[Editorial overview] Genomes and evolution

December 20th, 2007 by aerobe
作者： Jim Leebens-Mack, R Kelly Dawe and Susan R Wessler
出處： COGD 2007, 17:471-472
說明：
這期的Current Opinion in Genetics & Development的文章，都是和genome及evolution有關，都挺有趣的。有興趣的人，請自行上網點閱。
http://www.sciencedirect.com/science/journal/0959437X

[Review] After a dozen years of progress the origin of angiosperms is still a great mystery

December 20th, 2007 by aerobe
作者： Michael W. Frohlich & Mark W. Chase
出處： Nature 2007, 450:1184-1189
說明：
作者們討論了近來被子植物起源研究的進展。1980及1990年代盛行的”anthophyte theory”已經黯然失色；與Gnetales親緣關係最為接近的可能為conifers，而不是被子植物。根據基因的功能、複製及丟失的開花植物起源的假說已經提出。對於進一步了解被子植物的起源，端賴於分子與化石兩方面的研究。

[Editorial] Ten Simple Rules for Graduate

December 20th, 2007 by aerobe
作者： Jenny Gu & Philip E. Bourne
出處： PLOS Computational Biology 2007, 3:2045-2046
說明：
有趣的文章，作者給研究生的10個建議。

[Paper] Transformation and diversification in early mammal evolution

December 19th, 2007 by aerobe
作者： Zhe-Xi Luo
出處： Nature 2007, 450:1011-1019
說明：
哺乳動物演化並非走直線
哺乳動物的演化經常被說成是一個線性過程，關鍵特徵是從作為其祖先的爬行類動物的相關特徵發展來的，而且是不斷增添的：如中耳是從頜關節演化來的，臼齒是從爬行類簡單的尖齒演化來的。 但正如羅哲西在一篇Review Article中所反映的那樣，大量最近發現的化石徹底改變了這一觀點。哺乳動物的演化所走過的遠遠不是一條直線，而是一個複雜的、分叉的網絡，其中有若干個死胡同：哺乳動物特徵在幾個單獨的支系是重覆演化的，有時這些特徵還會丟失。

[Paper] Distinct physiological states of Plasmodium falciparum in malaria-infected patients

December 19th, 2007 by aerobe
作者： Daily, J. P., D. Scanfeld, N. Pochet, K. Le Roch, D. Plouffe, M. Kamal, O. Sarr, S. Mboup, O. Ndir, D. Wypij, K. Levasseur, E.
Thomas, P. Tamayo, C. Dong, Y. Zhou, E. S. Lander, D. Ndiaye, D. Wirth, E. A. Winzeler, J. P. Mesirov & A. Regev
出處： Nature 2007, 450:1091-1097; Nature 2007, 450:955
說明：
瘧原蟲在人體中的三種存在狀態
瘧疾研究中的一大困惑是，被感染兒童臨床症狀很多——從輕微流感症狀到昏迷和死亡都有。現在，對從人類患者身上分離出的瘧疾寄生蟲所進行的一次大型轉錄分析，揭示了造成這種差異的一個可能的線索。鐮刀性瘧原蟲在人類宿主身上以三種不同生理狀態存在，牠們可以被分別描述為一種積極生長狀態、一種對飢餓的反應狀態和一種環境壓力反應狀態。這一發現對於用目前的藥物進行治療以及對於未來藥物和疫苗的開發都具有重要意義。

[Paper] Arabidopsis thaliana is a susceptible host plant for the holoparasite Cuscuta species

December 19th, 2007 by aerobe
作者： Birschwilks, M., N. Sauer, D. Scheel and S. Neumann
出處： Planta 2007, 226:1231-1241
說明：
作者利用螢光染劑Texas Red及5,6-CarboxyXuorescein，展現了菟絲子與宿主阿拉伯芥的木質部和韌皮部間有連續性的連接。更進一步利用轉殖有螢光蛋白質GFP (27kDa)或GFP-ubiquitin (36kDa)的阿拉伯芥，發現GFP可無阻礙的輸送到菟絲子，但在菟絲子上卻無法偵測到GFPubiquitin，顯示了蛋白質在菟絲子與宿主間的傳送有大小的限制。

[Paper] Increase of pollinator attraction by means of a visual signal in the sexually deceptive orchid, Ophrys heldreichii (Orchidaceae)

December 15th, 2007 by milkdog
作者:J. Spaethe, W. H. Moser, and H. F. Paulus
出處:Plant Systematics and Evolution
2007.264.31
本篇文章主要探討一種Ophrys屬的蘭花,Ophrys heldreichii 的perigon(除唇瓣外的另兩片花瓣加上三片萼片稱perigon)是否對於其pollinator有吸引性的加分作用.此種蘭花是不會給pollinator獎勵的,純粹是靠分泌pheromone和香味,把公蜂騙過去假交配,一番雲雨之後帶走花粉塊. 作者做了兩階段實驗,第一階段使用兩朵真花,一朵完整不作處理,另一朵則是剪掉它的perigon,接著觀察公蜂對於拜訪這兩朵花是否有偏好上的不同. 觀察結果顯示,公蜂拜訪完整花的次數較高, 所以此種蘭花perigon的確有加分效果.

第二階段的實驗,則是要去除香味這個變因,因為作者認為只要是不同朵花,其香味濃度可能就有差異,如此對公蜂的吸引力就有可能不同,故使用照片來代替真花…咦咦? 照片行得通嗎. 當初我也有疑問. 他是用兩張照片,然後香味的話則是使用人工施放,如此濃度可以標準化.一張照片是完整花的照片,另一張則使用photoshop把照片中花的perigon給擦掉. 最後結果還是顯示, 公蜂對於完整花的那張照片有較多的拜訪次數. 因此確定了perigon的確可以吸引到較多的pollinator拜訪.

原本我以為蜂的視覺是靠花朵的UV pattern來選擇自己喜歡的花, 但是照片的UV pattern一定跟真花不一樣,或是說照片可能也沒辦法反射UV,我寫信問了作者相關的膜翅目視覺問題,後來才知道bees的視覺對顏色可以有簡單的辨別力,不然我以為他只能認灰階而已. 不過這也點出另一個問題, long-horned bee對於色彩可以有辨別力, 對花型的辨別力又到何種程度?若是講明白點, 膜翅目對花朵的認知能力又到何種地步?

[Paper] Why Does Some Pollen Lack Apertures? A Review of Inaperturate Pollen in Eudicots

作者: Carol A. Furness
出處: Botanical Journal of the Linnean Society (2007) 155: 29-48
2007.155.29
真雙子葉植物(eudicots)的花粉形態常常是三溝孔(tricolpate)或是源自三溝孔的構造，可是在真雙子葉植物中的少數幾個類群卻發展出無溝孔的花粉(inaperturate pollen)。本篇review中作者介紹無溝孔的花粉在真雙子葉植物中的起源、分佈、發育和功能。目前已知在真雙子葉植物中，無溝孔的花粉可分為不可孕與可孕兩大類，不可孕的無溝孔花粉常與功能性的雌雄異株(functiuonal dioecy)有關，此時無溝孔的花粉單純作為授粉者的獎勵；可孕性的無溝孔花粉則常與某些特化的植物類群有關，例如水生植物、寄生植物、食蟲植物、異形花柱(heterostyly)、風煤傳粉和花粉塊(pollinia)。作者另外介紹了一種特殊的花粉形態: cryptoaperturate。其定義為花粉的endexine存在endoaperture，但是外觀上並不明顯。