Thursday, December 18, 2008

[Paper] Species Problem - A Philosophical Analysis

作者: Richard A Richards
出處: Encyclopedia of Life Sciences. 2007. doi: 10.1002/9780470015902.a0003456
摘要: 
     Species常被視為演化生物學或者是生物多樣性的一個基本單位,但是生物學家們對species concept的定義卻往往不同,目前在文獻中已經超過有20種以上的species concept,而且沒有任何一種species concept是被所有人接受的。
     本文提到了,解決這些混亂的方法,可能是利用Division of Conceptual Labour的概念,將species concept分為兩個層次,第一層是theoretical的,第二層是operational的,第一層的species concept是要很完備的,適合各種類群的生物,例如Evolutionary species concept將種視為historical lineage,這樣的想法可以解釋許多生物類群,包括有性繁殖或無性繁殖的生物,因此可以算是被大家廣泛接受,適合作為第一層的species concept。接下來,第二層的species concept就是大家如何實際上辨認historical lineage的方法,例如biological species concept就不是跟Evolutionary species concept對立的觀念了,其實biological species concept是幫忙生物學家實際分辨類群的準則,在某些動物之中很有效,其他類群不見得要用biological species concept當作分類的準則,可以用其他合適準則。
     在這樣兩層species concept合作的情形下,我們或許可以解決這些紛擾的問題。
心得:
我這裡舉的例子並不是說Evolutionary species concept是用來當第一層種概念最好的選擇,實際上,在念了一些書之後,我還是搞不懂Evolutionary species concept和 Phylogenetic species concept的差別,這些英文的定義看過幾次還是很難懂,恩...或許有一天會懂吧。

Monday, December 8, 2008

[Paper] DNA methylation and heterochromatinization in the male-specific region of the primitive Y chromosome of papaya

作者: Wenli Zhang, Xiue Wang, Qingyi Yu, et al.
出處: Genome Research 2008 18: 1938-1943
簡介:
性染色體衍生自一般染色體。在許多具異型X/Y染色體的物種中,性別決定區域重組的抑制與有害的突變導致Y染色體的退化。然而,重組抑制的區域如何從性別決定位點擴展到整條Y染色體,仍不清楚。這篇paper說明了木瓜Y染特體的特點,並推測DNA的methylation與heterochromatinization在性染色體的演化中扮演重要的角色。

[Paper] Across the Curious Parallel of Language and Species Evolution

作者: John Whitfield
出處: PLoS Biology 2008 6: 1370-1372
簡介:
有趣的文章,語言的演進與物種演化兩者令人訝異的類似。

[Paper] Evolution of developmental mechanisms in plants

作者: Jane A Langdale
出處: Current Opinion in Genetics & Development 2008 18: 386-373
簡介: 是一篇關於植物發育機制演化的review,並舉了一些例子說明。

Monday, December 1, 2008

[Paper] Twenty years of phylogeography: the state of the field and the challenges for the Southern Hemisphere


作者: Luciano B. Beheregaray 
出處: Molecular Ecology. 2008. 17. 3754.
(Link to the article台大有12個月全文檢視的delay, 電子檔已下載到epaper)
摘要: 
Phylogeography是新興的學門,本文作者檢視過去20年的研究狀況,並對未來的發展提出建言。