August 10th, 2007 by aerobe
作者：Qingyi Yu, Shaobin Hou, Roman Hobza, F. Alex Feltus, Xiue Wang, Weiwei Jin, Rachel L. Skelton, Andrea Blas, Cornelia
Lemke, Jimmy H. Saw, Paul H. Moore, Maqsudul Alam, Jiming Jiang, Andrew H. Paterson, Boris Vyskot and Ray Ming
出處： Mol Genet Genomics 2007, 278:177-185
說明：
許多開花植物的性染色體是同型的(homomorphic)，木瓜為其中一種。作者欲找出木瓜的MSY (small male specific region of the hermaphrodite Y (Yh) chromosome)位於何處，並研究其基因組的特性。結果發現MSY位於木瓜Y染色體著絲點(centromere)附近，其序列具
有高密度的retroelement且序列有重複的現象。
Friday, August 10, 2007
Wednesday, August 8, 2007
[Paper] The floral genome project updated
August 8th, 2007 by jmhu
作者：Douglas E. Soltis, Hong Ma, Michael W. Frohlich, Pamela S. Soltis, Victor A. Albert, David G. Oppenheimer, Naomi S.
Altman, Claude dePamphilis and Jim Leebens-Mack
出處：Trends in Plant Science (2007) 12(8): 358-367. pdf HERE
說明：
這篇有點像是Floral Genome Project這個大計畫的進度報告，也統整了近年有關花的基因演化的研究，並對ABC model做了一些討論。
作者：Douglas E. Soltis, Hong Ma, Michael W. Frohlich, Pamela S. Soltis, Victor A. Albert, David G. Oppenheimer, Naomi S.
Altman, Claude dePamphilis and Jim Leebens-Mack
出處：Trends in Plant Science (2007) 12(8): 358-367. pdf HERE
說明：
這篇有點像是Floral Genome Project這個大計畫的進度報告，也統整了近年有關花的基因演化的研究，並對ABC model做了一些討論。
Tuesday, August 7, 2007
[Paper] New home for tiny aquatics
作者：Jeffery M. Saarela, Hardeep S. Rai, James A. Doyle, Peter K. Endress, Sarah Mathews, Adam D. Marchant, Barbara G. Briggs & Sean W. Graham
文章出處：Nature (2007) 446: 312-315. pdf here.
說明：
作者發表了可謂繼確認Amborella為被子植物第一個分支之後，最為重大的發現：一個原本放在禾本目的一個小科Hydatellaceae (獨蕊草科)，現在確定是Nymphaeales (睡蓮目)的姐妹群。Hydatellaceae是水生草本，形態上有許多特化，如花部器官的退化等，它的花序由許多單性小花
組成，小方有四個小苞片(下圖b)。但它有許多特徵其實的確與單子葉植物不合。除了它會影響原始被子植物演化的解讀之外，蠻值得注意的是，之前Michelangeli et al. (2003)所發表的Trithuria submersa之rbcL序列，其實是PCR的artefact!它是一個grass和一個moss的chimeric。(所以大家在cloning時要小心啊…)
另外，Else Friis和Peter Crane有一篇介紹在
Nature (2007) 446:269 (pdf)
文章出處：Nature (2007) 446: 312-315. pdf here.
說明：
作者發表了可謂繼確認Amborella為被子植物第一個分支之後，最為重大的發現：一個原本放在禾本目的一個小科Hydatellaceae (獨蕊草科)，現在確定是Nymphaeales (睡蓮目)的姐妹群。Hydatellaceae是水生草本，形態上有許多特化，如花部器官的退化等，它的花序由許多單性小花
組成，小方有四個小苞片(下圖b)。但它有許多特徵其實的確與單子葉植物不合。除了它會影響原始被子植物演化的解讀之外，蠻值得注意的是，之前Michelangeli et al. (2003)所發表的Trithuria submersa之rbcL序列，其實是PCR的artefact!它是一個grass和一個moss的chimeric。(所以大家在cloning時要小心啊…)
另外，Else Friis和Peter Crane有一篇介紹在
Nature (2007) 446:269 (pdf)
Monday, July 30, 2007
[Paper] The Cleistogamous breeding System: A Review of Its Requency, Evolution and Ecology in Angiosperms
July 30th, 2007 by basa
作者：Theresa M. Culley and Matthew R. Klooster
出處：The Botanical Review 73(1): 1-30
pdf file
Cleistogamy中文翻譯為閉花授粉，也就是植物產生不開放的花朵，然後這些花朵藉由自交的方式受孕。在這篇review中作者先介紹cleistogamy還可以分成dimorphic、induced和complete三種；另外作者重新調察了cleistogamy在被子植物中分布的情形；並且探討了哪些因素會影響植物演化朝向cleistogamy演化。
Dimorphic cleistogamy的植物會產生兩種花，分別是cleistogamous flower和chamogamous flower，其中cleistogamous flower主要用於自交，chamogamous flower這種花是會開放的，因此主要會異交。花芽在發育的早期就已經決定要發育為上述兩種形態的其中一種。Induced cleistogamy也會產生這兩種形態的花，不同的是花芽是在發育晚期接受某種誘導後，發育的路徑才發生改變，從chamogamous flower轉變為cleistogamous flower。Complete cleistogamy則是指植物只產生cleistogamous flower。
作者藉由調查文獻，發現在被子植物中，共有693個種類具有Cleistogamy，分布在228個屬和50個科中，其中以Poaceae、Violaceae、Fabaceae、Orchidaceae和Acanthaceae是發現具有Cleistogamy現象的前五名。
Cleistogamy對植物來說分別具有一些優點和缺點。優點像是保證植物具有一定的結實率；只需要花費較少的能量就可以產生cleistogamous
flower；相對於異交，Cleistogamy的植物可以將兩倍本身的基因傳給下一代，如果這些基因已經非常適應當地的環境，這也會增加生存的優勢。缺點方面，像是下一代缺少遺傳變異，如果環境發生改變植物將難以適應。
作者：Theresa M. Culley and Matthew R. Klooster
出處：The Botanical Review 73(1): 1-30
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Cleistogamy中文翻譯為閉花授粉，也就是植物產生不開放的花朵，然後這些花朵藉由自交的方式受孕。在這篇review中作者先介紹cleistogamy還可以分成dimorphic、induced和complete三種；另外作者重新調察了cleistogamy在被子植物中分布的情形；並且探討了哪些因素會影響植物演化朝向cleistogamy演化。
Dimorphic cleistogamy的植物會產生兩種花，分別是cleistogamous flower和chamogamous flower，其中cleistogamous flower主要用於自交，chamogamous flower這種花是會開放的，因此主要會異交。花芽在發育的早期就已經決定要發育為上述兩種形態的其中一種。Induced cleistogamy也會產生這兩種形態的花，不同的是花芽是在發育晚期接受某種誘導後，發育的路徑才發生改變，從chamogamous flower轉變為cleistogamous flower。Complete cleistogamy則是指植物只產生cleistogamous flower。
作者藉由調查文獻，發現在被子植物中，共有693個種類具有Cleistogamy，分布在228個屬和50個科中，其中以Poaceae、Violaceae、Fabaceae、Orchidaceae和Acanthaceae是發現具有Cleistogamy現象的前五名。
Cleistogamy對植物來說分別具有一些優點和缺點。優點像是保證植物具有一定的結實率；只需要花費較少的能量就可以產生cleistogamous
flower；相對於異交，Cleistogamy的植物可以將兩倍本身的基因傳給下一代，如果這些基因已經非常適應當地的環境，這也會增加生存的優勢。缺點方面，像是下一代缺少遺傳變異，如果環境發生改變植物將難以適應。
Thursday, June 21, 2007
[Paper] Pollinator shifts drive increasingly long nectar spurs in columbine flowers
June 21st, 2007 by aerobe
作者：Justen B. Whittall & Scott A. Hodges
出處： Nature 2007, 447:706-710
說明：
達爾文的預測得到証實
1862年，在解釋石蠶花(Star of Bethlehem，學名：Angraecum sesquipedale)特別長的花距（nectar spur）時，達爾文提出，一種植物
的花距長度的增加及其授粉者舌頭長度的增加是因為存在一種“協同進化”競賽。他預測存在一種舌頭極長的蛾子。這種蛾子於1903年被發現，
其學名是Xanthopan morgani ssp. Praedicta，它的舌頭長度為22厘米。但這種“競賽”模型仍然存在爭議，因為一種特別長的舌頭也可能會通
過其他方式形成。現在，Justen Whittall和Scott Hodges通過對耬斗菜屬（Aquilegia）植物在一個物種層次上的系統發生進行研究發現，耬斗菜屬的花距的確是在不斷變長，但這種變長是由於一系列可以預測的針對不相關的授粉者的適應性變化，主要集中在物種形成事件期間。在這一案例中，達爾文的“競賽說”看來是成立的。
作者：Justen B. Whittall & Scott A. Hodges
出處： Nature 2007, 447:706-710
說明：
達爾文的預測得到証實
1862年，在解釋石蠶花(Star of Bethlehem，學名：Angraecum sesquipedale)特別長的花距（nectar spur）時，達爾文提出，一種植物
的花距長度的增加及其授粉者舌頭長度的增加是因為存在一種“協同進化”競賽。他預測存在一種舌頭極長的蛾子。這種蛾子於1903年被發現，
其學名是Xanthopan morgani ssp. Praedicta，它的舌頭長度為22厘米。但這種“競賽”模型仍然存在爭議，因為一種特別長的舌頭也可能會通
過其他方式形成。現在，Justen Whittall和Scott Hodges通過對耬斗菜屬（Aquilegia）植物在一個物種層次上的系統發生進行研究發現，耬斗菜屬的花距的確是在不斷變長，但這種變長是由於一系列可以預測的針對不相關的授粉者的適應性變化，主要集中在物種形成事件期間。在這一案例中，達爾文的“競賽說”看來是成立的。
Friday, June 15, 2007
[Paper] Selection through Female Fitness Helps to Explain the Maintenance of Male flowers
June 15th, 2007 by basa
作者：Mario Vallejo-Marin and Mark D. Rausher
出處：The American Naturalist; 2007; 169; 563-568
pdf file
說明：
Andromonoecy是指族群中同一植株產生雄花和兩性花的現象。一般認為Andromonoecy的植物其植株產生的雄花越多，越能增強雄性生殖功能，因此選汰上具有優勢。以上的說法最常被拿來解釋為什麼有些植物演化出Andromonoecy，但是也有些學者提出另一種看法，認為植物增加雄花的數目，反而會增加雌性生殖優勢，例如結實率上升。第二種想法雖然違反直覺，沒有第一種想法來得自然，但是依然有些學者提出一些假設和實驗探討第二種想法的可能性。
本文作者的實驗結果支持第二種想法，作者研究一種茄科植物Solanum carolinense，先採集野外植物的種子，在溫室育種並人工篩選出不同PSF (staminate/total flowers)的植株，之後在廢耕的農田建立實驗族群，在花期記錄每個植株開花的性別和數量，測量其他花部特徵和基本資料，然後於果期記錄果實和種子的產量。最後作者操作multivariate analysis去釐清選汰的機制，發現對雌性生殖功能的選擇傾向植株產生更多的雄花。
作者：Mario Vallejo-Marin and Mark D. Rausher
出處：The American Naturalist; 2007; 169; 563-568
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說明：
Andromonoecy是指族群中同一植株產生雄花和兩性花的現象。一般認為Andromonoecy的植物其植株產生的雄花越多，越能增強雄性生殖功能，因此選汰上具有優勢。以上的說法最常被拿來解釋為什麼有些植物演化出Andromonoecy，但是也有些學者提出另一種看法，認為植物增加雄花的數目，反而會增加雌性生殖優勢，例如結實率上升。第二種想法雖然違反直覺，沒有第一種想法來得自然，但是依然有些學者提出一些假設和實驗探討第二種想法的可能性。
本文作者的實驗結果支持第二種想法，作者研究一種茄科植物Solanum carolinense，先採集野外植物的種子，在溫室育種並人工篩選出不同PSF (staminate/total flowers)的植株，之後在廢耕的農田建立實驗族群，在花期記錄每個植株開花的性別和數量，測量其他花部特徵和基本資料，然後於果期記錄果實和種子的產量。最後作者操作multivariate analysis去釐清選汰的機制，發現對雌性生殖功能的選擇傾向植株產生更多的雄花。
Thursday, June 7, 2007
[Paper] The ecophysiology of early angiosperms
出處：
Feild, T. S. and N. C. Arens. 2007. The ecophysiology of early
angiosperms. Plant, Cell and Environment 30: 291-309. pdf
HERE
說明：
作者整理了近年的研究進展，對早期被子植物如何在大環境中安身立命，走出黑暗潮溼干擾大的林下環境，進而取代了原有佔領地球的其他植物，做了不少的討論。從生態生理學的角度看演化，特別是水份與碳的利用，還蠻有意思的。Taylor Feild之前有寫了許多相關的文章(如下)，有興趣的人可以去看看。
延伸閱讀：
Bateman, R.M., J. Hilton and P.J. Rudall. 2006. Morphological and molecular phylogenetic context of the angiosperms: contrasting the ‘top-down’ and ‘bottom-up’ approaches used to infer the likely characteristics of the first flowers. J. Exp. Bot.
57: 3471-3503.
Feild, T. S. and N. C. Arens. 2005. Form, function and environments of the early angiosperms: merging extant phylogeny and ecophysiology with fossils. New Phytologist 166:383-408. (相當經典的一篇review, pdf file here)
Feild, T. S. et al. 2003. The ancestral ecology of angiosperms: Emerging perspectives from extant basal lineages. Intl. J. Pl.
Sci. 164: S129-S142.
Feild, T. S., et al. 2004. Dark and disturbed: a new image of early angiosperm ecology. Paleobiology 30: 82-107.
Feild, T. S. and N. C. Arens. 2007. The ecophysiology of early
angiosperms. Plant, Cell and Environment 30: 291-309. pdf
HERE
說明：
作者整理了近年的研究進展，對早期被子植物如何在大環境中安身立命，走出黑暗潮溼干擾大的林下環境，進而取代了原有佔領地球的其他植物，做了不少的討論。從生態生理學的角度看演化，特別是水份與碳的利用，還蠻有意思的。Taylor Feild之前有寫了許多相關的文章(如下)，有興趣的人可以去看看。
延伸閱讀：
Bateman, R.M., J. Hilton and P.J. Rudall. 2006. Morphological and molecular phylogenetic context of the angiosperms: contrasting the ‘top-down’ and ‘bottom-up’ approaches used to infer the likely characteristics of the first flowers. J. Exp. Bot.
57: 3471-3503.
Feild, T. S. and N. C. Arens. 2005. Form, function and environments of the early angiosperms: merging extant phylogeny and ecophysiology with fossils. New Phytologist 166:383-408. (相當經典的一篇review, pdf file here)
Feild, T. S. et al. 2003. The ancestral ecology of angiosperms: Emerging perspectives from extant basal lineages. Intl. J. Pl.
Sci. 164: S129-S142.
Feild, T. S., et al. 2004. Dark and disturbed: a new image of early angiosperm ecology. Paleobiology 30: 82-107.
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