物演化出特化授粉系統的原因，也就是說，他們提出了一種與之前假說相反的因果關係，這一套假說被稱為Character-Displacement model。作者在這篇論文中舉出先前假說的弱點，並且提出有利於Character-Displacement model的證據。

[Paper] Conﬂicting selection pressures on reproductive functions and speciation in plants

2009-02-22T22:23:00.000-08:00

作者：Asa Lankinen and Mattias C. Larsson

出處：Evolutionary Ecology. 2009. 23. 147.

(Link to the article)

摘要：

本篇文章探討開花植物中，雄性生殖功能與雌性生殖功能會造成不同的選汰壓力，這種性別衝突 (sexual conflict)可能會影響花部的演化，甚至造成種化。

[Paper] Pollination Biology of Jacaranda oxyphylla with an Emphasis on Staminode Function

2009-02-18T04:06:00.000-08:00

作者: Elza Guimaraes, Luiz Claudio di Stasi and Rita de Cassia Sindronia Maimoni-Rodella

出處: Annals of Botany. 2008. 102. 699.
(Link to the article)

摘要:

Jacaranda oxyphylla是紫葳科 (Bignoniaceae)的植物，開兩性花，花朵具有4枚雄蕊與1枚假雄蕊 (staminode)，假雄蕊比其他雄蕊長且外露，發育良好。本篇論文主要想探討J. oxyphylla的假雄蕊對生殖受粉有無幫助。

實驗結果顯示J. oxyphylla的假雄蕊具有許多trichome，這些trichome會分泌phenolic和terpenoid等化學物質，吸引蜂類前來幫忙傳粉。將假雄蕊移除後，柱頭上由傳粉者帶來的花粉數，與未移除假雄蕊的花朵相比，明顯較少。因此假雄蕊的存在有助於J. oxyphylla的生殖。

[Paper] Chromosome diversity and evolution in Liliaceae

2009-02-12T20:05:00.000-08:00

作者: L. Peruzzi, I.J. Leitch and K.F. Caparelli

出處: Annals of Botany 2009 103: 459-475

簡介:

作者參考目前已經發表的相關文獻，將百合科中的217個物種之染色體形態及基因組大小與百合科的譜系關係做個結合，由此推估百合科植物染色體的演化及多樣性。結果顯示，genome size的增加在染色體中呈現一種不對稱的現象，也就是DNA的增添多集中在較短染色體的長臂上，而非之前所認為DNA的添加在所有染色體中是相同的或等比例的。這樣大規模的在整個科中整合核型特徵及譜系關係，有助於我們對於染色體演化的了解。

[Website] Writer's Handbook

2009-02-06T21:32:00.000-08:00

Writer's Handbook
美國威斯康辛大學麥迪遜分校開設的網站，幫助大家英文學術寫作的能力。

[Paper] Do flowers wave to attract pollinators? A case study with Silene maritima

2009-02-06T03:41:00.000-08:00

作者: J. Warren and P. James
出處: Journal of Evolutionary Biology. 2008. 21. 1024.
(Link to the article)
摘要:

本文作者探討花朵晃動程度 (waviness)是否會影響植物吸引傳粉者，他們選擇的實驗材料是Silene maritima，這種草本植物花朵下方有花梗，而花梗的長短和粗細會有不同的擺動程度，進而使花朵有不同的晃動程度。作者想要研究的問題是晃動的花會不會吸引較多傳粉者？

實驗證據顯示花太會晃或太不會晃的植株結實率都偏低，適當晃動程度的花才具有最高的結實率，也就是花梗長短適中且偏細的植物最優勢，作者認為他們的實驗顯示花朵晃動程度這項特徵受到穩定選擇 (stabilizing selection)，並且強調過去研究中，花朵晃動程度對植物傳粉的影響可能被低估了。

心得:

不得不佩服他們的創意...，居然會想研究搖曳生姿能不能招蜂引蝶。

[Paper] Duodichogamy and androdioecy in the Chinese Phyllanthaceae Bridelia tomentosa

2009-01-30T05:49:00.000-08:00

作者: Shixiao Luo, Dianxiang Zhang and Susanne S. Renner
出處: American Journal of Botany. 2007. 94. 260.
(Link to the article)
摘要:
　　本文作者研究一種葉下珠科 (Phyllanthaceae)植物Bridelia tomentosa的傳粉生物學，B. tomentosa的生殖系統非常特殊，是屬於Duodichogamy的植物。Duodichogamy的定義是族群中植株花期呈現雄花期先，接著是一段雌花期，最後又是一段雄花期(male-female-male)，這種生殖系統很少見，全世界目前只有6種開花植物觀察到這種現象。
　　作者在觀察開花物候之後，發現B. tomentosa族群中大部分植株花期確實呈male-female-male的順序，但是部分植株失去了第一個雄花期，只剩下雌花期和第二個雄花期，更有趣的是，還有部分植株在整個花季只開出雄花，作者連續觀察三年發現這些只開雄花的植株表現都很穩定，因此推測這些植株已經喪失雌花期了。如果這樣的現象其基因表現已經固定了，根據定義，B. tomentosa也同時將是androdioecy的植物。

[Paper] Low conservation of gene content in the Drosophila Y chromosome

2009-01-13T00:53:00.000-08:00

作者: Leonardo B. Koerich, Xiaoyun Wang, Andrew G. Clark & Antonio Bernardo Carvalho
出處: Nature 2008 456: 949-951
簡介:
果蠅Y染色體上基因增加遠遠超過基因丟失
染色體組織在演化上基本上是穩定的。在果蠅中，超過95%的基因仍然保留在距今大約6,300萬年前分化的12個物種中的同一染色體臂上。然而，對Y染色體所做的一項研究顯示，黑腹果蠅與Y染色體相關的基因中只有1/4在其他11個所測序的物種中也與Y染色體相關。與以退化及基因丟失為特徵的哺乳動物Y染色體形成對比的是，果蠅Y染色體上的基因增加與基因丟失相比超過10比1。

與之前的理論似乎不符，也許這只是性染色體演化的過程，而不是演化走的大方向。

[Paper] Species Problem - A Philosophical Analysis

2008-12-18T02:32:00.000-08:00

作者: Richard A Richards
出處: Encyclopedia of Life Sciences. 2007. doi: 10.1002/9780470015902.a0003456

pdf file here

摘要:

Species常被視為演化生物學或者是生物多樣性的一個基本單位，但是生物學家們對species concept的定義卻往往不同，目前在文獻中已經超過有20種以上的species concept，而且沒有任何一種species concept是被所有人接受的。

本文提到了，解決這些混亂的方法，可能是利用Division of Conceptual Labour的概念，將species concept分為兩個層次，第一層是theoretical的，第二層是operational的，第一層的species concept是要很完備的，適合各種類群的生物，例如Evolutionary species concept將種視為historical lineage，這樣的想法可以解釋許多生物類群，包括有性繁殖或無性繁殖的生物，因此可以算是被大家廣泛接受，適合作為第一層的species concept。接下來，第二層的species concept就是大家如何實際上辨認historical lineage的方法，例如biological species concept就不是跟Evolutionary species concept對立的觀念了，其實biological species concept是幫忙生物學家實際分辨類群的準則，在某些動物之中很有效，其他類群不見得要用biological species concept當作分類的準則，可以用其他合適準則。

在這樣兩層species concept合作的情形下，我們或許可以解決這些紛擾的問題。

心得:

我這裡舉的例子並不是說Evolutionary species concept是用來當第一層種概念最好的選擇，實際上，在念了一些書之後，我還是搞不懂Evolutionary species concept和 Phylogenetic species concept的差別，這些英文的定義看過幾次還是很難懂，恩...或許有一天會懂吧。

[Paper] DNA methylation and heterochromatinization in the male-specific region of the primitive Y chromosome of papaya

2008-12-08T23:22:00.000-08:00

作者: Wenli Zhang, Xiue Wang, Qingyi Yu, et al.
出處: Genome Research 2008 18: 1938-1943
簡介:
性染色體衍生自一般染色體。在許多具異型X/Y染色體的物種中，性別決定區域重組的抑制與有害的突變導致Y染色體的退化。然而，重組抑制的區域如何從性別決定位點擴展到整條Y染色體，仍不清楚。這篇paper說明了木瓜Y染特體的特點，並推測DNA的methylation與heterochromatinization在性染色體的演化中扮演重要的角色。

[Paper] Across the Curious Parallel of Language and Species Evolution

2008-12-08T23:20:00.000-08:00

作者: John Whitfield
出處: PLoS Biology 2008 6: 1370-1372
簡介:
有趣的文章，語言的演進與物種演化兩者令人訝異的類似。

[Paper] Evolution of developmental mechanisms in plants

2008-12-08T23:18:00.000-08:00

作者: Jane A Langdale
出處: Current Opinion in Genetics & Development 2008 18: 386-373
簡介: 是一篇關於植物發育機制演化的review，並舉了一些例子說明。

[Paper] Twenty years of phylogeography: the state of the field and the challenges for the Southern Hemisphere

2008-12-01T01:42:00.000-08:00

作者: Luciano B. Beheregaray

出處: Molecular Ecology. 2008. 17. 3754.

(Link to the article, 台大有12個月全文檢視的delay, 電子檔已下載到epaper)

摘要:

Phylogeography是新興的學門，本文作者檢視過去20年的研究狀況，並對未來的發展提出建言。

[Paper] TRAIT-MEDIATED EFFECTS ON FLOWERS: ARTIFICIAL SPIDERS DECEIVE POLLINATORS AND DECREASE PLANT FITNESS

2008-11-16T01:47:00.000-08:00

作者: THIAGO GONC¸ ALVES-SOUZA, PAULA M. OMENA, JOSE CESAR SOUZA, and GUSTAVO Q. ROMERO

出處: Ecology. 2008. 89. 2407.

(Link to the article)

摘要:

本文作者以一種懸鉤子為實驗材料，研究授粉昆蟲的掠食者是否會間接影響開花植物的生殖效率。他們的做法是製作人工蜘蛛，然後放在花旁，觀察植物的結種子率以及昆蟲的訪花行為有無不同。他們發現假蜘蛛會造成花朵的被拜訪率下降與植物的結種子率下降，訪花昆蟲 (尤其是蜂類)可以依靠視覺辨識能力避開被掠食的危險。

心得: 本文作者成功證明，他們製作的人工蜘蛛實在是栩栩如生...。很有趣的研究，我覺得掠食者會降低拜訪率是可以想像的，現在我比較好奇，不是掠食者而在花朵附近活動的生物 (例如螞蟻)，會對訪花昆蟲帶來什麼樣的影響?

[Paper] Detection of rare paternal chloroplast inheritance in controlled crosses of the endangered sun flower Helianthus verticillatus

2008-11-08T19:08:00.000-08:00

作者: J. R. Ellis, K. E. Bentley and D. E. McCauley

出處: Heredity. 2008. 100. 574.

(Link to the article, 台大有12個月全文檢視的delay, 電子檔已下載到epaper)

摘要:

植物的葉綠體常被認為是母系遺傳的胞器，許多研究都建立在這樣的假設上，發展出許多預測模式與研究方法，但是很少研究直接驗證葉綠體是否真的都是母系遺傳。

本文作者以Helianthus verticillatus為實驗材料研究葉綠體的遺傳，結果他們發現有少數比例的葉綠體是父系遺傳的。

[Website] SymmeTREE

2008-11-07T20:46:00.000-08:00

SymmeTREE

這個網站可下載一個免費的軟體: SymmeTree，SymmeTree可以計算譜系樹中每個分支的diversification rate是否相同。

以下是關於SymmeTree的論文: SYMMETREE: whole-tree analysis of differential diversification rates

[Paper] Speciation through sensory drive in cichlid fish

2008-11-06T03:43:00.000-08:00

作者: Ole Seehausen et al.
出處: Nature 2008 455: 620-626
簡介: 物種形成可通過感官驅動而發生
非洲湖泊中的慈鯛魚是教科書中關於物種快速形成的典型例子，但其中所涉及的機制仍然不是很清楚。現在，對維多利亞湖中的慈鯛魚所做觀測研究，揭示了導致（通過自然和性別選擇進行的、由感官驅動的）物種形成過程的視覺系統趨異演化（表現為視覺基因的分化、雄性的彩色化和雌性的喜好）的生態及分子基礎。感官驅動假說預測，感覺和信號系統中對不同環境的趨異適應，可在種群的第二接觸點（secondary contact）上引起交配前隔離（premating isolation）。除了為証明物種形成可以通過感官驅動發生而不需要地理隔離提供明確證據外，這項工作還為在由人為原因造成的維多利亞湖富營養化期間慈鯛魚物種多樣性的崩潰提供了一個機制性的解釋。

[Paper] Reassessing the first appearance of eukaryotes and cyanobacteria

2008-11-06T03:23:00.000-08:00

作者: Birger Rasmussen, Ian R. Fletcher1, Jochen J. Brocks & Matt R. Kilburn
出處: Nature 2008 455: 1101-1104
簡介: 地球上出現光合作用的最早時間被修正
關於地球上能夠生成氧氣的光合作用，被人們廣泛接受的最古老的證據來自從澳大利亞Pilbara Craton距今27億年前的頁岩中提取出的烴類生物標記，它們被認為是真核生物及光合作用藍藻的證據。這麼早的時間引起了一些爭議，因為在能夠產生氧的藍藻在地球上最早出現的這個時間與大約3億年後引起大氣中氧含量增加的“大氧化事件”（great oxidation event）有一個很長的時間延遲。由Rasmussen等人所做的新的研究工作表明，有機生物標記不是太古代的，一定是在晚些時候、在距今大約22億年前之後進入岩石的。因此，真核生物及藍藻出現在地球上的最早的、明確無誤的化石證據分別應該被糾正為在距今17.8億∼16.8億年前和21.5億年前。

[Website] Encyclopedia of Life Sciences

2008-11-06T02:24:00.000-08:00

Encyclopedia of Life Sciences

這個網站上發表了一些跟生命科學有關的paper，這些

paper我發現web of science搜尋不到，所以大家如果要找資料，或許可以來這裡逛逛。

[Paper] Breeding systems and seed size in a neotropical flora: testing evolutionary hypothesis

2008-11-05T21:05:00.000-08:00

作者: Steven M. Vamosi1, Susan J. Mazer, and Fernando Cornejo
出處: Ecology. 2008. 89. 2461.
(Link to the article)
摘要:
一般認為，雌雄異株的植物與雌雄同株的植物相比，具有較大或品質較好的種子。有三種假說作出這樣的預測，第一種假說是，雌雄異株的雌株不需要花費能量產生雄性生殖器官，節省的能量自然可以讓雌株產生較大的種子，第二種假說是雌雄異株植物其effective populatiuon size比雌雄同株植物要低，在選汰的壓力，雌雄異株的植物必須產生較高品質的種子才能存活，最後一種假說是，雌雄異株的植物會受到嚴重的seed-shadow handicap，提高種子質量有利於雌雄異株植物種子的散佈。
本文作者檢視祕魯的Tambopata保護區內植物生殖系統與平均種子大小的關係。他們發現雌雄異株植物的確產生較大的種子，但是不同的生長型( trees, shrubs, lianas)的比較結果有所不同。

[Paper] SELFISH GENETIC ELEMENTS FAVOR THE EVOLUTION OF A DISTINCTION BETWEEN SOMA AND GERMLINE

2008-10-28T23:08:00.000-07:00

作者:Louise J. Johnson
出處：Evolution 2008 62(8):2122-2124

摘要:
多細胞生物的性腺特化,以往都被認為是對個體有益的適應性演化,也是有性生殖為了高效率製造配子的必然現象.本文作者則以自私基因的觀點來看,並建立簡易的model來推論selfish gene與性腺特化的關係.其認為性腺特化也有可能是一種自私基因主導下的產物,因為性腺特化更容易讓selfish gene傳遞.

分子演化速率快慢大不同

2008-10-28T02:19:00.000-07:00

標題: Rates of molecular evolution are linked to life history in flowering plants.
作者: Smith SA, Donoghue MJ
出處: Science 2008 322(5898):86-89

〝對植物而言，一或二年生的草本植物的分子演化速率，應該比多年生的木本植物快。〞過去的研究由於受限於樣本數不足或是僅檢測單一基因序列等問題，對此一直未能有一致的結論。本篇作者挑選了被子植物中的五個類群進行分析，序列也涵蓋了來自nuclear, chloroplast,& mitochondria的基因，最小的data matrix也有3.5 megabases；結果顯示各類群中草本植物的分子演化速率都較木本植物快上許多。

(brown for trees/shrubs; green for herbs)

[Paper] Nocturnal hunting of a brightly coloured sit-and-wait predator

2008-10-28T02:17:00.000-07:00

作者: I.-Min Tso, Jen-Pan Huang, Chen-Pan Liao

出處: Animal Behaviour. 2007. 74. 787.

(Link to the article)

摘要:

本篇paper中，作者證實Leucauge magnifica，一種產於台灣的蜘蛛，牠們主要於夜間捕食獵物，而且牠們腹部的黃班對獵物有著致命的吸引力。作者認為黃班對某些昆蟲是食物的象徵，例如花朵或是新長出的嫩葉，這使得夜間出沒的蛾類會被黃班所吸引。

補充:

這裡廣告一下，台大生演所所學會，很榮幸的邀請到本篇的第一作者，卓逸民老師來所上演講，演講的題目是蜘蛛為什麼那麼色，內容會包括這篇paper。時間是11/17下午3：30，在生科館3樓的視聽教室，歡迎大家蒞臨。

看不見的採花賊

2008-10-28T00:20:00.000-07:00

標題: Invisible floral larcenies: microbial communities degrade floral nectar of bumble bee-pollinated plants.
作者: Herrera CM, García IM, Pérez R.
出處: Ecology. 2008 89(9):2369-76

本篇作者檢視了三種蜜蜂授粉的植物，發現其花蜜中都含有數量不等的酵母菌。而酵母菌的存在不僅會降低花蜜的甜度，也會改變其中不同醣類的比例。因此，作者也提醒我們，微生物的存在與否及其數量，有可能會影響花蜜特徵。

[Paper] Pollination of Barringtonia racemosa (Lecythidaceae) by Moths on Iriomote Island, Japan

2008-10-21T22:05:00.000-07:00

作者: Norio Tanaka
出處: Annals of the Tsukuba Botanical Garden. 2004. 23. 17.
(台大網路無法下載電子檔，已將紙本影印)
摘要:
Barringtonia racemosa中文名稱為穗花棋盤腳，又叫水茄冬。世界上分布的範圍很廣，熱帶地區的非洲、亞洲和澳洲北部都有分布，台灣則分布在北部與南部的海岸地區。過去有人指出Barringtonia屬的傳粉者是蝙蝠，而B. racemosa開花的時間在晚上，而且依照花部特徵來判斷，的確有可能是蝙蝠授粉的生物。
本文作者觀察日本西表島上的B. racemosa族群，結果發現夜間會來訪花的是蛾類，牠們會吸食B. racemosa的花蜜，在觀察期間沒有任何蝙蝠來訪花。作者猜測，由於可能幫忙傳粉的蝙蝠種類Pteropus在沖繩地區已經滅絕了，而蛾類傳粉和蝙蝠傳粉的花朵在特徵上有許多類似之處，B. racemosa的傳粉者可能由蝙蝠轉變呈蛾類。
補充:

關於棋盤腳屬的傳粉生物學與物後研究，台灣也有人觀察過了，也是只有看到蛾類來訪花。請看以下自然保育季刊的連結: 台灣棋盤腳屬之開花受粉與物候介紹。