[Paper] Species Problem - A Philosophical Analysis

作者: Richard A Richards
出處: Encyclopedia of Life Sciences. 2007. doi: 10.1002/9780470015902.a0003456

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摘要: 

     Species常被視為演化生物學或者是生物多樣性的一個基本單位，但是生物學家們對species concept的定義卻往往不同，目前在文獻中已經超過有20種以上的species concept，而且沒有任何一種species concept是被所有人接受的。

     本文提到了，解決這些混亂的方法，可能是利用Division of Conceptual Labour的概念，將species concept分為兩個層次，第一層是theoretical的，第二層是operational的，第一層的species concept是要很完備的，適合各種類群的生物，例如Evolutionary species concept將種視為historical lineage，這樣的想法可以解釋許多生物類群，包括有性繁殖或無性繁殖的生物，因此可以算是被大家廣泛接受，適合作為第一層的species concept。接下來，第二層的species concept就是大家如何實際上辨認historical lineage的方法，例如biological species concept就不是跟Evolutionary species concept對立的觀念了，其實biological species concept是幫忙生物學家實際分辨類群的準則，在某些動物之中很有效，其他類群不見得要用biological species concept當作分類的準則，可以用其他合適準則。

     在這樣兩層species concept合作的情形下，我們或許可以解決這些紛擾的問題。

心得:

我這裡舉的例子並不是說Evolutionary species concept是用來當第一層種概念最好的選擇，實際上，在念了一些書之後，我還是搞不懂Evolutionary species concept和 Phylogenetic species concept的差別，這些英文的定義看過幾次還是很難懂，恩...或許有一天會懂吧。

[Paper] DNA methylation and heterochromatinization in the male-specific region of the primitive Y chromosome of papaya

作者: Wenli Zhang, Xiue Wang, Qingyi Yu, et al.
出處: Genome Research 2008 18: 1938-1943
簡介:
性染色體衍生自一般染色體。在許多具異型X/Y染色體的物種中，性別決定區域重組的抑制與有害的突變導致Y染色體的退化。然而，重組抑制的區域如何從性別決定位點擴展到整條Y染色體，仍不清楚。這篇paper說明了木瓜Y染特體的特點，並推測DNA的methylation與heterochromatinization在性染色體的演化中扮演重要的角色。

[Paper] Across the Curious Parallel of Language and Species Evolution

作者: John Whitfield
出處: PLoS Biology 2008 6: 1370-1372
簡介:
有趣的文章，語言的演進與物種演化兩者令人訝異的類似。

[Paper] Evolution of developmental mechanisms in plants

作者: Jane A Langdale
出處: Current Opinion in Genetics & Development 2008 18: 386-373
簡介: 是一篇關於植物發育機制演化的review，並舉了一些例子說明。

[Paper] Twenty years of phylogeography: the state of the field and the challenges for the Southern Hemisphere

作者: Luciano B. Beheregaray 

出處: Molecular Ecology. 2008. 17. 3754.

(Link to the article, 台大有12個月全文檢視的delay, 電子檔已下載到epaper)

摘要: 

Phylogeography是新興的學門，本文作者檢視過去20年的研究狀況，並對未來的發展提出建言。

[Paper] TRAIT-MEDIATED EFFECTS ON FLOWERS: ARTIFICIAL SPIDERS DECEIVE POLLINATORS AND DECREASE PLANT FITNESS

作者: THIAGO GONC¸ ALVES-SOUZA, PAULA M. OMENA, JOSE CESAR SOUZA, and GUSTAVO Q. ROMERO

出處: Ecology. 2008. 89. 2407.

(Link to the article)

摘要: 

     本文作者以一種懸鉤子為實驗材料，研究授粉昆蟲的掠食者是否會間接影響開花植物的生殖效率。他們的做法是製作人工蜘蛛，然後放在花旁，觀察植物的結種子率以及昆蟲的訪花行為有無不同。他們發現假蜘蛛會造成花朵的被拜訪率下降與植物的結種子率下降，訪花昆蟲 (尤其是蜂類)可以依靠視覺辨識能力避開被掠食的危險。

心得: 本文作者成功證明，他們製作的人工蜘蛛實在是栩栩如生...。很有趣的研究，我覺得掠食者會降低拜訪率是可以想像的，現在我比較好奇，不是掠食者而在花朵附近活動的生物 (例如螞蟻)，會對訪花昆蟲帶來什麼樣的影響?

[Paper] Detection of rare paternal chloroplast inheritance in controlled crosses of the endangered sun flower Helianthus verticillatus

作者: J. R. Ellis, K. E. Bentley and D. E. McCauley

出處: Heredity. 2008. 100. 574.

(Link to the article, 台大有12個月全文檢視的delay, 電子檔已下載到epaper)

摘要: 

     植物的葉綠體常被認為是母系遺傳的胞器，許多研究都建立在這樣的假設上，發展出許多預測模式與研究方法，但是很少研究直接驗證葉綠體是否真的都是母系遺傳。

     本文作者以Helianthus verticillatus為實驗材料研究葉綠體的遺傳，結果他們發現有少數比例的葉綠體是父系遺傳的。

[Website] SymmeTREE

SymmeTREE

這個網站可下載一個免費的軟體: SymmeTree，SymmeTree可以計算譜系樹中每個分支的diversification rate是否相同。

以下是關於SymmeTree的論文: SYMMETREE: whole-tree analysis of differential diversification rates

[Paper] Speciation through sensory drive in cichlid fish

作者: Ole Seehausen et al.
出處: Nature 2008 455: 620-626
簡介: 物種形成可通過感官驅動而發生
非洲湖泊中的慈鯛魚是教科書中關於物種快速形成的典型例子，但其中所涉及的機制仍然不是很清楚。現在，對維多利亞湖中的慈鯛魚所做觀測研究，揭示了導致（通過自然和性別選擇進行的、由感官驅動的）物種形成過程的視覺系統趨異演化（表現為視覺基因的分化、雄性的彩色化和雌性的喜好）的生態及分子基礎。感官驅動假說預測，感覺和信號系統中對不同環境的趨異適應，可在種群的第二接觸點（secondary contact）上引起交配前隔離（premating isolation）。除了為証明物種形成可以通過感官驅動發生而不需要地理隔離提供明確證據外，這項工作還為在由人為原因造成的維多利亞湖富營養化期間慈鯛魚物種多樣性的崩潰提供了一個機制性的解釋。

[Paper] Reassessing the first appearance of eukaryotes and cyanobacteria

作者: Birger Rasmussen, Ian R. Fletcher1, Jochen J. Brocks & Matt R. Kilburn
出處: Nature 2008 455: 1101-1104
簡介: 地球上出現光合作用的最早時間被修正
關於地球上能夠生成氧氣的光合作用，被人們廣泛接受的最古老的證據來自從澳大利亞Pilbara Craton距今27億年前的頁岩中提取出的烴類生物標記，它們被認為是真核生物及光合作用藍藻的證據。這麼早的時間引起了一些爭議，因為在能夠產生氧的藍藻在地球上最早出現的這個時間與大約3億年後引起大氣中氧含量增加的“大氧化事件”（great oxidation event）有一個很長的時間延遲。由Rasmussen等人所做的新的研究工作表明，有機生物標記不是太古代的，一定是在晚些時候、在距今大約22億年前之後進入岩石的。因此，真核生物及藍藻出現在地球上的最早的、明確無誤的化石證據分別應該被糾正為在距今17.8億∼16.8億年前和21.5億年前。

[Website] Encyclopedia of Life Sciences

Encyclopedia of Life Sciences

這個網站上發表了一些跟生命科學有關的paper，這些

paper我發現web of science搜尋不到，所以大家如果要找資料，或許可以來這裡逛逛。

[Paper] Breeding systems and seed size in a neotropical flora: testing evolutionary hypothesis

作者: Steven M. Vamosi1, ­Susan J. Mazer, and ­Fernando Cornejo
出處: Ecology. 2008. 89. 2461.
(Link to the article)
摘要:
一般認為，雌雄異株的植物與雌雄同株的植物相比，具有較大或品質較好的種子。有三種假說作出這樣的預測，第一種假說是，雌雄異株的雌株不需要花費能量產生雄性生殖器官，節省的能量自然可以讓雌株產生較大的種子，第二種假說是雌雄異株植物其effective populatiuon size比雌雄同株植物要低，在選汰的壓力，雌雄異株的植物必須產生較高品質的種子才能存活，最後一種假說是，雌雄異株的植物會受到嚴重的seed-shadow handicap，提高種子質量有利於雌雄異株植物種子的散佈。
本文作者檢視祕魯的Tambopata保護區內植物生殖系統與平均種子大小的關係。他們發現雌雄異株植物的確產生較大的種子，但是不同的生長型( trees, shrubs, lianas)的比較結果有所不同。

[Paper] SELFISH GENETIC ELEMENTS FAVOR THE EVOLUTION OF A DISTINCTION BETWEEN SOMA AND GERMLINE

作者:Louise J. Johnson
出處：Evolution 2008 62(8):2122-2124

摘要:
多細胞生物的性腺特化,以往都被認為是對個體有益的適應性演化,也是有性生殖為了高效率製造配子的必然現象.本文作者則以自私基因的觀點來看,並建立簡易的model來推論selfish gene與性腺特化的關係.其認為性腺特化也有可能是一種自私基因主導下的產物,因為性腺特化更容易讓selfish gene傳遞.

分子演化速率 快慢大不同

標題: Rates of molecular evolution are linked to life history in flowering plants.
作者: Smith SA, Donoghue MJ
出處: Science 2008 322(5898):86-89

〝對植物而言，一或二年生的草本植物的分子演化速率，應該比多年生的木本植物快。〞 過去的研究由於受限於樣本數不足或是僅檢測單一基因序列等問題，對此一直未能有一致的結論。本篇作者挑選了被子植物中的五個類群進行分析，序列也涵蓋了來自nuclear, chloroplast,& mitochondria的基因，最小的data matrix也有3.5 megabases；結果顯示各類群中草本植物的分子演化速率都較木本植物快上許多。

(brown for trees/shrubs; green for herbs)

[Paper] Nocturnal hunting of a brightly coloured sit-and-wait predator

作者: I.-Min Tso, Jen-Pan Huang, Chen-Pan Liao

出處: Animal Behaviour. 2007. 74. 787.

(Link to the article)

摘要:

     本篇paper中，作者證實Leucauge magnifica，一種產於台灣的蜘蛛，牠們主要於夜間捕食獵物，而且牠們腹部的黃班對獵物有著致命的吸引力。作者認為黃班對某些昆蟲是食物的象徵，例如花朵或是新長出的嫩葉，這使得夜間出沒的蛾類會被黃班所吸引。

補充: 

     這裡廣告一下，台大生演所所學會，很榮幸的邀請到本篇的第一作者，卓逸民老師來所上演講，演講的題目是蜘蛛為什麼那麼色，內容會包括這篇paper。時間是11/17下午3：30，在生科館3樓的視聽教室，歡迎大家蒞臨。

看不見的採花賊

標題: Invisible floral larcenies: microbial communities degrade floral nectar of bumble bee-pollinated plants.
作者: Herrera CM, García IM, Pérez R.
出處: Ecology. 2008 89(9):2369-76

本篇作者檢視了三種蜜蜂授粉的植物，發現其花蜜中都含有數量不等的酵母菌。而酵母菌的存在不僅會降低花蜜的甜度，也會改變其中不同醣類的比例。因此，作者也提醒我們，微生物的存在與否及其數量，有可能會影響花蜜特徵。

[Paper] Pollination of Barringtonia racemosa (Lecythidaceae) by Moths on Iriomote Island, Japan

作者: Norio Tanaka
出處: Annals of the Tsukuba Botanical Garden. 2004. 23. 17.
(台大網路無法下載電子檔，已將紙本影印)
摘要:
Barringtonia racemosa中文名稱為穗花棋盤腳，又叫水茄冬。世界上分布的範圍很廣，熱帶地區的非洲、亞洲和澳洲北部都有分布，台灣則分布在北部與南部的海岸地區。過去有人指出Barringtonia屬的傳粉者是蝙蝠，而B. racemosa開花的時間在晚上，而且依照花部特徵來判斷，的確有可能是蝙蝠授粉的生物。
本文作者觀察日本西表島上的B. racemosa族群，結果發現夜間會來訪花的是蛾類，牠們會吸食B. racemosa的花蜜，在觀察期間沒有任何蝙蝠來訪花。作者猜測，由於可能幫忙傳粉的蝙蝠種類Pteropus在沖繩地區已經滅絕了，而蛾類傳粉和蝙蝠傳粉的花朵在特徵上有許多類似之處，B. racemosa的傳粉者可能由蝙蝠轉變呈蛾類。
補充:

關於棋盤腳屬的傳粉生物學與物後研究，台灣也有人觀察過了，也是只有看到蛾類來訪花。請看以下自然保育季刊的連結: 台灣棋盤腳屬之開花受粉與物候介紹。

[Paper] Why two kinds of stamens in buzz-pollinated flowers? Experimental support for Darwin’s division-of-labour hypothesis

作者: Z. Luo, D. Zhang, S. S. Renner

出處: Functional Ecology. 2008. 22. 794

(Link to the article)

摘要: 

     Melastoma mallabathricum是野牡丹科的植物，這一屬以及這一科的植物花朵常具有二型雄蕊。M. mallabathricum內圈的雄蕊呈黃色，外圈的雄蕊呈紫色且基部的connective延長，兩種雄蕊的花藥都是孔裂。本文的研究顯示，內圈的黃色雄蕊主要的功能是吸引傳粉者，提供花粉作為獎賞，在文章中作者稱為feeding stamens (FS)；而外圈的雄蕊才是負責傳粉的雄蕊，文章中稱為pollination stamen (PS)。作者發現PS比起FS明顯具有較多的花粉數和較高的花粉活性，兩種雄蕊之花粉外型也有所不同；傳粉實驗顯示FS對於木匠蜂一類的蜂類具有較高的吸引力；觀察訪花的蜂類發現PS產生的花粉大多分布於蜂類的腹部，也就是容易碰到柱頭的位置，反之FS產生的花粉都分布在昆蟲的胸部。

     這些實驗結果顯示，M. mallabathricum的花朵專門特化成接受蜂鳴傳粉(buzz-pollination)。Darwin曾經提出division-of-labour的假說，認為不提供花蜜只提供花粉來獎賞受粉者的植物，會促使雄蕊演化出兩種形態產生功能上的分化。M. mallabathricum不生產花蜜，而且雄蕊外型和所產生的花粉都分化為兩型，作者認為他們的實驗支持Darwin提出的假說。

心得: 

1. 很喜歡這篇論文，除了一點以外，那就是標題我覺得下的不好，並不是所有buzz-pollinated flowers都具有二型雄蕊。

2. 野牡丹科有很多成員都有二型雄蕊，其他種類也可以檢查花粉活性，說不定可以發現FS產生的花粉完全失去活性的種類。

[Paper] The relationship between the pollen-ovule ratio and pollen size: another comparative test of a sex allocation hypothesis

作者: Lars Gotzenberger, Walter Durka, Ingolf Kuhn, Stefan Klotz

出處: Evolutionary Ecology Research. 2007. 9. 1145.

(台大網路無法下載電子檔，已經將紙本影印)

摘要:     

    在開花植物中，不同的分類群其P/O ratio有很大的差異。過去有兩種假說來解釋為何P/O ratio具有這麼大的變異，Cruden認為植物的P/O ratio與outcrossing的程度有關，Charnov則認為P/O ratio與植物投資在雄性和雌性生殖功能的比例有關，依照Evolutionary Stable Strategy (ESS)，Charnov進行了一系列的推導，最後得到的模式預測，植物的P/O ratio會與pollen size呈反比。Charnov之後有許多paper比較實際情形與模式預測是否相同，這些實驗結果有些支持Charnov的假說，有些則否。

    本文作者蒐集已發表的文獻，嘗試驗證Charnov的假說，他們總共分析了310種被子植物的資料，樣本數應該是類似的文獻中最多的。實驗結果顯示，P/O ratio與pollen size在這310種植物中的確呈現反比，但是若將各個分類群分別分析，則發現有的分類群符合假說所預期，有些不但沒有，P/O ratio與pollen size甚至呈正比!更重要的結論是，真正呈反比的變數其實是pollen number 與pollen size！而某些情形下P/O ratio與pollen size呈反比的原因其實是因為P/O ratio與pollen number呈高度的正相關，作者因此認為Charnov的假說並不完全正確。

心得: 

    1.即使本篇的樣本數已經有310種，是有史以來最多的，但是跟整個被子植物的種數相比，仍然很少，而且作者自己也提到這310種植物大部分集中在某幾個分類群，而且主要是蟲媒花，風媒花的數量很少，這些都有可能影響分析結果。

    2.我沒有完全看懂Charnov的方程式和作者使用的分析方法，但是我的猜測是，這樣的分析可能要在比較小的分類群才有意義，因為Charnov的假說有個前提，就是seed size是常數時，P/O ratio與pollen size會呈反比，但是不同的植物seed size 的差異很大，因此會我好奇作者的分析能否套用在較廣的親緣關係下。

a KNOX without homeodomain

Title: KNOX lost the OX: the Arabidopsis KNATM gene defines a novel class of KNOX transcriptional regulators missing the homeodomain.
Source: Enrico Magnani & Sarah Hake. (2008) The Plant Cell 20:875-887. (paper here)

Notes:
KNATM is a new class of KNOX gene that has MEINOX, but has no homeodomain. Homeodomain is known to be essential for KNOX-KNOX interaction, so the lack of this domain could mean such function could be lost in KNATM. In contrast, the gene product is shown to form dimer with the KNOX protein BREVIPEDICELLUS through acidic coiled-coil domain. This is something new in homeobox genes.

Physcomitrella genome

Author: Daniel Lang, et al.
Title: Exploring plant biodiversity: the Physcomitrella genome and beyond
Source: Trends in Plant Sciences (2008) 13: 541-549. (Link to the article)
Abstract:
Recently, 500+ Mbp were sequenced for Physcomitrella patens genome. This is more or less like a introduction to the current progress and talks about the comparison between P. patens and other land plants. One of the interesting findings is that many genes controlling advance features like flowers, root hairs, are present in this ancient lineage and has a comparable function. It means the evolutionary toolbox is there in the beginning, before the key innovation ever occurred. Actually it makes perfect sense after all.

[Paper] Reproductive biology of Vigna caracalla

作者: ANGELA VIRGINIA ETCHEVERRY, MARIA MERCEDES ALEMAN and

TRINIDAD FIGUEROA FLEMING

出處: Annals of Botany 2008, 102: 305-316 (Journal link here)

摘要: 

    Vigna caracalla是豆科植物中具有非對稱花的一種，此篇文章研究該種植物的花部特徵, 生殖系統及在不同生態組成下的訪花者所扮演的角色。結果發現自交的現象可能在訪花者多樣性較低的地區比較容易產生的結果。

[Paper] Red reveals branch die-back in Norway maple

作者: Aki Sinkkonen

出處: Annals of Botany 2008, 102: 361-366 (Journal link here)

摘要: 秋天將至, 許多落葉樹種為了適應環境壓力, 葉子將會逐漸轉變成紅色。最近研究指出, 這種顏色變換的現象會因不同個體而有所差異。作者觀察發現在部份枝條死亡的Norway maple中, 轉變成紅色葉子的頻率較一般正常的植株來的多而且變紅的時間也提早。進一步的分析，不管在正常植株或是具有枝條死亡的植株里，紅色的葉子所具有的氮含量會比一般綠色的葉子少，可能是因葉子中氮的缺乏可能是色素累積的一個重要關鍵。

[Paper] Is sleep essential?

作者: Chiara Cirelli, Giulio Tononi

出處: Plos Biology. 2008. 6. 1605.
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摘要: 

     大家都知道睡眠很重要，可是睡眠對動物真的是必需的嗎？本篇論文主要分成兩部份，前半段作者藉由文獻整理來探討睡眠對動物的重要性，目前的研究顯示，沒有發現任何一種動物是不需要睡眠的；也沒有發現任何一種動物在延長清醒時間之後，是不需要任何補償性的睡眠；更沒有任何動物是延長清醒時間後不會有生理上的傷害。作者認為這些結果顯示睡眠對動物生存有著必要的功能。

     而睡眠的功能到底是什麼？論文的後半段中作者列出了幾項可能的功能，並且一項一項進行探討，最後的結論是，睡眠確實的功能，仍然沒有結論。作者認為未來的研究可以著重在尋找一些細胞層級的證據，嘗試證明睡眠具有很基本的功能是所有動物不可或缺的。

[Report] Phylogenetic signal in Eukaryotes

Title:
Phylogenetic signal in the Eukaryotic tree of life
Source:
M. J. Sanderson (2008) Science 321: 121-123 (Abstract in PubMED)

Note:
我老板又出Science了！這篇文章主要是討論在14289個已知的真核生物譜系關係中，其譜系支持訊號是否在各目間有所不同。基本的結論是vertebrate的支持度比其他的生物高些，文末並建議要多些特定物種更深入的genomic序列資料，才能有較好的支持度表現。

[Paper] Phylomatic: tree assembly for applied phylogenetics

作者: CAMPBELL O. WEBB and MICHAEL J. DONOGHUE

出處: Molecular Ecology Notes. 2005. 5. 181.

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摘要:

     本文的作者建立了一個資料庫，可快速的將某些植物分類群的譜系關係呈現出來，作者參考了APweb以及許多文獻和完成這個資料庫，使用者可以在作者架設的網站上，輸入一些植物分類群的分類階級資料，就可以查詢親緣關係。(當然...還沒完成的研究就查不到。)

以下是網站連結: http://www.phylodiversity.net/phylomatic/

不過這個網頁已經成為phylomatic 2的訊息頁了。

以下是原本的phylomatic: http://www.phylodiversity.net/phylomatic/phylomatic.html

[Review] Petal organogenesis

Title:
The Arabidopsis petal: a model for plant organogenesis
Source:
Vivian Irish (2008) Trends in Plant Science 13:430-436 (journal link here)

Note:
這是一篇review，討論了花瓣器官形成的分子機制(以阿拉伯芥為例)目前的進展，很值得一看。其中提到了不少相關基因，也清楚的提供可能的器官形成藍圖。

[Paper] Escape from adaptive conflict after duplication in an anthocyanin pathway gene

作者: David L. Des Marais & Mark D. Rausher
出處: Nature 2008 454: 762-765
簡介:
基因複製與新功能演化的關係
基因複製為演化上的新功能提供一個重要模板，儘管這些新功能是在基因複製之前還是之後出現的仍是一個激烈爭論的話題。很多基因是在它們積累有害突變時從基因組中消失的，但其中一些通過分割它們的先祖功能或增添新功能逃過這一命運。基因複製產物的一個有趣、但尚未証實的命運是，分開的基因版本中先祖功能有所改進，推動這種改進的是正選擇。David Des Marais和Mark Rausher發現，這一過程發生在一個為植物花青素通道中一個關鍵酵素編碼的基因中，而且他們提出，這一過程比以前所認為的更普遍。

[Paper] Dissecting components of flowering pattern: size effects on female fitness

作者: MARÍA JOSÉ ALBERT, JOSÉ MARÍA IRIONDO,  ADRIÁN ESCUDERO and ELENA TORRES

出處: Botanical Journal of the Linnean Society. 2008. 156. 227.

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摘要:

     這一篇論文主要在探討植物在開花時，單株開花的密集度對自身的影響。如果在花季時，一株植物開出了許多花朵，以吸引授粉者的角度來說這對植物是很好的，花朵越多越容易引起授粉者的注意，但是負面的影響就是，自交的機率也變多，因為授粉者會不斷的在同一株植物上的不同花朵移動，這使得柱頭接受到的花粉大部分都來自於自己的花藥(以上的現象稱為geitonogamy)。

     本文作者以牻牛兒苗科的Erodium paularense來探討這個問題，作者假設不同大小的植株，其開花的同時性(synchrony)與密集度(flowering intensity)會不同，進而影響到植株的生殖情形。結果顯示，小型的植株，synchrony比例下降，但是每顆果實內的種子數較多；而大型的植株synchrony比例上升，果實內的種子數較少，作者認為大型的植株因為自交的比率上升，使授粉成功比率下降，因此使結種子率下降。

note:

1. 本文的研究牽涉到了自交與異交的問題，但是作者的研究方法完全避開了用分子技術來判斷親緣關係的方法，他們使用的是野外實地觀察開花與結實情形，再利用數學模式來推算synchrony和自交的程度，我覺得很有趣。

2. 整篇論文寫的不好的地方是作者沒有說明何謂大型、中型與小型的植株，既然大小是分群分析的標準，應該要明確定義。

3. 最後的結果看起來，synchrony的程度太高對植物不一定有利，所以理想的策略應該是植物控制開花的數量使synchrony維持在一個適中的範圍，但E. paularense的開花程度好像是依照植物體的大小來決定，越大型的植物自然而然就會開出越多花朵，因此我的感覺是E. paularense並沒有辦法選擇最適當的策略，不曉得其他植物有沒有辦法調整自己的開花狀態？

[Review] News on ancient DNA research

Title:
New developments in ancient genomics
Source:
Millar, C.D. et al. (2008) Trends in Ecology and Evolution 23:386-393

Notes:
The authors reviewed the recent progress on the DNA sequencing techniques that could be applied to ancient DNA research. These include the massively parallel sequencing technologies:
FLX (Roche)
Solexa (Illumina)
SOLiD (Applied Biosystems)
HeliScope (Helicos BioSciences)

雖然這些方法都很貴，但是將來的研究結果應該都會很有趣，也許許多滅絕生物真的就會被重新弄活過來。
另外台灣已經有些地方已經買了Solexa，像中研院，成大，中興，只是能不能做這些有趣又神奇的研究就難說了。

rbcL of mycoheterotrophic orchids

Title:
Molecular evolution of rbcL in the mycoheterotrophic coralroot orchids (Corallorhiza Gagnebin, Orchidaceae)
Source:
Barrett, C.F. and J.V. Freudenstein (2008) Molecular Phylogenetics and Evolution 47:665-679. (article link here)

Note:
The authors sequenced rbcL of 8 spp. mycoheterotrophic orchid (Corallorhiza) and showed that some of them are pseudogenes due to functional relaxation. Several tests were used and worthwhile to take a look.

Horizontal gene transfer in eukaryotic evolution

作者: Patrick J. Keeling and Jeffrey D. Palmer
出處: Nature Reviews Genetics 2008 9: 605-618
簡介:
Horizontal gene transfer(HGT)在真核生物基因組的演化中扮演著重要的角色，不過人們一向將焦點放在比較了解也更為普遍的原核生物間的基因轉移。最近許多研究顯示原核與真核生物的基因轉移，有重大功能上的意義。

[Paper] Evolution of plant miRNA

Author: Michael J. Axtell and John L. Bowman
Title: Evolution of plant microRNAs and their targets
Sources: Trends in Plant Science (2008) 13(7): 343-349. Journal link here
Note:
The authors review the current progress on plant microRNAs and the hypothesis on the evolution. There are 21 highly expressed microRNAs are known to angiosperms and there are several newly identified weakly expressed ones as well.

[Special Issue] Reviews in Plant Cytogenetics

最近一期的Cytogenetic and Genome Research以植物染色體的組成、行為及演化為主題, 討論目前相關領域最新的進展。 這篇special issue的內容如下 (我已下載部份pdf檔存於Atropos), 有興趣者可前往參考

Chromosome Organization

An overview of plant chromosome structure

Chromosome landmarks as tools to study the genome of Arabidopsis thaliana

Physical organisation of simple sequence repeats (SSRs) in Triticeae: structural, functional and evolutionary implications

Molecular cytogenetics of forest trees

New Technologies

Plant engineered minichromosomes and artificial chromosome platforms

Radiation hybrid (RH) and HAPPY mapping in plants

Special Chromosomes

A cytogenetic view of sex chromosome evolution in plants

The use of repetitive DNA in cytogenetic studies of plant sex chromosomes

Plant sex chromosomes: molecular structure and function

Chromosomes with a life of their own

Meiosis

Meiosis in plants: ten years of gene discovery

Meiotic genes and proteins in cereals

ASY1 coordinates early events in the plant meiotic recombination pathway

The cytogenetics of homologous chromosome pairing in meiosis in plants

Nuclear architecture and chromosome dynamics in the search of the pairing partner in meiosis in plants

Chromosome 'speed dating' during meiosis of polyploid Brassica hybrids and haploids

Chromosome Evolution

Chromosome numbers in plant cytotaxonomy: concepts and implications

Repetitive DNA and chromosomal rearrangements: speciation-related events in plant genomes

Cytogenetics and Plant Breeding

Pathways to doubled haploidy: chromosome doubling during androgenesis

Cytogenetics of Festulolium (Festuca × Lolium hybrids)

The use of cytogenetic tools for studies in the crop-to-wild gene transfer scenario

[Paper] Host range and selectivity of Thesium chinense

作者:KENJI SUETSUGU, ATSUSHI KAWAKITA and MAKOTO KATO

出處: Annals of Botany (2008) 102:49-55

簡介: 

百蕊草(Thesium chinense)為根部半寄生的植物，作者想要了解此植物是否有寄主選擇的偏好。結果發現百蕊草的生長會與豆科的Lespepeza juncea與禾本科的Eragrostis curvula的出現有關連。再進一步的研究發現，生長於豆科根部之百蕊草，其吸氣會有比較粗大的現象，作者認為此種偏好可能是因為根部固氮的豆科植物具有較高的營養所導致。

[Paper] Colony Collapse Disorder:Many Suspects, No Smoking Gun

作者:Myrna E. Watanabe
出處:BioScience 2008 5: 384-388
簡介:
一篇回顧造成蜂群崩壞症候群(colony collapse disorder,CCD)的短篇文章,其列出了比較可能的幾個原因,同時也說明了不同地區造成CCD的原因可能也會有所不同.但目前嫌疑最大的幾個原因,就是IAPV病毒,蜜蜂寄生螨,或是多種農藥和除蟲劑協同作用造成蜂群敗亡.但其實真正的原因到目前還沒釐清.
文章也提到一個有趣的地方,就是說蜜蜂本身會從環境中的植物收集一些樹脂回去蜂巢,謂之蜂膠.蜂膠本身具有抗生素的特性,其在蜂巢內的地位也等同於蜜蜂抗病的一道城牆,畢竟蜜蜂本身並沒有完善的免疫系統.但美國養蜂業者在飼育蜜蜂時,並不會挑選這些善於製造蜂膠的蜜蜂,在這樣的人擇之下,養蜂場的蜜蜂通常都不太會製造蜂膠,這也造成了這些蜜蜂更容易生病.
所以啊...這又點出了人類行為對於自然界蹺蹺板失衡的一個例子(當然這也未必是造成CCD的原因).不過既然人類很有可能是造成CCD的原因之一,當然也要做出點亡羊補牢的事情,而且這些補救方法也不見得只能由科學家來做.冰淇淋製造業的老大哥Häagen-Daz推出了一種新口味,稱做"蜂蜜香草風味".當有人花錢買了一球這種口味的冰淇淋時,一部分的盈餘會轉入賓州大學及加州戴維斯分校的研究團隊,當做是研究CCD的研究經費.總之,下次吃到蜂蜜製品時,可得飲水思源.

Coordination of gene expression between organellar and nuclear genomes

作者: Jesse D. Woodson and Joanne Chory
出處: Nature Reviews Genetics 2008 9: 383-395
簡介:
這篇 review 主要針對光合作用植物，概述近期關於胞器(葉綠體、粒線體)與細胞核之間協同基因表現的訊息傳導路徑研究的進展。

A novel route for ATP acquisition by the remnant mitochondria of Encephalitozoon cuniculi

作者: Anastasios D. Tsaousis, Edmund R. S. Kunji, Alina V. Goldberg, John M. Lucocq, Robert P. Hirt & T. Martin Embley
出處: Nature 2008 453: 553-557
簡介: 能“偷”ATP的寄生蟲
Micosporidia，包括寄生蟲Encephalitozoon cuniculi（人體中的投機性病原體），經歷了極端的基因組和細胞縮減。它們沒有線粒體，而是含有被稱為mitosome（線粒體殘跡）的殘留細胞器。但這些生物需要以某種方式獲得ATP，現在有證據表明，E. cuniculi可以利用細菌一樣的運輸蛋白從其真核細胞宿主的胞質溶液中“偷”ATP。

Pseudogene-derived small interfering RNAs regulate gene expression in mouse oocytes

作者: Oliver H. Tam, Alexei A. Aravin, Paula Stein, Angelique Girard, Elizabeth P. Murchison, Sihem Cheloufi,Emily Hodges, Martin Anger, Ravi Sachidanandam, Richard M. Schultz & Gregory J. Hannon
出處: Nature 2008 453: 534-539
簡介: 假基因的真功能
在演化過程中，很多基因經過了複製，其中的一個版本積累了使其失去功能的突變。這些假基因一般被認為是基因組中相當沒有意義、沒有前途的基因。然而現在，人們發現它們似乎並不是那麼簡單。兩個小組在本期Nature上報告了事實上能夠影響基因表達的假基因。其中的機制涉及將來自假基因的RNA反義轉錄與蛋白編碼基因的mRNA配對，形成一個duplex RNA，它又被處理成內生siRNA。

[Paper] Homology and Evolution of Petals in the Core Eudicots

作者:Louis P. Ronse De Craene

出處: Systematic botany 2008 33:301-325  

簡介: 本文針對花瓣是由tepals或stamens的來源作討論 ,文內整理了花被片的形態特徵及類花瓣的花部基因表現,並針對Berberidopsidales的例子深入探討. 

要看紙本的話, 在meeting room有本期期刊 

[Paper] The Presence of a Showy Invasive Plant Disrupts Pollinator Service and Reproductive Output in Native Alpine Species Only at High Densities

作者: 

Alejandro A. Muñoz and 

Lohengrin A. Cavieres

出處: Journal of Ecology.  2008. 96. 459.

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摘要:  

     各位，如果你們有機會去參加聯誼活動，會希望身邊的同夥比自己帥或比自己美嗎？

     這問題問得很奇怪，我再講詳細一點，假設去聯誼的時候，大家的目的就是要認識異性，那大家會希望跟長得比自己好看的人一起去參加聯誼活動嗎？

     這篇paper要講的問題跟聯誼一點關係都沒有，不過某些思考的層面是類似的。以我為例子好了，如果聯誼時，我的同伴比我帥，那女生大概會被我的同伴吸引吧，以認識異性為目標而言，這似乎不妙，沒有什麼女生會注意到我。但是...帥哥對我可能也有好處! 就是至少女生先被吸引過來了，因為我長得不帥，如果我的同伴也不帥，那聯誼時，我們這一組人馬很有可能沒有任何女生對我們有興趣，那一開始就沒希望啦。

     哎...真可悲...這就是人生。好的，我們來看看這篇paper，這篇作者研究的植物在智利是一種外來的菊科植物: Taraxacum officinale，它的花比起本地的菊科植物明顯漂亮很多，因此它有可能吸引更多當地的傳粉者，影響到本地菊科植物的繁育生殖，作者的研究顯示，在T. officinale的密度較高時，確實會對本地植物帶來負面影響，可是當T. officinale的密度較低時，對本地植物的影響反而是中性甚至是正面的，原因是當地位處高山地區，傳粉者稀少，T. officinale漂亮鮮豔的花有助於吸引傳粉者到自身與鄰居花上拜訪。本篇研究顯示入侵植物對本地植物的影響究竟是好是壞，往往需要更進一步的確認。

[Essay] How to succeed in science

Title: How to succeed in science: a concise guide for young biomedical scientists. Part I and II
Author: Jonathan W. Yewdell
Source: Nature Reviews Molecular Cell Biology 9:413-416 and 491-494. (Linked to Web abstract).

Note:
These two articles are good for the young scientists, not only to the ones from biomedical field but also others in biological studies too. I would suggest everyone to take a look.

[Paper] Darwinian Evolution on a Chip

作者: Brian M. Paegel and Gerald F. Joyce

出處: Plos Biology. 2008. 6. 900

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摘要:

     在自然界中生物的演化是很緩慢的過程，至少以我們人類的觀感，我們很難察覺到在現有的時間尺度下生物漸漸發生改變的過程。過去有些聰明的科學家曾設計實驗，以非生物式的演化實驗來觀察演化，例如以電腦程式模擬，或者在試管中觀察分子演化。這些實驗中，演化的過程被大幅加快，實驗者可以確實看到改變的發生，但是不可否認的是，這些實驗雖然模擬了某些自然界演化的特性，但是仍有許多不同。

     本文作者設計了一套裝置，可以使整個分子演化的過程發生在一小塊晶片上。作者以某種ribozyme ligase為實驗材料，這些RNA分子會將某些帶有promoter的oligonucleotide黏合在自己的分子上，接下來reverse transcriptase和RNA polymerase會放大有成功發生ligation的RNA分子，進入下一輪反應，藉由電腦的控制，oligonucleotide的濃度會越來越低，ribozyme ligase就會受到選汰的壓力。經過了500輪的反應後，演化出了效率很高的ribozyme ligase。

     作者強調他們的實驗全靠機器操作，沒有人為操作的一些問題。比起之前類似的實驗，這套實驗方法所模擬的情境更類似發生於自然界的演化。

以下的文章，介紹從以前到現在以riboenzyme為材料的相關研究，另外對於本篇論文有更深入的討論。

標題: Man versus Machine versus Ribozyme

作者: Andrew D. Ellington

出處: Plos Biology. 2008. 6. 934.

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[Paper] Orchid Sexual Deceit Provokes Ejaculation

作者: A. C. Gaskett, C. G. Winnick and M. E. Herberstein.

出處: The American Naturalist. 2008. 171. E206.

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摘要:

     作者研究產於澳洲的一種蘭屬：Cryptostylis屬的生殖生物學，這一屬的蘭花花部外型構造類似一種蜂類(Lissopimpla excela)的雌性個體，這使得雄性個體會被吸引來拜訪花朵。作者們發現雄蜂會在花朵上做出性交的行為並且射精，他們的實驗也證實Cryptostylis屬在性別欺騙(sexual deception)的策略下擁有很高的生殖成功率。

     作者另外調查前人對性別欺騙的蘭科植物生殖生物學研究，並且加入自己的實驗結果進行分析，他們發現了兩件事。第一，會誘導授粉者射精的蘭科植物其生殖成功率高於不會使授粉者射驚的蘭科植物。第二，大部分性別欺騙的蘭花其授粉者是haplodiploid且單獨生活，不是社會性的昆蟲。

     由於性別欺騙的蘭花會造成雄性授粉者無法成功與雌性交配，如果是diploid的昆蟲，族群量就會漸漸降低，因此在未來性別欺騙的生殖策略就會變成無效的。但是對haplodiploid的昆蟲來說，雌性就算沒有得到雄性的精子，還是一樣可以產卵並生育出單套的雄性子代，因此隨著時間流逝族群依然保有足夠的雄性昆蟲幫忙蘭花傳粉，性別欺騙的生殖策略依然有效，這或許可以解釋為什麼大部分性別欺騙的蘭花其授粉者是haplodiploid的性別決定系統。

[Paper] Auto-pollination in a long-spurred endemic orchid (Jumellea stenophylla) on Reunion Island (Mascarene Archipelago,Indian Ocean)

作者: C. Micheneau, J. Fournel, A. Gauvin-Bialecki, T. Pailler
出處: Plant Systematics and Evolution 272: 11–22 (2008)
摘要:
本文作者研究一種分布在印度洋上留尼旺島(Reunion island)上的一種風蘭屬的植物, Jumellea stenophylla. 風蘭為人所熟知的特徵即是具有相當長的花距(flower spur), 乃是因為和其專屬的授粉者-長口器的飛蛾共同演化的結果, 這是自達爾文時代即為人所熟知的特徵. 至於為何挑上J. stenophylla 這個物種, 原因是作者們發現雖然它的型態擁有典型的蛾類授粉型態(sphingophilous pollination syndrome)(花距平均長 137.9 mm, 花蜜量平均 6.1ul , and 花蜜濃度為 10.7% sugar in sucrose equivalent), 但它的繁衍其實根本不需要任何授粉者, 因為它是偏好自花授粉的(auto-pollination). 雖然在外觀上仍保有蛾類授粉的型態, 但在與授粉者的互動上卻有相當大的不同. 它並不會在傍晚的時候釋放出香氣, 且花的壽命非常短, 少於五天. 另外在內部結構上也發現, 蘭科植物用來區隔花粉塊與柱頭用來避免自花授粉的構造-rostellum在它身上是找不到的, 這也讓它在早期發育的階段就有可能發生auto-pollinated. 好奇的是,這個物種雖然偏好auto-pollinated, 但在花部型態上仍保有典型的蛾類授粉型態, 而不像其餘的auto-pollinated orchids會漸漸的改變自己的花部外型,例如, 花朵縮小, 花色對比減低, 花距縮短...等. 此現象作者未下很明切的推斷. 或許是還在此方向演化的半路當中? 這還得先了解此種蘭花的祖先是何時搬家到島上來的才可以進一步推斷.

[paper] Reproductive ecology of 21 coexisting Psychotria species (Rubiaceae): when is heterostyly lost?

作者: Shoko Sakai and S. Joseph Wright

出處: Biological Journal of the Linnean Society. 2008. 93. 125.

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摘要: 

     本文的作者研究21種Psychotria屬(九節木屬)植物的生殖生物學，在研究材料中，有些種為異型花柱，剩下的則為同型花柱。作者認為同形花柱的種類是由異形花柱的種類演化出來。實驗結果顯示在同樣的受粉者拜訪下，異形花柱種類的頻率要高於同型花柱，而同型花柱的種類可以自交，作者推測可能是族群量小，異交困難，促使某些異型花柱的種類喪失了自交不親和性，最後演化成同型花柱的植物。

[Paper] EXPANDING THE LIMITS OF THE POLLEN-LIMITATION CONCEPT: EFFECTS OF POLLEN QUANTITY AND QUALITY

作者: Marcelo A. Aizen and Lawrence D. Harder

出處: Ecology. 2007. 88. 271.

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摘要:

        Pollen-limitation是指植物在授粉期沒有接受足夠的授粉量，使的植物產生的種子數變少，在這種情況下通常給予柱頭額外的花粉，就會增加種子數；相對的，之前的科學家也常認為如果前述的實驗確實增加植物的種子數，就可以證明該種植物接受太少的花粉。本篇論文作者特別強調這樣的想法是有瑕疵的，因為pollen-limitation其實帶有兩種意涵: quantity-limitation和quality-limitation，植物可能因為接受的花粉量不足而產生quantity-limitation；也可能因為接受到品質不良的花粉而產生quality-limitation，兩者都是pollen-limitation，單純的補充多量花粉這種實驗無法區分究竟植物是受到quantity-limitation或quality-limitation，因為人工授粉實驗除了提供多量的花粉，通常人工收集的花粉可能其品質也較高。        

        因此作者呈現一個model來解釋quantity-limitation和quality-limitation的不同，並且提出改良的實驗方法藉此分辨quantity-limitation和quality-limitation的影響。

[Paper] 傳粉生物學常用術語解釋

作者: Qian YU, Yan-Wen ZHANG and You-Hao GUO
出處: Journal of Systematics and Evolution. 2008. 1. 96.
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摘要:
作者整理了文獻中常見傳粉生物學的用語 ，並且對尚未有中文譯名的用語給予適當的翻譯。

[Special Issue] Plant Genomes

最近有一期Science是special issue，主題便是plant genomes，我把title列在底下，有興趣的人可以點我前往閱覽。

Green Genes

Multimedia Feature: Plant Genomes

GM Crops: A World View

Tough Lessons From Golden Rice

Papaya Takes on Ringspot Virus and Wins

Is the Drought Over for Pharming?

Uncorking the Grape Genome

A Life With Grapes

Sowing the Seeds for High-Energy Plants

Genome-Enabled Approaches Shed New Light on Plant Metabolism

Genomic Plasticity and the Diversity of Polyploid Plants

Selection on Major Components of Angiosperm Genomes

Synteny and Collinearity in Plant Genomes

The Epigenetic Landscape of Plants

Extending Genomics to Natural Communities and Ecosystems

From Genotype to Phenotype: Systems Biology Meets Natural Variation

[Paper] Different rewards in female and male flowers can explain the evolution of sexual dimorphism in plants

作者:  Asa M. Hemborg and William J. Bond.

出處:  Biological Journal of the Linnean Society. 2005. 85. 97

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摘要:

        對動物授粉的雌雄異株植物來說，如何成功的將雄株產生的花粉經由授粉者帶到雌株上是一項考驗。一般認為，如果雌花缺乏給予授粉者獎勵的食物(ex: 花粉)，雌花可能藉由對雄花的「擬態」(floral mimicry) 來欺騙授粉者，以達成授粉的目的。

       本篇論文報導了一種特別的策略，作者稱為Specialized female rewards，也就是雌花提供與雄花完全不同的獎勵來吸引授粉者，這完全不同於「擬態」的概念，雌花和雄花在外觀上具有極大的差異。作者發現在Leucadendron xanthoconus (Proteaceae) 的族群中, 雄花提供授粉者Pria cinerascens (Nitidulidae) (一種甲蟲) 交配和產卵的場合，並供給食物給幼蟲與成蟲；雌花提供的獎勵則是下雨時可以保護P. cinerascens的避難所。作者認為L. xanthoconus的生殖策略與P. cinerascens和當地氣候都有密切的關係。

[Paper] 二葉樹的plastid genome sequence

Title:

The complete plastid genome sequence of Welwitshia mirabilis: an unusually compact plastome with accelerated divergence rates.

Skip R. McCoy, Jennifer V. Kuehl, Jeffrey L. Boore and Linda A. Raubeson

Journal weblink here

內容如題所示

[Paper] SSU rRNA secondary structure in resolving Porifera phylogenies

Title:

Molecular evoution of rDNA in early diverging Metazoa: First comarative analysis and phylogenetic application of complee SSU rRNA secondary structures in Porifera.

Oliver Voigt, Dirk Erpenbeck and Gert Worheide

BMC Evolutionary Biology (2008)8:69

journal weblink here

這是一篇探討應用SSU rRNA secondary structure於海棉譜系分類的文章,作者藉由比對18S序列的length ,base composition, sybapomorphic base exchange及其secondary structure 作為estimate phylogeny的依據.看來序列的組成與結構在序列的本身外,透露著更多珍貴的演化訊息.

[Paper] origin of first mistletoes

Title:
The first mistletoes: Origins of aerial parasitism in Santalales
R. Vidal-Russel and D. L. Nickrent
Molecular Phylogenetics and Evolution (2008) 47:523-537. (journal weblink here; pdf in Atropos)

Note:
The authors confirmed the five origins of aerial parasitism in Santalales using nr SSU, LSU, ch rbcL, matK, trnL-F from 39 taxa. The ages of those clades were estimated. The authors also proposed how the root parasites 'move up' to the trunk during the Oligocene. Interesting paper.

[Paper] Cornus evolution

Title:
Molecular evolution of PISTILLATA-like genes in the dogwood genus Cornus (Cornaceae).
Zhang, W., Q.-Y. Xiang, D.T. Thomas, B.M. Wiegmann, M.W. Frohlich, and D.E. Soltis
Molecular Phylogenetics and Evolution (2008) 47:175-195. (journal weblink here; pdf in Atropos)

Note:
The article studied the evolution of PI in Cornus, emphasizing the selection pressure measure (dN/dS) among lineages. Some of the lineages has relatively high dN/dS, i.e. ~1. This is quite unusual in MADS box genes.
This is a project I provided initiative resource, but somehow taken over without further appreciation. I was thanked by the authors anyway. Well, 大家就看看吧.

[Website] Encyclopedia of Life

Encyclopedia of Life (EOL)已於近日正式上線。EOL是一個全新的全球生物多樣性記錄的嚐試，和wikipedia有點像的是，它讓專業或業餘的生物愛好者，可以將所有可用的不同生物資訊都公諸於此，開放給所有大眾。好像跟Tree of Life或Species2000打對台似的，無論如何，都多了一些查資料的管道。

[Special Issue] Plant Genome Horizons

出處: Annals of Botany, 2008, 101 (6)

本期的文章主要是2007年在Kew garden所舉辦的”Plant Genome Horizons-Vistas and Visions”研討會內容集結而成。研討會舉辦的目在於歡送Michael Bennett榮退，而文章為Dr. Bennett及其學生在植物genome研究上的成果。內容包含(1) genome size evolution, (2) reproductive cell biology; (3) higher order genome organisation, and (4) biosystematics.

[Paper] Variation in dispersability among mainland and island populations

出處: Plant Systematic and Evolution 270:243-255 ,2008
作者: B. Fresnillo, B. K. Ehlers


本篇文章探討物種Dispersal的能力, 是否如預期一般, 在島嶼上會比大陸上的族群來得強. 因為在大陸上的族群, dispersal的能力所承受到的selection pressure會小於島嶼族群, 畢竟島嶼有越海的問題要克服, 所以預期中, 島嶼族群通常能擁有較佳的播遷能力. 此實驗選了三個物種 : 柳葉菜科的Epilobium angustifolium & Epilobium hirsutum 以及菊科的Cirsium arvense, 並分別比較這三個speciese的島嶼族群以及大陸族群, 研究地點在日德蘭半島(Jutland) 及其附近三個小島. 實驗得出結果顯示, Epilobium angustifolium & Epilobium hirsutum 的播遷能力如預期的表現 : 島嶼族群的的播遷能力比大陸族群強. 但來自Cirsium arvense 的結果卻顯示了相反情況 (大陸族群播遷能力比島嶼族群強). 關於這點, 作者認為最可能的原因在於Cirsium arvense 在島嶼上所面對的環境壓力, 有可能牽連到播遷能力與種子萌發率的問題, 就是種子如果想要長得好, 那就必須犧牲掉種子的播遷能力. 但實際造成這種情形的原因, 勢必要再做深入研究.

[Review paper] B class genes in nongrass monocots

Title: Class B gene expression and the modified ABC model in nongrass monocots
Authors: Akira Kanno, M. Nakada, Y. Akita, M. Hirai
Journal: TheScientificWorldJOURNAL 2007 7:268-279. (pdf in Atropos)

NOTE:
This is a review paper on describing current understanding of B class genes in nongrass monocots, i.e.
Liliales:
tulip, lily, Tricyrtis, Muscari (Liliaceae)
Asparagales:
Agapanthus (Amaryllidaceae), asparagus (Asparagaceae), Crocus (Iridaceae), Phalaenopsis, and Dendrobium (Orchidaceae).

[Paper] 比較葉片及 foliar ant-domatia的解剖構造

[Paper] Comparison between the Anatomical and Morphological Structure of Leaf Blades and Foliar Domatia in the Ant-plant Hirtella physophora (Chrysobalanaceae)

出處: Annals of Botany 101(4): 501-507, 2008

作者: CELINE LEROY, ALAIN JAUNEAU, ANGELIQUE QUILICHINI, ALAIN DEJEAN and JEROME ORIVEL

生長於亞馬遜的螞蟻樹(Hirtella physophora) 葉子基部有兩個葉子捲起的特別構造, 被樹棲性的螞蟻(Allomerus decemarticulatus) 利用為domatia。本篇作者利用比較一般葉片與此構造的蜜腺、氣孔、厚度、細胞形態等解剖構造, 證實此domatia為葉子與螞蟻共同演化後所特化出的特別構造 (secondary domatia), 而非葉子原本就具有的孔洞 (primary domatia)。

延伸閱讀:

這螞蟻會在這種樹上利用真菌跟纖維製造出陷阱，來捕捉其他昆蟲。科景有中文的介紹:

織網捕蟲的亞馬遜螞蟻 (http://www.sciscape.org/news_detail.php?news_id=1781)

原文: Arboreal ants build traps to capture prey. Nature (434): 973

[Paper] B-class MADS-box genes in trioecious papaya: two paleoAP3 paralogs, CpTM6-1 and CpTM6-2 , and a PI ortholog CpPI

作者: Christine M. Ackerman, Qingyi Yu, Sangtae Kim, Robert E. Paull, Paul H. Moore and Ray Ming
出處: Planta: 2008, 227, 741-753

作者選殖出木瓜的B群基因：CpTM6-1、 CpTM6-2和 CpPI。更進一步的利用In-situ hybridization以及RT-PCR來檢測這些B群基因在木瓜花裡的表現。

[Paper] Pollination of Aristolochia pallida Willd. (Aristolochiaceae) in the Mediterranean

作者: Bjorn Rulik, Stefan Wanke, Matthias Nuss, Christoph Neinhuis

出處: Flora 203 (2008) 175–184

馬兜鈴的花被合生變成漏斗管狀(tube), 內部有一些逆生的毛, 讓在進入tube的昆蟲只能隨著逐漸變小的tube繼續往花的更深處前進，待通過最狹窄的區域後, 就進入雄蕊磁蕊所在較大的腔室中(utricle), 而達到授粉的目的。在本篇研究中發現此種地中海的馬兜鈴雖有許多小型節肢動物進入花中, 但只有Megaselia屬的雄性昆蟲身上攜帶此種的花粉。作者推測除了昆蟲的尺寸為授粉者的必要條件外, 化學吸引(例如pheromones)可能也是另一個影響因子。

[Paper] Early steps of angiosperm pollinator coevolution.

作者: Shusheng Hu, David L. Dilcher, David M. Jarzen and David W. Taylor 

出處: PNAS  2008,  105:240-245

說明: 本篇研究在於應證早期植物是由昆蟲傳粉的假說, 作者群為早期化石植物為昆蟲傳粉提供了證據,並藉由觀察被子植物基群的植物以及真雙子葉基群的植物來推傳粉的演化趨勢（動物性傳粉-->風力傳粉）,在此都提供了許多實際量化的數據.

[Paper] Arabidopsis thaliana plants overexpressing Ramosa1 maize gene

作者: Michela Landoni, Elena Cassani, Roberto Pilu
出處: Sexual Plant Reproduction (2007) 20: 191-198

玉米中所發現的Ramosa1 (Ra1) 基因主要的功能是在決定花序中分枝的數量, 若在ral mutation的情況下, 會造成玉米花序的分枝增加。本篇作者將此基因放入Arabidopsis中進行overexpression, 結果導致Arabidopsis的花瓣、種子、葉子、花粉、子葉及根的尺寸都有增加的趨勢。進一步分析這些器官的構造發現，其細胞數量皆沒有太大的改變, 而細胞卻都膨脹變大 (cell expansion)。雖然在Arabidopsis中沒有Ra1的orthologous gene，但在Ra1的Arabidopsis轉殖株中偵測到一些調控細胞變大的基因(ex: GRFs)表現量增加。

[Paper] A photosynthetic alveolate closely related to apicomplexan parasites

Nature: 2008.451.959
Robert B. Moore, Miroslav Obornı´k, Jan Janousˇkovec,Toma´sˇ Chrudimsky´, Marie Vancova´, David H. Green, Simon W. Wright, Noel W. Davies, Christopher J. S. Bolch, Kirsten Heimann, Jan Sˇlapeta,Ove Hoegh-Guldberg, John M. Logsdon Jr & Dee A. Carter
葉綠體中含光合作用基因的一種藻類
Apicomplexans是動物的原生動物寄生蟲，包括引起瘧疾、弓形蟲病和其他人類疾病的病原體。大多數apicomplexans都含有一個未染色的葉綠體殘體——apicoplast，它是這種寄生蟲生存所必需的。人們認為，光合作用基因在細胞器演化過程中丟失了，但 “光合作用apicomplexan”的後代卻沒有留下來，而已知有一個光合作用的質體。現在，從悉尼港的一個石珊瑚分離出的一種生物有可能填補這一空白。這種藻類與珊瑚一起生活，但也可以作為一種自由生活的生物來培養。從系統發育學上來講，它與Apicomplexa是相關的，與甲藻不同，其葉綠體在遺傳上有一個新奇之處——它們有光合作用基因，同時結合UGA密碼子的使用來編碼tryptophan，後者是apicoplasts的典型特徵。

Are euAP3 and PI motif not essential for floral organ identity?

[Paper]

Conserved C-terminal motifs of the Arabidopsis proteins APETALA3 and PISTILLATA are dispensable for floral organ identity function.
Piwarzyk E, Yang Y, Jack T
Plant Physiol 2007 Dec 145(4):1495-505

雖然在本篇的標題給了個question mark，不過這確是這篇paper的結論。作者們將C端尾巴被去掉不同程度的AP3及PI放回阿拉伯芥的突變株中，檢測其性狀的表現，而得到上述的結果。另外也利用yeast three-hybrid證實移除PI motif並不影響其與AP3和SEP1的結合。如果C端這些特異但在演化歷史上被高度保留的序列不重要，那我們該如何思考其功能及演化上的意義呢？