GBIF database

Global Biodiversity Information Facility (GBIF) provides a great interface for data retrieval on biodiversity information all over the world. The database contains quite a lot of data and can show you distribution of a certain species or genus within a few clicks.

[Software] MEGA5 for Mac is out

MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis)是一個相當不錯的分子演化／譜系分析的工具，1993年以來，一直都只在Windows系統中可用；在經過一陣子的beta測試後，正式版MEGA5 for Mac終於出版了。有興趣的人可以到MEGA的網頁去下載，是免費的。
(Of course there is a MEGA5 for Win as well. Check the one you prefer.)

[Paper] Primitive agriculture in a social amoeba

Authors:
Debra A. Brock, Tracy E. Douglas, David C. Queller & Joan E. Strassmann

Paper: Nature 469:393-396. (Direct link to Nature website)

Abstract
科學家們第一次發現黏菌也會進行農業！作者們在野外採集時發現，當一種阿米巴Dictyostelium discoideum在吃細菌後，其形成的fruiting body中，約有1/3會把沒吃完的細菌包在裡面，另外2/3則不會有細菌在fruiting body中。當孢子抵達新的環境後，若當地沒有他們喜歡的細菌，則有帶細菌的阿米巴會活得比較好，但若所到的新環境有很多他們喜歡的細菌，則沒帶的阿米巴會活得較佳。 （－ 是的，連阿米巴也會挑食。）

明顯的這是一種聰明的生存策略，也在族群中保持了一個巧妙的平衡。

在The Scientist中也有介紹這篇文章的報導，可以先看。

[Paper] Nitrogen stress response of a hybrid species: a gene expression study

出處: Annals of Botany, 2011, 107: 101-108

作者: Larry C. Brouillette and Lisa A. Donovan

摘要:

Helianthus anomalus是一種雜交起源的一年生向日葵，根據先前的研究顯示，相較於父母親本，此雜交種可生活於較低肥沃度的土壤當中，也產生相對適應的特徵，包含較低的生長速率與較長的葉子存活時間。cDNA microarray的方式發現此三種物種在不同營養處理下，會有不同的表現情況。已經screen到5個可能參與基因，其中一個的同源基因是阿拉伯芥葉子老化有關的基因-catalase 1。作者認為這樣的研究有助於生活在貧瘠環境的作物基因調控的了解。

[Paper] Sexual dimorphism in resource acquisition and deployment: both size and timing matter

出處: Annals of Botany, 2011, 107: 119-126

作者: Julia Sa´nchez Vilas and John R. Pannell

摘要:

雌雄異株的植物，因為功能性的差別，雌雄個體在生活史或是植物個體的大小也會有不同。本篇文章使用一年生雌雄異株的Mercurialis annua作為研究材料，了解不同性別隨著生長時間的改變，碳與氮對於生長及生殖組織上資源的分配。結果發現在生殖初期，雄株會比雌株分配較多資源，此趨勢到了晚期則會相反。在晚期時，雄株相對而言投資較多部份在根部，但是實際上雌株的根會比較大。研究證實雌雄個體的資源分配，不僅在空間上，在時間上也會有性別分化的產生。

[Review] Using proteomics to study sexual reproduction in angiosperms

出處: Sexual plant reproduction, 2010

作者: Ja´n A. Miernyk • Anna Pretˇova´ • Adela Olmedilla • Katarı´na Klubicova´ • Bohusˇ Obert • Martin Hajduch

摘要：

蛋白質體的研究在過去十年間明顯地增加，不論是在方法學的增進、技術的進步或是機器的靈敏度，都有顯著的成長。本篇review對於樣品製備、gel-based及gel-free的方法以及解釋資料的分析等在植物生殖生物學中的應用，提供了一個簡短的介紹。並且整理了目前利用蛋白質體學研究被子植物生殖的報導（例如在花、雄配子體、自交不親和、種子不孕、胚乳發育、無配生殖等研究結果），以及對於這個方法將來研究的發展與方向提出討論。

[Review] Adaptation genomics: the next generation

出處: Trends in Ecology and Evolution, 2010, 25: 705-712

作者: Jessica Stapley1, Julia Reger1, Philine G.D. Feulner, Carole Smadja, Juan Galindo1, Robert Ekblom, Clair Bennison, Alexander D. Ball, Andrew P. Beckerman and Jon Slate

摘要

此篇review是第一篇整理next generation sequencing(NGS)於genome adaptation應用的文章。現在仍有許多困擾著生態遺傳學家的問題，舉例來說，有多少基因參與適應？當環境狀況改變時，genome適應的改變是否採用已經存在的變異或是必需要有新的突變產生？NGS資料將會協助回答這些難解的問題。