[Paper] Is sleep essential?

作者: Chiara Cirelli, Giulio Tononi

出處: Plos Biology. 2008. 6. 1605.
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摘要: 

     大家都知道睡眠很重要，可是睡眠對動物真的是必需的嗎？本篇論文主要分成兩部份，前半段作者藉由文獻整理來探討睡眠對動物的重要性，目前的研究顯示，沒有發現任何一種動物是不需要睡眠的；也沒有發現任何一種動物在延長清醒時間之後，是不需要任何補償性的睡眠；更沒有任何動物是延長清醒時間後不會有生理上的傷害。作者認為這些結果顯示睡眠對動物生存有著必要的功能。

     而睡眠的功能到底是什麼？論文的後半段中作者列出了幾項可能的功能，並且一項一項進行探討，最後的結論是，睡眠確實的功能，仍然沒有結論。作者認為未來的研究可以著重在尋找一些細胞層級的證據，嘗試證明睡眠具有很基本的功能是所有動物不可或缺的。

[Report] Phylogenetic signal in Eukaryotes

Title:
Phylogenetic signal in the Eukaryotic tree of life
Source:
M. J. Sanderson (2008) Science 321: 121-123 (Abstract in PubMED)

Note:
我老板又出Science了！這篇文章主要是討論在14289個已知的真核生物譜系關係中，其譜系支持訊號是否在各目間有所不同。基本的結論是vertebrate的支持度比其他的生物高些，文末並建議要多些特定物種更深入的genomic序列資料，才能有較好的支持度表現。

[Paper] Phylomatic: tree assembly for applied phylogenetics

作者: CAMPBELL O. WEBB and MICHAEL J. DONOGHUE

出處: Molecular Ecology Notes. 2005. 5. 181.

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摘要:

     本文的作者建立了一個資料庫，可快速的將某些植物分類群的譜系關係呈現出來，作者參考了APweb以及許多文獻和完成這個資料庫，使用者可以在作者架設的網站上，輸入一些植物分類群的分類階級資料，就可以查詢親緣關係。(當然...還沒完成的研究就查不到。)

以下是網站連結: http://www.phylodiversity.net/phylomatic/

不過這個網頁已經成為phylomatic 2的訊息頁了。

以下是原本的phylomatic: http://www.phylodiversity.net/phylomatic/phylomatic.html

[Review] Petal organogenesis

Title:
The Arabidopsis petal: a model for plant organogenesis
Source:
Vivian Irish (2008) Trends in Plant Science 13:430-436 (journal link here)

Note:
這是一篇review，討論了花瓣器官形成的分子機制(以阿拉伯芥為例)目前的進展，很值得一看。其中提到了不少相關基因，也清楚的提供可能的器官形成藍圖。

[Paper] Escape from adaptive conflict after duplication in an anthocyanin pathway gene

作者: David L. Des Marais & Mark D. Rausher
出處: Nature 2008 454: 762-765
簡介:
基因複製與新功能演化的關係
基因複製為演化上的新功能提供一個重要模板，儘管這些新功能是在基因複製之前還是之後出現的仍是一個激烈爭論的話題。很多基因是在它們積累有害突變時從基因組中消失的，但其中一些通過分割它們的先祖功能或增添新功能逃過這一命運。基因複製產物的一個有趣、但尚未証實的命運是，分開的基因版本中先祖功能有所改進，推動這種改進的是正選擇。David Des Marais和Mark Rausher發現，這一過程發生在一個為植物花青素通道中一個關鍵酵素編碼的基因中，而且他們提出，這一過程比以前所認為的更普遍。

[Paper] Dissecting components of flowering pattern: size effects on female fitness

作者: MARÍA JOSÉ ALBERT, JOSÉ MARÍA IRIONDO,  ADRIÁN ESCUDERO and ELENA TORRES

出處: Botanical Journal of the Linnean Society. 2008. 156. 227.

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摘要:

     這一篇論文主要在探討植物在開花時，單株開花的密集度對自身的影響。如果在花季時，一株植物開出了許多花朵，以吸引授粉者的角度來說這對植物是很好的，花朵越多越容易引起授粉者的注意，但是負面的影響就是，自交的機率也變多，因為授粉者會不斷的在同一株植物上的不同花朵移動，這使得柱頭接受到的花粉大部分都來自於自己的花藥(以上的現象稱為geitonogamy)。

     本文作者以牻牛兒苗科的Erodium paularense來探討這個問題，作者假設不同大小的植株，其開花的同時性(synchrony)與密集度(flowering intensity)會不同，進而影響到植株的生殖情形。結果顯示，小型的植株，synchrony比例下降，但是每顆果實內的種子數較多；而大型的植株synchrony比例上升，果實內的種子數較少，作者認為大型的植株因為自交的比率上升，使授粉成功比率下降，因此使結種子率下降。

note:

1. 本文的研究牽涉到了自交與異交的問題，但是作者的研究方法完全避開了用分子技術來判斷親緣關係的方法，他們使用的是野外實地觀察開花與結實情形，再利用數學模式來推算synchrony和自交的程度，我覺得很有趣。

2. 整篇論文寫的不好的地方是作者沒有說明何謂大型、中型與小型的植株，既然大小是分群分析的標準，應該要明確定義。

3. 最後的結果看起來，synchrony的程度太高對植物不一定有利，所以理想的策略應該是植物控制開花的數量使synchrony維持在一個適中的範圍，但E. paularense的開花程度好像是依照植物體的大小來決定，越大型的植物自然而然就會開出越多花朵，因此我的感覺是E. paularense並沒有辦法選擇最適當的策略，不曉得其他植物有沒有辦法調整自己的開花狀態？

[Review] News on ancient DNA research

Title:
New developments in ancient genomics
Source:
Millar, C.D. et al. (2008) Trends in Ecology and Evolution 23:386-393

Notes:
The authors reviewed the recent progress on the DNA sequencing techniques that could be applied to ancient DNA research. These include the massively parallel sequencing technologies:
FLX (Roche)
Solexa (Illumina)
SOLiD (Applied Biosystems)
HeliScope (Helicos BioSciences)

雖然這些方法都很貴，但是將來的研究結果應該都會很有趣，也許許多滅絕生物真的就會被重新弄活過來。
另外台灣已經有些地方已經買了Solexa，像中研院，成大，中興，只是能不能做這些有趣又神奇的研究就難說了。

rbcL of mycoheterotrophic orchids

Title:
Molecular evolution of rbcL in the mycoheterotrophic coralroot orchids (Corallorhiza Gagnebin, Orchidaceae)
Source:
Barrett, C.F. and J.V. Freudenstein (2008) Molecular Phylogenetics and Evolution 47:665-679. (article link here)

Note:
The authors sequenced rbcL of 8 spp. mycoheterotrophic orchid (Corallorhiza) and showed that some of them are pseudogenes due to functional relaxation. Several tests were used and worthwhile to take a look.