[Website] 台大演講網：冬季特餐-論文寫作系列

http://speech.ntu.edu.tw/paper/

這裡有一些演講的錄影，講題都與論文寫作有關。注意，這些只能在台大的網路連結下觀看。

[Website] Biodiversity Heritage Library

http://www.biodiversitylibrary.org/Default.aspx

這裡可以下載到一些分類文獻。

[Website] Handbook of Biological Statistics

http://udel.edu/~mcdonald/statintro.html

很棒的統計教學網站。

[Paper] Moving to mate: the evolution of separate and combined sexes in multicellular organisms

作者：S. M. Eppley and L. K. Jesson

出處：Journal of Evolutionary Biology. 2008. 21. 727.

(Link to the article)

摘要：

生物在尋找交配機會的難易程度，可能會影響生殖系統的演化，例如被子植物中雌雄異株的比例較低，有些學者認為這是因為植物無法移動尋找伴侶，因此雌雄異株的植物在缺少適當傳粉媒介時會無法授粉，較不利生存。而脊椎動物在找伴侶時就比較主動，顯然他們具有較多雌雄異株的例子。

本文研究生物移動尋找伴侶的能力與生殖系統的關係，不同類群的多細胞生物的移動能力高低與生殖系統根據演化關係進行統計檢定，結果移動能力的改變的確與生殖系統的演化有關。

[Paper] The importance of scent and nectar filters in a specialized wasp-pollination system

作者：Adam Shuttleworth and Steven D. Johnson

出處：Functional Ecology. 2009. 23. 931.

(Link to the article)

摘要：

Pachycarpus grandiflorus是一種產在南非的蘿摩科植物，花朵為輻射對稱，且開花時會產生大量的花蜜，以花部外型判斷P. grandiflorus應該會受到許多傳粉昆蟲的拜訪，可是野外觀察顯示這種植物幾乎只受到胡蜂的拜訪。本文證實P. grandiflorus特化為胡蜂專一受粉的植物。花朵散出的氣味專門吸引胡蜂，花朵產生的花蜜也只有胡蜂有興趣，分析花朵產生的反射光譜顯示P. grandiflorus的花在昆蟲眼中很不顯眼。以上的結果顯示P. grandiflorus的花以特殊氣味和花蜜吸引胡蜂，並且演化出不顯眼的反射光譜避免其他昆蟲拜訪。

這篇論文的重要性在於，一般而言我們習慣用花部外型判斷花朵有沒有特化以吸引專一的傳粉者 (例如很長的spurs)，在這個例子中，花部外型雖然沒有特化，可是其他的特徵的特化使P. grandiflorus仍然成為只吸引單一傳粉者的植物。

[Paper] APG III

Angiosperm Phylogeny Group (APG) III 發表在今年十月的林奈氏學會。

請參考以下這篇：

An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG III

另外還有兩篇文章，一篇是討論陸生植物的分類：

A phylogenetic classification of the land plants to accompany APG III

還有各個科名的系統排列關係：

The Linear Angiosperm Phylogeny Group (LAPG) III: a linear sequence of the families in APG III

[Website] ESL assistant

http://www.eslassistant.com/

這個網站點進去以後，可以把自己寫的英文文章複製貼上，然後網頁會幫忙檢查有沒有明顯的文法錯誤。

[Paper] Orchid Mimics Honey Bee Alarm Pheromone in Order to Attract Hornets for Pollination

作者：Jennifer Brodmann,Robert Twele,Wittko Francke,Luo Yi-bo,Song Xi-qiang andManfred Ayasse

出處：Current Biology. 2009. 19. 1368.

(Link to the article)

摘要：

Dendrobium sinense (華石斛)是一種產在中國海南島的蘭花，本文作者發現這種蘭花開花時會發散一些化學物質，這些物質出現在蜜蜂的費洛蒙中，問題是，這些物質不會吸引蜜蜂，反而會吸引黃蜂 －蜜蜂的掠食者－ 前來訪花。原來這是蜜蜂遇襲時會放出的警示物質，而且對黃蜂有很強的吸引力。因此華石斛是靠擬態蜜蜂的費洛蒙來吸引黃蜂，而黃蜂也是目前觀察的訪花者中唯一有效的受粉者。

[Paper] On the problems of a closed marriage: celebrating Darwin 200

作者：John R. Pannell

出處：Biology Letters. 2009. 5. 332.

(Link to the article)

摘要：

這篇文章在談生物自交的問題。對生物來說，自交在某些條件下可以確保子代的產生，但是自交衰敗 (inbreeding depression)卻會對子代造成不良影響。達爾文曾經質疑過，世界上到底有沒有完全自交的生物？雖然有些植物被記錄為完全的閉花受粉 (cleistogamy)，但是也有可能只是開放受粉的花朵 (chasmogamy)至今尚未被發現而已。關於這項懷疑，我們可以利用現在的分子技術來檢查這些植物的基因體，看看近期有沒有發生recombination的痕跡來判斷有沒有異交發生。

另外作者提到androdioecy在植物與動物中所代表的意義有所不同，在植物中，一個沒有雄株存在的族群，族群內的兩性株可能自交也可能異交，可是在動物中，沒有雄性存在的族群其成員只能自交，有點類似植物中閉花受粉的族群，而雄性在這邊的角色，就很像開放受粉的花朵...。一樣的問題是，自然界中有沒有長久完全自交的動物族群？牠們會比較有可能滅絕嗎？這些問題有待進一步研究。

補充：

2007年在Botanical Review上有一篇review是專門在談閉花受粉這個主題，我之前在blog有寫一些介紹，大家可以參考一下這篇文章(Link to the article)。

[Book] 科學論文寫作入門

作者：陳為堅

出版社：金名圖書有限公司

(博客來網路書店連結)

心得：

這本書有十二章，每一章都針對論文寫作中需要注意的地方加以論述。作者在解釋一些概念時，常常以自己的生活經驗加以比喻，所以讀起來會比其他類似的書籍親切一些。由於作者是台大公衛系的系主任，因此他在書中列舉的例子常常是公衛或生醫領域的論文，公衛或生醫領域的學生對這本書的內容應該很好吸收，不過即使是其他領域的學生看了也會很有幫助。本書花了許多篇幅講解圖和表的製作，另外也列舉了許多初學者容易用錯的英文用法。最後的附錄提到抄襲或剽竊的問題，值得大家思考。

[Book] 理科英文論文寫作

作者：R. Lewis, N. Whitby and E. Whitby

譯者：劉華珍, 李珮華

出版社：眾文

(博客來網路書店連結)

心得：

本書旨在指引寫作者如何完成論文。全書依討論主題分成五大部分與許多章節，讀者可以依照自己的需要選擇章節來閱讀。除了一些基本的文法錯誤以外，有一些是在討論文章或段落的架構以及句子的寫法，對英文好但是不熟悉怎麼寫論文的人來說應該也有很大的幫助。

[Book] 如何撰寫和發表SCI期刊論文

作者：金坤林

出版社：科學出版社

(博客來網路書店連結)

心得：

本書前半段在描述怎麼寫paper，後半段在教怎麼投稿。內容較偏實際操作時會遇到的問題，至於英文寫作的文法或是詞彙問題，這本書討論的比較少，但是像英文時態以及一些常見的錯誤作者也都有討論。我覺得值得一看。

[Paper] The timing of nectar secretion in staminal and staminodial glands in Lauraceae

作者：J. G. Rohwer

出處：Plant Biology. 2009. 11. 490.

(Link to the article)

摘要：

樟科植物中開兩性花的成員常常具有heterodichogamy的現象，一朵花第一次開放時是雌花期，第二次開放時是雄花期。本文作者發現在這兩次花期中花朵都會產生花蜜，但是花蜜是由不同的構造分泌而來，雌花期時，花蜜是來自於第四輪雄蕊 (staminodial glands)，而雄花期時，花蜜則是來自於第三輪雄蕊 ( staminal glands)。

心得：

看起來這兩種分泌花蜜的構造都只能產生作用一次且作用時間不長，而這些植物在雌花期和雄花期都需要產生花蜜，因此產生這樣有趣的特化。

[Paper] Male sterility, fitness gain curves and the evolution of gender specialization from distyly in Erythroxylum havanense

作者：F. Rosas, C. A. Dominguez

出處：Journal of Evolutionary Biology. 2009. 22. 50.

(Link to the article)

摘要：

本文研究異型花柱的植物演化成雌雄異株的可能性。傳統上，科學家認為受粉者的改變，可能會使異型花柱的植物中某一個類型容易貢獻較多的花粉，另一個類型容易接受較多花粉，這樣的作用可以導致性別分化，最終演化出雌雄異株的植物。除了以上的解釋，還有第二種可能途徑，就是在異型花柱植物中的某一型發生了雄不孕或雌不孕的突變，且該突變型在族群中漸漸取代了原有的類型。由於自交不親和的關係，如果這樣的突變發生，不只會讓原本那一個類型變成單性的，連帶也會直接影響另外一型的性別功能。以上的途徑很類似開完全花的物種經由gynodioecy演化為雌雄異株的途徑，不同的是，後者其族群需要發生至少兩次突變，一次雄不孕另一次為雌不孕，而本文研究的途徑只需要一次突變就有機會產生雌雄異株的植物。

Erythroxylum havanense (Erythroxylaceae)是一種異型花柱的植物，作者發現了族群中存在著某些性別表現的分化，短花柱型中可以找到從開兩性花到完全雄不孕的植株等種種變異。作者測量了 fitness gain curves之後發現喪失雄性生殖功能的短花柱型比起兩性花的短花柱型具有較高的優勢，因此預測E. havanense之後會漸漸演化成雌雄異株的植物。

[Paper] 螞蟻在高山鳥巢蘭中的傳粉作用

作者：王淳秋, 羅毅波, 台永東, 安德軍, 寇勇

出處：植物分類學報. 2008. 46. 836.

(Link to the article)

摘要：

螞蟻傳粉的植物在自然界中很少見，本文報導了一種產在中國四川的蘭科植物『高山鳥巢蘭 (Neottia listeroides)』其主要傳粉者是螞蟻。除此之外，本文也整理了目前已經發表有觀察到螞蟻傳粉現象的植物名錄。

[Paper] Ants Sow the Seeds of Global Diversification in Flowering Plants

作者：Szabolcs Lengyel, Aaron D. Gove, Andrew M. Latimer, Jonathan D. Majer, Robert R. Dunn, Jerome Chave

出處：PloS ONE. 2009. 4. e5480.

(Link to the article)

摘要：

被子植物在白堊紀和第三紀大量分化，與動物的互相影響被認為是主因，例如與受粉者的共演化就是其中一個例子，另外，動物對於被子植物的種子傳播也有重要的影響。過去有學者認為，利用螞蟻傳播種子 (myrmecochory)這項特徵會促進植物的分化。這是因為螞蟻通常會把種子移到利於種子萌發的地方，促使植物滅絕的機率降低，另外螞蟻的傳播種子距離很短，這會使處在很小的地理範圍內的植物族群發生族群內的分化。

本文比較了具有myrmecochory這項特徵的分類群與其sister group的物種數與分化速率，結果以螞蟻散播種子的分類群具有較多的種數與較高的分化速率，作者認為myrmecochory對植物的分化有重要的影響。

悲慘的犯錯科學家

Title: Life after fraud
Source: The Scientist 2009 23:28.
Note:
這是最近一篇有關曾經被判定違反科學倫理案件的人的訪談記錄。文章主要在說一些簽了認罪協定的一些科學家，他們後來的生活。有些違反科學倫理的判例，是申請計畫停權3-5年，理論上之後是可以回復一般人的生活，但是因為現在google太發達，每個人一查都會出現他的犯錯記錄。因此punishment永遠陰魂不散，基本上非常難再找到工作。有意思的是，在回覆的comments中，幾乎一面倒的沒有人同情這些科學家。看來我們真的要非常小心。

註：會看這篇文章，是因為最近又有一個scientific misconduct的新聞，有關阿拉巴馬大學研究人員被發現在8年研究期間實驗作假，所發表的16篇文章，現在都全數撤回(retract)。

The fading field

Title: The fading field - traditional taxonomy
Source: The Scientist http://www.the-scientist.com/article/display/55708/
Note: 這篇有關關心分類學的存續的文章，請有心人參考。

[Review] Ecology and evolution of plant–pollinator interactions

出處: Annals of botany, 2009, Volume 103, Number 9

摘要: 本期Ann bot為plant-pollinator研究的最新整理報導。題目如下, 有興趣者可參考。

Randall J. Mitchell, Rebecca E. Irwin, Rebecca J. Flanagan, and Jeffrey D. Karron

Ecology and evolution of plant–pollinator interactions 

Ann Bot 2009 103: 1355-1363

Kazuharu Ohashi and James D. Thomson

Trapline foraging by pollinators: its ontogeny, economics and possible consequences for plants 

Ann Bot 2009 103: 1365-1378

Jeffrey D. Karron, Karsten G. Holmquist, Rebecca J. Flanagan, and Randall J. Mitchell

Pollinator visitation patterns strongly influence among-flower variation in selfing rate 

Ann Bot 2009 103: 1379-1383

Yoshiaki Kameyama and Gaku Kudo

Flowering phenology influences seed production and outcrossing rate in populations of an alpine snowbed shrub, Phyllodoce aleutica: effects of pollinators and self-incompatibility 

Ann Bot 2009 103: 1385-1394

Robert J. Whelan, David J. Ayre, and Fiona M. Beynon

The birds and the bees: pollinator behaviour and variation in the mating system of the rare shrubGrevillea macleayana

Ann Bot 2009 103: 1395-1401

Randall J. Mitchell, Rebecca J. Flanagan, Beverly J. Brown, Nickolas M. Waser, and Jeffrey D. Karron

New frontiers in competition for pollination

Ann Bot 2009 103: 1403-1413  

Carlos M. Herrera, Clara de Vega, Azucena Canto, and María I. Pozo

Yeasts in floral nectar: a quantitative survey

Ann Bot 2009 103: 1415-1423 

Rebecca E. Irwin

Realized tolerance to nectar robbing: compensation to floral enemies in Ipomopsis aggregata 

Ann Bot 2009 103: 1425-1433

Judith L. Bronstein, Travis Huxman, Brianna Horvath, Michael Farabee, and Goggy Davidowitz

Reproductive biology of Datura wrightii: the benefits of a herbivorous pollinator  

Ann Bot 2009 103: 1435-1443  

Diego P. Vázquez, Nico Blüthgen, Luciano Cagnolo, and Natacha P. Chacoff

Uniting pattern and process in plant–animal mutualistic networks: a review 

Ann Bot 2009 103: 1445-1457

Martina Stang, Peter G. L. Klinkhamer, Nickolas M. Waser, Ingo Stang, and Eddy van der Meijden

Size-specific interaction patterns and size matching in a plant–pollinator interaction web  

Ann Bot 2009 103: 1459-1469

Jeff Ollerton, Ruben Alarcón, Nickolas M. Waser, Mary V. Price, Stella Watts, Louise Cranmer, Andrew Hingston, Craig I. Peter, and John Rotenberry

A global test of the pollination syndrome hypothesis 

Ann Bot 2009 103: 1471-1480  

Nathan Muchhala, Angelica Caiza, Juan Carlos Vizuete, and James D. Thomson

A generalized pollination system in the tropics: bats, birds and Aphelandra acanthus  

Ann Bot 2009 103: 1481-1487  

Boris O. Schlumpberger, Andrea A. Cocucci, Marcela Moré, Alicia N. Sérsic, and Robert A. Raguso

Extreme variation in floral characters and its consequences for pollinator attraction among populations of an Andean cactus 

Ann Bot 2009 103: 1489-1500  

Jeff Ollerton, Siro Masinde, Ulrich Meve, Mike Picker, and Andrew Whittington

Fly pollination in Ceropegia (Apocynaceae: Asclepiadoideae): biogeographic and phylogenetic perspectives 

Ann Bot 2009 103: 1501-1514  

Jannice Friedman and Spencer C. H. Barrett

Wind of change: new insights on the ecology and evolution of pollination and mating in wind-pollinated plants 

Ann Bot 2009 103: 1515-1527 

W. Scott Armbruster, Thomas F. Hansen, Christophe Pélabon, Rocío Pérez-Barrales, and Johanne Maad

The adaptive accuracy of flowers: measurement and microevolutionary patterns 

Ann Bot 2009 103: 1529-1545  

Jeffrey K. Conner, Heather F. Sahli, and Keith Karoly

Tests of adaptation: functional studies of pollen removal and estimates of natural selection on anther position in wild radish 

Ann Bot 2009 103: 1547-1556  

Diane R. Campbell

Using phenotypic manipulations to study multivariate selection of floral trait associations 

Ann Bot 2009 103: 1557-1566  

Johanne Brunet

Pollinators of the Rocky Mountain columbine: temporal variation, functional groups and associations with floral traits 

Ann Bot 2009 103: 1567-1578  

Marcelo A. Aizen, Lucas A. Garibaldi, Saul A. Cunningham, and Alexandra M. Klein

How much does agriculture depend on pollinators? Lessons from long-term trends in crop production 

Ann Bot 2009 103: 1579-1588  

Eric Lonsdorf, Claire Kremen, Taylor Ricketts, Rachael Winfree, Neal Williams, and Sarah Greenleaf

Modelling pollination services across agricultural landscapes 

Ann Bot 2009 103: 1589-1600

[Paper] Evolutionary Conditions for the Emergence of Communication in Robots

作者：Dario Floreano, Sara Mitri, Stephane Magnenat and Laurent Keller 

出處：Current Biology. 2007. 17. 514.
(Link to the article)

摘要： 

      本文作者利用機器人來模擬群體生物中溝通行為的演化。他們將十個機器人放在一塊區域中，這塊區域包含兩個裝置： "food source" (機器人碰到以後會充電)與 "poison" (機器人碰到以後電力會降低)。而他們設計的機器人具有會發光的環，攝影機與模擬神經電路程式，這樣的設計使機器人可以發光，並且在距離很近的時候看到其他機器人的光，而神經電路程式則決定了機器人如何發光與看到光之後如何反應，這些程式也加入了一些允許 "突變 "的機會。在每次的實驗後，他們會選出擁有最多電力的機器人，然後將其程式灌到下一代的機器人，重新開始試驗。簡而言之，他們希望模擬某些動物在自然界覓食，躲避危險等事件並且加入選汰的壓力。

     經過500代以後，某些族群的機器人演化出了互助合作的模式，他們碰到"food source" 或"poison"時會發光通知其他機器人，也有的族群中出現了一些騙子，他們碰到 "poison"時會告訴其他機器人這是 "food source"。

心得：

Supplemental Data

以上的連結可以找到實驗影片，機器人實在太可愛了!!!

以下是一些網站的介紹：

http://discovermagazine.com/2008/jan/robots-evolve-and-learn-how-to-lie

http://www.dailygalaxy.com/my_weblog/2009/05/a-robot-hitler.html

我的介紹太過於簡化了，因為我很多東西都看不懂，大家有興趣自己看看...，總之我的感想是這個實驗很天才。

      

     

[Paper] Complete Primate Skeleton from the Middle Eocene of Messel in Germany: Morphology and Paleobiology

作者：Jens L Franzen, Philip D Gingerich, Jörg Habersetzer, Jørn H Hurum, Wighart Von Koenigswald, B. Holly Smith and John Hawks
出處：Plos ONE. 2009. 4. e5723.  
(Link to the article)

摘要：

     一個研究團隊在德國發現目前保存最完整的靈長類化石，取名為Darwinius masillae，這隻靈長類生活在四千七百萬年前，研究者藉由外型特徵，重現了她的生活史，這可以解答一些人類演化的問題。

[Paper] Hermaphroditic Sex Allocation Evolves When Mating Opportunities Change

作者：Marcel E. Dorken and John R. Pannell
出處：Current Biology. 2009. 19. 514.
(Link to the article)
摘要：
理論預測，在androdioecy或gynodioecy的族群中，兩性株會將資源多投資在與單性株相反的生殖功能上，例如在gynodioecy中，兩性株會加強雄性生殖功能的投資，因為雄性生殖功能越強的兩性株越有機會將其他胚株受孕。
本篇論文的作者以Mercurialis annua這種androdioecious的植物為實驗材料，建立數個實驗族群。半數的實驗族群只有兩性株，另外一半作者將雄株與兩性株的比例大致維持在1:1，這樣的實驗族群維持了三年，每年的作者會收集種子然後建立下一代的實驗族群。他們測量了每個族群內兩性株的雄性與雌性生殖功能，結果發現，三年過後沒有雄株的族群其兩性株投資了較多的資源在雄性生殖功能上，這樣的結果符合作者的預期，也就是當雄株消失時，天擇傾向篩選出雄性生殖功能較強的兩性株。
以下的文章與本篇paper同期，是這篇文章的導讀：
Sex Allocation: Evolution to and from Dioecy
作者：Lynda F. Delph
出處：Current Biology. 2009. 19. R249.

[Paper] Instability of Plastid DNA in the Nuclear Genome

作者: Anna E. Sheppard and Jeremy N. Timmis
出處: PLoS Genetics 2009 5: e1000323
簡介:
Timmis團隊2003年在Nature發表了一篇paper，直接測量了在菸草花粉發育時葉綠體DNA轉移到細胞核的速度；同年Stegemann等人在PNAS發表了在菸草體細胞分裂(無性繁殖)時葉綠體DNA發生轉移的類似實驗；這兩篇paper的Corresponder Timmis和Bock在2008年在BioEssays共同發表了一篇這個主題的review。而Timmis團隊在2008年Plant Physiology的paper中顯示了在雄配子形成時以及體細胞分裂時，產生葉綠體DNA轉移到細胞核的情形較為頻繁。本篇paper延續這系列的實驗，顯示了在這些細胞核裡擁有葉綠體DNA的子代中，有些轉殖株在細胞核裡的葉綠體DNA並不穩定，而會在體細胞分裂或減數分裂時丟失。
相關閱讀：
Nature 2003 422:72-76
PNAS 2003 100:8828-8833
BioEssays 2008 30:556-566
Plant Physiology 2008 148:328-336

[Paper] MORE IS BETTER: THE USES OF DEVELOPMENTAL GENETIC DATA

作者: Lena C. Hileman and Vivian F. Irish

出處: American Journal of Botany 96(1): 83–95. 2009.

年初就已出現的一篇討論花被片演化與B-class gene功能的文章.
再拿來複習一下挺不錯的

[Paper] Defensin-like polypeptide LUREs are pollen tube attractants secreted from synergid cells

作者: Satohiro Okuda et al
出處: Nature 2008 458: 357-362
簡介:
引導花粉管生長的化學引誘劑
本期封面所示為一個花粉管在一種新發現的化學引誘劑LURE1引誘下按“N-形”形狀生長。精確的花粉管引導是開花植物成功受精的關鍵。花粉管引誘劑的概念是十九世紀末提出的，當時人們發現花粉管朝介質上被切除的雌蕊組織的方向生長。2001年，助細胞（英文名synergid cell，其位置在卵細胞旁）被發現分泌一種可溶因子，該因子引導花粉管向胚囊生長。現在，這些花粉管引誘劑終於被識別出來了。助細胞是從名為“藍豬兒”（Torenia fournieri）的植物中分離出來的，這種植物的獨特之處是有一個突出的胚囊。所分泌的引導因子被發現是富含半胱氨酸的多勝，屬於類似防衛素的蛋白，被命名為LUREs。

[Paper] Altered circadian rhythms regulate growth vigour in hybrids and allopolyploids

作者: Zhongfu Ni, Eun-Deok Kim, Misook Ha, Erika Lackey, Jianxin Liu, Yirong Zhang, Qixin Sun & Z. Jeffrey Chen
出處: Nature 2008 457: 327-333
簡介:
雜交優勢的機制基礎
多倍性（或稱整基因組複製）是植物中常見的一種演化創新。幾種主要作物（包括小麥、棉花和油菜）是異源多倍體，含有兩個或多個趨異的基因組，而且一些植物也以種內和種間雜交體的形式存在。這樣的植物會有旺盛的生長現象。對兩種阿拉伯芥植物（Arabidopsis thaliana和A. arenosa.）的雜交體所做的一項研究，為了解雜交體生長能力增強的機制基礎提供了線索。研究表明，生物節律時鐘的表觀基因調製在異源多倍體中調節光合作用通道及澱粉代謝通道中的基因表達。因此，它們比其父輩積累更多葉綠素，產生更多澱粉，而且長得更大。所以，雜交體和異源多倍體植物似乎能通過可逆調整生物節律時鐘調控因子而從生理及代謝通道的控制中獲得優勢，以更好利用白天的時間。

[Paper] Parallel adaptations to high temperatures in the Archaean eon

作者: Bastien Boussau, Samuel Blanquart, Anamaria Necsulea, Nicolas Lartillot & Manolo Gouy
出處: Nature 2008 456: 942-946
簡介:
現代生物的最後共同祖先——“LUCA”
人們對進一步了解“LUCA”很著迷。所謂“LUCA”，是假設存在的最後一個普遍性共同祖先，現存所有生物都是從它繁衍來的。來自距今35億∼38億年前的化石證據很少，所以尋找“LUCA”的人們依靠間接證據來獲取關於“LUCA”的生物信息及環境信息。根據來自現存基因組的基因證據對先祖蛋白序列所做重建表明，“LUCA”所處環境很熱，“LUCA”是嗜熱生物。但核糖體RNA（rRNA）序列過去被認為與一個溫度較低的環境相一致。一種新的“分子溫度計”方法可能已經解決了這一明顯的偏差。利用關於分子演化的最新數學模型對來自數百種現代物種的rRNA及蛋白序列所做分析表明，存在兩個環境溫度變化階段。後來變成“LUCA”的生物先是嗜中溫的，生活在大約60℃的水中，然後適應了較高的溫度（高於70℃），產生了一個嗜熱的共同祖先。隨著之後海洋溫度降低，細菌（Bacteria）和古細菌—真核生物（Archaea-Eukaryota）發生分化。

[Paper] Extinction Risk Escalates in the Tropics

作者：Jana C. Vamosi and Steven M. Vamosi

出處：Plos ONE. 2008. 3. e3886.

(Link to the article)

摘要：

本文作者研究維管束植物在全世界各國的滅絕率，他們發現，地球上緯度越低，也就是越靠近熱帶的地方，滅絕率越高，世界上的大陸型國家都展現類似的趨勢，而對海島型國家而言，不論緯度高低普遍呈現很高的滅絕率。

心得：

這篇論文調查的基本單位是國家，因為通常植物誌調查記載的是每個國家的植物，而在估算瀕危植物上的資料來自IUCN的red list，這份名單也是以國家為單位，也就是說，這種方法目前最小的解析度就只能到國家了，不過有的國家幅員遼闊，每個地區的情況不是均質的，因此會影響到資料的解讀。

在這篇論文的fig 1中，每個國家都被依照滅絕率的高低上色，台灣是最危險的紅色，這樣的訊息值得我們注意。

[Paper] A partial but radical solution to the problem of nomenclatural taxonomic inflation and synonymy load

作者：Alain Dubois
出處：Biological Journal of the Linnean Society. 2008. 93. 857

(Link to the article)

摘要：

作者希望現行的生物分類學命名法規可以做些修改。在目前的二名法系統下，完整的學名包括屬名與種小名，後面加上命名者的名字與命名年份。作者希望取消命名者的姓名，在種小名之後加上命名年份就可以了。這樣做至少有兩個好處，一個是減少學名的長度，二是減少部分同物異名的數量，這是因為某些學者輕率的命名只為了在歷史上留名，本文作者認為只加上命名年份的作法可以適當的停止這樣的作為。

另外作者也提到，即使只加上年份也不會影響後來的科學家查詢文獻，因為只要知道確實的年份，不知道命名者一樣可以找的到原始文獻，反而命名者的名字對資料搜尋的幫助比較小。

以上是這位作者大概的想法，這篇文章刊出之後，立刻也有學者站出來反駁他的意見。請參考以下的文章：

What's in a name? Or a namer's name? A reply to Dubois (2008)

作者：Stephen K. Donovan and Lars W. Van Den Hoek Ostende

出處：Biological Journal of the Linnean Society. 2009. 96. 709.

[Paper] SEP3: the " glue" for MADS box transcription factor

作者：Richard GH Immink et. al.
出處: Genome Biology 25 Feb. 2009
Article URL: http://genomebiology.com/2009/10/2/R24

[Paper] A sheep in wolf’s clothing: do carrion and dung odours of flowers not only attract pollinators but also deter herbivores?

作者： Simcha Lev-Yadun, Gidi Ne'eman, Uri Shanas
出處： BioEssays. 2009. 31. 84.
(Link to the article)
摘要：
某些植物在開花時會產生腐屍或糞便般的臭味，一般認為這些味道是植物用來吸引蒼蠅或甲蟲類的昆蟲幫忙傳份，在這篇文章中作者提出了新的假說，他們認為這些味道除了吸引傳粉者還有別的功能：抵禦草食性動物的威脅。
心得：
這個主意聽起來很有道理，但仍需要一些實驗加以證實。更深入的一些想法是，吸引傳粉者與抵禦動物這兩個功能，在臭味剛演化出現時，哪一個是主要的功能？我覺得吸引傳粉者應該是最先出現的功用，而抵禦動物則是附加的功能。

[Paper] Density-Dependent Regulation of the Sex Ratio in an Annual Plant

作者：Marcel E. Dorken and John R. Pannell
出處：American Naturalist. 2008. 171. 824

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摘要：
本文作者以人工種植的Mercurialis annua族群模擬不同的族群密度，研究族群密度與植株性別比例的關係，他們證實子代族群的性別比例會受到親代族群密度的影響，親代族群密度如果越低，子代族群中雄株的比例也越低，作者認為親代族群的密度會影響兩性株的能量資源分配 (resources allocation)，低密度的環境下，兩性株會產生較多的花粉，這使得兩性株有較大的機會將自身的基因傳遞至下一代。

[Paper] DENSITY-DEPENDENT SELF-FERTILIZATION AND MALE VERSUS HERMAPHRODITE SIRING SUCCESS IN AN ANDRODIOECIOUS PLANT

作者：Sarah M. Eppley and John R. Pannell

出處：Evolution. 2007. 61. 2349

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摘要：
Mercurialis annua是一種大㦸科 (Euphorbiaceae)的植物，性別系統複雜，在歐洲大陸某些地區其族群是androdioecious的，但有些地區族群內卻沒有雄性植株存在。本文作者以人工種植的族群模擬不同的族群密度，證實族群密度如果越低， M. annua的自交比例就越高，這會使得雄株難以入侵密度低的兩性株族群，另外雄株比兩性株有更高的機率散播花粉，除了本身植物產生花粉的數量，作者認為花序的構造也會造成影響，因為M. annua是風媒傳粉的植物，雄株的花序是直立的，兩性株的花序是腋生的，這會讓雄花序散播花粉的能力較高。

[Paper] Associations between floral specialization and species diversity: cause, effect, or correlation?

作者：W. Scott Armbruster, Nathan Muchhala

出處：Evolutionary Ecology. 2009. 23. 159.

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摘要：

       一般認為，被子植物之所以具有很高的多樣性，是因為它們演化出特化的動物授粉系統。很多研究都指出在被子植物中，具有越特化授粉系統 (specialized pollination)的分類群其物種數 (species richness)也越多。之前的假說認為特化的授粉系統會使分類群具有較高的種化速率 (speciation rate)，使物種數增加。本文的作者則提出了新的看法，他們認為特化授粉系統並不是促成物種數上升的原因，反而物種數高才是促使植物演化出特化授粉系統的原因，也就是說，他們提出了一種與之前假說相反的因果關係，這一套假說被稱為Character-Displacement model。作者在這篇論文中舉出先前假說的弱點，並且提出有利於Character-Displacement model的證據。

[Paper] Conflicting selection pressures on reproductive functions and speciation in plants

作者：Asa Lankinen and Mattias C. Larsson

出處：Evolutionary Ecology. 2009. 23. 147.

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摘要：

      本篇文章探討開花植物中，雄性生殖功能與雌性生殖功能會造成不同的選汰壓力，這種性別衝突 (sexual conflict)可能會影響花部的演化，甚至造成種化。

[Paper] Pollination Biology of Jacaranda oxyphylla with an Emphasis on Staminode Function

作者: Elza Guimaraes, Luiz Claudio di Stasi and Rita de Cassia Sindronia Maimoni-Rodella

出處: Annals of Botany. 2008. 102. 699.
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摘要:

Jacaranda oxyphylla是紫葳科 (Bignoniaceae)的植物，開兩性花，花朵具有4枚雄蕊與1枚假雄蕊 (staminode)，假雄蕊比其他雄蕊長且外露，發育良好。本篇論文主要想探討J. oxyphylla的假雄蕊對生殖受粉有無幫助。

實驗結果顯示J. oxyphylla的假雄蕊具有許多trichome，這些trichome會分泌phenolic和terpenoid等化學物質，吸引蜂類前來幫忙傳粉。將假雄蕊移除後，柱頭上由傳粉者帶來的花粉數，與未移除假雄蕊的花朵相比，明顯較少。因此假雄蕊的存在有助於J. oxyphylla的生殖。

[Paper] Chromosome diversity and evolution in Liliaceae

作者: L. Peruzzi, I.J. Leitch and K.F. Caparelli

出處: Annals of Botany 2009 103: 459-475

簡介:

作者參考目前已經發表的相關文獻，將百合科中的217個物種之染色體形態及基因組大小與百合科的譜系關係做個結合，由此推估百合科植物染色體的演化及多樣性。結果顯示，genome size的增加在染色體中呈現一種不對稱的現象，也就是DNA的增添多集中在較短染色體的長臂上，而非之前所認為DNA的添加在所有染色體中是相同的或等比例的。這樣大規模的在整個科中整合核型特徵及譜系關係，有助於我們對於染色體演化的了解。

[Website] Writer's Handbook

Writer's Handbook
美國威斯康辛大學麥迪遜分校開設的網站，幫助大家英文學術寫作的能力。

[Paper] Do flowers wave to attract pollinators? A case study with Silene maritima

作者: J. Warren and P. James
出處: Journal of Evolutionary Biology. 2008. 21. 1024.
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摘要:

     本文作者探討花朵晃動程度 (waviness)是否會影響植物吸引傳粉者，他們選擇的實驗材料是Silene maritima，這種草本植物花朵下方有花梗，而花梗的長短和粗細會有不同的擺動程度，進而使花朵有不同的晃動程度。作者想要研究的問題是晃動的花會不會吸引較多傳粉者？

     實驗證據顯示花太會晃或太不會晃的植株結實率都偏低，適當晃動程度的花才具有最高的結實率，也就是花梗長短適中且偏細的植物最優勢，作者認為他們的實驗顯示花朵晃動程度這項特徵受到穩定選擇 (stabilizing selection)，並且強調過去研究中，花朵晃動程度對植物傳粉的影響可能被低估了。

心得:

    不得不佩服他們的創意...，居然會想研究搖曳生姿能不能招蜂引蝶。

[Paper] Duodichogamy and androdioecy in the Chinese Phyllanthaceae Bridelia tomentosa

作者: Shixiao Luo, Dianxiang Zhang and Susanne S. Renner
出處: American Journal of Botany. 2007. 94. 260.
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摘要:
　　本文作者研究一種葉下珠科 (Phyllanthaceae)植物Bridelia tomentosa的傳粉生物學，B. tomentosa的生殖系統非常特殊，是屬於Duodichogamy的植物。Duodichogamy的定義是族群中植株花期呈現雄花期先，接著是一段雌花期，最後又是一段雄花期(male-female-male)，這種生殖系統很少見，全世界目前只有6種開花植物觀察到這種現象。
　　作者在觀察開花物候之後，發現B. tomentosa族群中大部分植株花期確實呈male-female-male的順序，但是部分植株失去了第一個雄花期，只剩下雌花期和第二個雄花期，更有趣的是，還有部分植株在整個花季只開出雄花，作者連續觀察三年發現這些只開雄花的植株表現都很穩定，因此推測這些植株已經喪失雌花期了。如果這樣的現象其基因表現已經固定了，根據定義，B. tomentosa也同時將是androdioecy的植物。

[Paper] Low conservation of gene content in the Drosophila Y chromosome

作者: Leonardo B. Koerich, Xiaoyun Wang, Andrew G. Clark & Antonio Bernardo Carvalho
出處: Nature 2008 456: 949-951
簡介:
果蠅Y染色體上基因增加遠遠超過基因丟失
染色體組織在演化上基本上是穩定的。在果蠅中，超過95%的基因仍然保留在距今大約6,300萬年前分化的12個物種中的同一染色體臂上。然而，對Y染色體所做的一項研究顯示，黑腹果蠅與Y染色體相關的基因中只有1/4在其他11個所測序的物種中也與Y染色體相關。與以退化及基因丟失為特徵的哺乳動物Y染色體形成對比的是，果蠅Y染色體上的基因增加與基因丟失相比超過10比1。

與之前的理論似乎不符，也許這只是性染色體演化的過程，而不是演化走的大方向。