GBIF database

Global Biodiversity Information Facility (GBIF) provides a great interface for data retrieval on biodiversity information all over the world. The database contains quite a lot of data and can show you distribution of a certain species or genus within a few clicks.

[Software] MEGA5 for Mac is out

MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis)是一個相當不錯的分子演化／譜系分析的工具，1993年以來，一直都只在Windows系統中可用；在經過一陣子的beta測試後，正式版MEGA5 for Mac終於出版了。有興趣的人可以到MEGA的網頁去下載，是免費的。
(Of course there is a MEGA5 for Win as well. Check the one you prefer.)

[Paper] Primitive agriculture in a social amoeba

Authors:
Debra A. Brock, Tracy E. Douglas, David C. Queller & Joan E. Strassmann

Paper: Nature 469:393-396. (Direct link to Nature website)

Abstract
科學家們第一次發現黏菌也會進行農業！作者們在野外採集時發現，當一種阿米巴Dictyostelium discoideum在吃細菌後，其形成的fruiting body中，約有1/3會把沒吃完的細菌包在裡面，另外2/3則不會有細菌在fruiting body中。當孢子抵達新的環境後，若當地沒有他們喜歡的細菌，則有帶細菌的阿米巴會活得比較好，但若所到的新環境有很多他們喜歡的細菌，則沒帶的阿米巴會活得較佳。 （－ 是的，連阿米巴也會挑食。）

明顯的這是一種聰明的生存策略，也在族群中保持了一個巧妙的平衡。

在The Scientist中也有介紹這篇文章的報導，可以先看。

[Paper] Nitrogen stress response of a hybrid species: a gene expression study

出處: Annals of Botany, 2011, 107: 101-108

作者: Larry C. Brouillette and Lisa A. Donovan

摘要:

Helianthus anomalus是一種雜交起源的一年生向日葵，根據先前的研究顯示，相較於父母親本，此雜交種可生活於較低肥沃度的土壤當中，也產生相對適應的特徵，包含較低的生長速率與較長的葉子存活時間。cDNA microarray的方式發現此三種物種在不同營養處理下，會有不同的表現情況。已經screen到5個可能參與基因，其中一個的同源基因是阿拉伯芥葉子老化有關的基因-catalase 1。作者認為這樣的研究有助於生活在貧瘠環境的作物基因調控的了解。

[Paper] Sexual dimorphism in resource acquisition and deployment: both size and timing matter

出處: Annals of Botany, 2011, 107: 119-126

作者: Julia Sa´nchez Vilas and John R. Pannell

摘要:

雌雄異株的植物，因為功能性的差別，雌雄個體在生活史或是植物個體的大小也會有不同。本篇文章使用一年生雌雄異株的Mercurialis annua作為研究材料，了解不同性別隨著生長時間的改變，碳與氮對於生長及生殖組織上資源的分配。結果發現在生殖初期，雄株會比雌株分配較多資源，此趨勢到了晚期則會相反。在晚期時，雄株相對而言投資較多部份在根部，但是實際上雌株的根會比較大。研究證實雌雄個體的資源分配，不僅在空間上，在時間上也會有性別分化的產生。

[Review] Using proteomics to study sexual reproduction in angiosperms

出處: Sexual plant reproduction, 2010

作者: Ja´n A. Miernyk • Anna Pretˇova´ • Adela Olmedilla • Katarı´na Klubicova´ • Bohusˇ Obert • Martin Hajduch

摘要：

蛋白質體的研究在過去十年間明顯地增加，不論是在方法學的增進、技術的進步或是機器的靈敏度，都有顯著的成長。本篇review對於樣品製備、gel-based及gel-free的方法以及解釋資料的分析等在植物生殖生物學中的應用，提供了一個簡短的介紹。並且整理了目前利用蛋白質體學研究被子植物生殖的報導（例如在花、雄配子體、自交不親和、種子不孕、胚乳發育、無配生殖等研究結果），以及對於這個方法將來研究的發展與方向提出討論。

[Review] Adaptation genomics: the next generation

出處: Trends in Ecology and Evolution, 2010, 25: 705-712

作者: Jessica Stapley1, Julia Reger1, Philine G.D. Feulner, Carole Smadja, Juan Galindo1, Robert Ekblom, Clair Bennison, Alexander D. Ball, Andrew P. Beckerman and Jon Slate

摘要

此篇review是第一篇整理next generation sequencing(NGS)於genome adaptation應用的文章。現在仍有許多困擾著生態遺傳學家的問題，舉例來說，有多少基因參與適應？當環境狀況改變時，genome適應的改變是否採用已經存在的變異或是必需要有新的突變產生？NGS資料將會協助回答這些難解的問題。

[Paper] Mutational dynamics and phylogenetic utility of noncoding chloroplast DNA

Authors: Borsch T and Quandt D
Source: Plant Systematics and Evolution (2009) 282:169-199.
Note:
The authors studied the mutational dynamics of introns and spacers in plastid genomes. They reviewed some of the well-known markers and the argued the usage of them for phylogenetic analysis. The bottom line is that the structural information is needed to be incorporated.
Also, they put up an erratum in PSE 2010 284:129. There are some mislabeling in Figure 1.

[Paper] Universal primer for chloroplast trnK/matK

Title: Universal primers for the amplification of the plastid trnK/matK region in land plants
Authors: Susann Wicke & Dietmar Quandt
Source: Anales del Jardin Botanico de Madrid (2009) 66:285-288.
Note:
I ran across this small paper talking about new primers for PCR of chloroplast trnK/matK of all land plants. They claimed these work for various land plants. Just try for yourself if you like.

[Paper] An Atlas of Type I MADS Box Gene Expression during Female Gametophyte and Seed Development in Arabidopsis

Authors: Marian Bemer, Klaas Heijmans, Chiara Airoldi, Brendan Davies and Gerco C. Angenent
Source: Plant Physiology (2010) 154:287-300.
Abstract:
Type I的MADS-box基因研究的人比較少，在阿拉伯芥中有61個copies，但是除了PHERES1, AGL80, DIANA, AGL62, AGL23之外，幾乎沒有什麼報導。主要的原因在於大部份T-DNA insertion的mutant沒有什麼phenotype。作者利用系統性的gene expression研究，顯示這些基因大多表現於female gametophyte和早期的seed development。相對於MIKCc-MADS genes，是蠻有意思的比較，也許和世代交替的改變有關連。

[Paper] Computational morphodyamics: a modeling framework to understand plant growth

Authors: Vijay Chickarmane, Adrienne H.K. Roeder, Paul T. Tarr, Alexandre Cunha, Cory Tobin, and Elliot M. Meyerowitz
Source: Annu. Rev. Plant Biology (2010) 61:65
Abstract:
這是一篇有關電腦模擬植物生長模式的review，作者們舉了很多的例子，說明目前modeling的應用性。Computer modeling在近幾年應用在植物生長，自細胞、個體、以至群聚模型上都有很大的進展。在不同參數的選擇下，可以模擬出各種發育的狀況。有興趣的人可以參考如CellModeller，OpenAlea等的網站，體驗一下這些新的工具。

[Paper] Land plant life cycle

Authors: Karl J. Niklas and Ulrich Kutschera
Journal: New Phytologist (2010) 185:27
Abstract:
A paper summarized the evolution of life cycle in land plants. 雖然是一篇review，但是在分子證據的解讀上，有一些錯誤，讀的時候要小心。

[Paper] Cryptic dioecy in Mussaenda pubescens (Rubiaceae): a species with stigma-height dimorphism

作者：Ai-Min Li, Xiao-Qin Wu, Dian-Xiang Zhang, and Spencer C. H. Barrett

出處: Annals of Botany （出版時間尚未確定）

摘要：

具有distyly特徵的玉葉金花，是不是一種隱性的雌雄異株(cryptic dioecy)？本篇文章結果顯示，具有長花柱型者花粉為無性，而短花柱型則不會結實，這代表了兩種花柱型的個體分別具有雌雄的功能。長花柱大孢子與雌配子體可正常發育，而花藥中的tepetal cell會提早瓦解，而導致雄不孕。相反地，短花柱中的小孢子及雄配子體發育正常，而大孢子及雌配子體在發育的各階段皆有退化的現象，無法形成正常的胚囊，雌不孕也因此產生。由此推論，玉葉金花的確是一種隱性的雌雄異株。

[Paper] GENES IN EVOLUTION

出處：Annals of Botany, 2010, 106: 437-520

摘要：

本卷的主題是 gene in evolution: the control of diversity and speciation，可參考以下內容。

J. S. Pat Heslop-Harrison
Genes in evolution: the control of diversity and speciation
Ann Bot 2010 106: 437-438; doi:10.1093/aob/mcq168.
http://aob.oxfordjournals.org/cgi/content/full/106/3/437?etoc

Loren H. Rieseberg and Benjamin K. Blackman
Speciation genes in plants
Ann Bot 2010 106: 439-455; doi:10.1093/aob/mcq126.
http://aob.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/106/3/439?etoc

Tianhua He, Byron B. Lamont, Siegfried L. Krauss, and Neal J. Enright
Genetic connectivity and inter-population seed dispersal of Banksia
hookeriana at the landscape scale
Ann Bot 2010 106: 457-466; doi:10.1093/aob/mcq140.
http://aob.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/106/3/457?etoc

Naofumi Nomura, Tokushiro Takaso, Ching-I Peng, Yoshiko Kono, Kazuo
Oginuma, Yuki Mitsui, and Hiroaki Setoguchi
Molecular phylogeny and habitat diversification of the genus Farfugium
(Asteraceae) based on nuclear rDNA and plastid DNA
Ann Bot 2010 106: 467-482; doi:10.1093/aob/mcq139.
http://aob.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/106/3/467?etoc

Fabiola Parra, Alejandro Casas, Juan Manuel Penaloza-Ramirez, Aurea C.
Cortes-Palomec, Victor Rocha-Ramirez, and Antonio Gonzalez-Rodriguez
Evolution under domestication: ongoing artificial selection and divergence
of wild and managed Stenocereus pruinosus (Cactaceae) populations in the
Tehuacan Valley, Mexico
Ann Bot 2010 106: 483-496; doi:10.1093/aob/mcq143.
http://aob.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/106/3/483?etoc

Tao Shi, Hongwen Huang, and Michael S. Barker
Ancient genome duplications during the evolution of kiwifruit (Actinidia)
and related Ericales
Ann Bot 2010 106: 497-504; doi:10.1093/aob/mcq129.
http://aob.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/106/3/497?etoc

Juan Guo, Yunsheng Wang, Chi Song, Jianfeng Zhou, Lijuan Qiu, Hongwen
Huang, and Ying Wang
A single origin and moderate bottleneck during domestication of soybean
(Glycine max): implications from microsatellites and nucleotide sequences
Ann Bot 2010 106: 505-514; doi:10.1093/aob/mcq125.
http://aob.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/106/3/505?etoc

Tsutomu Ishimaru, Hideyuki Hirabayashi, Masashi Ida, Toshiyuki Takai,
Yumiko A. San-Oh, Satoshi Yoshinaga, Ikuo Ando, Tsugufumi Ogawa, and
Motohiko Kondo
A genetic resource for early-morning flowering trait of wild rice Oryza
officinalis to mitigate high temperature-induced spikelet sterility at
anthesis
Ann Bot 2010 106: 515-520; doi:10.1093/aob/mcq124.
http://aob.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/106/3/515?etoc

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[Review] Determination of sexual organ development

作者: Chiara A. Airoldi

出處: Plant sexual reproduction, 2010, 23:53-62

摘要：

本篇review是針對目前花部器官決定基因對於性別器官發育調控機制的一個整理報告。分別討論有關調控的時間、空間、蛋白質交互作用及演化等問題進行討論。

[Paper] The gynoecium of male Anchietea pyrifolia (Violaceae): Preserved structure with a new function

作者: Matthias H. Hoffmann, Julianade Paula-Souza, AxelFl ¨aschendr¨ager, MartinR¨ oser

出處: Flora, 2010, 205: 429-433

摘要：

Anchietea pyrifolia具有不對稱的花瓣，成為鏡像花中少數藉由鱗翅類授粉的例子。作者研究發現在此物種的雄花中，雌花器表面上仍可正常發育，但是不具有胚珠。而此柱頭當受到刺激或是壓力的影響，能夠分泌黏液。同屬於其他堇菜科的兩性花植物也具有此黏液，主要功能是協助花粉的收集。在Anchietea pyrifolia的雄花中，柱頭分泌黏液主要的功能可能是協助將花粉黏附在授粉者身上，而將pollen傳遞到雌花上。

[Paper] Horizontal Gene Transfer by the Parasitic Plant Striga hermonthica

作者：Yoshida S, Maruyama S, Nozaki H, Shirasu K
出處：Science 2010 May 28 328(5982):1128

本篇作者報導了一個寄主與寄生植物間的HGT事件。特別的是，這是一個核基因的移轉，從單子葉跑到真雙子葉裡。

[Paper] Orthoptera, a new order of pollinator

作者: Claire Micheneau, Jacques Fournel, Ben H. Warren, Sylvain Hugel, Anne Gauvin-Bialecki, Thierry Pailler, Dominique Strasberg and Mark W. Chase

出處: Annals of Botany, 2010 (105): 355-364

摘要

問起植物授粉者有哪些？回答不外乎是蜜蜂、蝴蝶、蛾、甲蟲或螞蟻等等。本篇文章提供了一個意想不到的發現-蟋蟀也有可能成為授粉者，而他們所協助的植物就是達爾文最喜歡提到的蘭花-Angraecum，具有非常長的花距，與其共演化的蛾也會具有長長的喙。但在Réunion島上特有的A. cadetii只具有非常短的花距，作者觀察在缺乏其他授粉者的情況下，夜行性的蟋蟀是此蘭花唯一的一個授粉者。本篇文章是蟋蟀作為授粉者的第一次報導。

以下是相關影片

[Review] Convergent evolution of seed dispersal by ants, and phylogeny and biogeography inflowering plants: A global survey

作者：Szabolcs Lengyel, Aaron D.Gove, Andrew M.Latimer, Jonathan D.Majer, Robert R.Dunn

出處：Perspectives in Plant Ecology, Evolution and Systematics, 2010(12): 43-55

摘要：作者review了在開花植物中螞蟻傳播模式的分類、譜系關係及地理分佈的情況。整理後發現此類群植物目前至少有11000種，分布在77個科中，分屬於147個獨立起源事件。主要分布是在澳洲、南非及北溫帶。而種子吸引螞蟻傳播種子主要是受到一種lipid-rich的物質-elaiosome作為reward，作者認為產生elaiosome僅需要低能量的花費即可獲得選擇上的優勢(ex: 種子傳播、保護種子避免被食用及火燒、豐富的微生物環境)，可能是影響螞蟻授粉在被子植物中大量演化的原因。

[Paper] Introducing W.A.T.E.R.S.: a Workflow for the Alignment,Taxonomy, and Ecology of Ribosomal Sequences

作者: Amber L. Hartman, Sean Riddle, Timothy McPhillips, Bertram Ludäscher, Jonathan A. Eisen
出處: BMC Bioinformatics 2010, 11: 317

摘要:
作者提供了一個16S rRNA (主要針對微生物)的軟體分析工具，可以進行sequence alignment、建構譜系樹等。讓微生物生態的研究更為容易、便利。