[Paper] The evolution of selfing in Arabidopsis thaliana

August 30th, 2007 by pai
作者: Tang C, Toomajian C, Sherman-Broyles S, Plagnol V, Guo YL, Hu TT, Clark RM, Nasrallah JB, Weigel D, Nordborg M 2007.
出處: Science 2007, 317(5841):1070-2
說明: 阿拉伯芥是一種以自交為主的植物，但該分類群主要都是自交不親和(self-imcompatibility, SI)的物種，且已知其SI的機制由一個S locus
所控制。本篇作者分析了阿拉伯芥中S locus的序列變異，認為阿拉伯芥變成可以自交，應該不是由一個單一演化事件，即該基因失去功能所引起。

[Paper] The Greening of Plant Genomics

August 30th, 2007 by pai
作者： Elizabeth Pennisi
出處： Science 2007, 317:317
說明：
As the National Plant Genome Initiative turns 10, it is beefing up its bioinformatics and its portfolio of sequenced crop and
noncrop genomes.

[Paper] Three distinct modes of intron dynamics in the evolution of eukaryotes

August 11th, 2007 by aerobe
作者： Liran Carmel, Yuri I. Wolf, Igor B. Rogozin, and Eugene
V. Koonin
出處： Genome Research 2007, 17:1034-1044
說明：
本研究建構了包含19個真核生物物種、391組基因的資料庫，發展了可以重建intron演化的模型(comprehensive probabilistic model)。這個模型推論真核生物最近的共同祖先含有 >2.15 introns/kb，而多細胞生物最近共同祖先則有3.4 introns/kb。而intron-exon構造的演化有三種不同的模式：
一、平衡模式，intron的獲得與丟失成正相關，作用在所有的lineage上；
二、intron丟失的速率提高，在真菌及昆蟲中普遍；
三、intron獲得的速率提高，只在演化樹較深的分支(deep branches)上見到。

[Paper] Evolutionarily conserved genes preferentially accumulate introns

August 11th, 2007 by aerobe
作者： Liran Carmel, Igor B. Rogozin, Yuri I. Wolf, and Eugene
V. Koonin
出處： Genome Research 2007, 17:1045-1050
說明：
真核生物中打斷蛋白質編碼(protein-coding)序列的intron一般被認為是沒有功能的，但許多位置的intron在演化上卻是高度保留的。分析上篇論文資料庫後推論intron的演化包含了中性與演化驅動的元素，各自反應在intron獲得與丟失的速率以及序列的演化上。在演化保留基因中intron的獲得增加、丟失減少，顯示intron的插入可能是適應的，反之intron的丟失可能是有害的。而intron最起碼的功能為對基因表現多樣性的影響。

[Paper] Clues about the ancestral roles of plant MADS-box genes from a functional analysis of moss homologues

August 10th, 2007 by aerobe
作者：S. D. Singer, N. T. Krogan and N. W. Ashton
出處： Plant Cell Rep 2007, 26:1155-1169
說明：
在種子植物中，MICK-type MADS-box 基因對於花部器官的決定是不可或缺的；但在非種子植物中，其功能尚不清楚。本篇文章藉由研究
Physcomitrella patens這個苔類中MIKCC homologues的表現情形，推論MIKCC基因在苔類的形態發生過程中扮演很重要的角色。

[Paper] Chromosomal location and gene paucity of the male specific region on papaya Y chromosome

August 10th, 2007 by aerobe
作者：Qingyi Yu, Shaobin Hou, Roman Hobza, F. Alex Feltus, Xiue Wang, Weiwei Jin, Rachel L. Skelton, Andrea Blas, Cornelia
Lemke, Jimmy H. Saw, Paul H. Moore, Maqsudul Alam, Jiming Jiang, Andrew H. Paterson, Boris Vyskot and Ray Ming
出處： Mol Genet Genomics 2007, 278:177-185
說明：
許多開花植物的性染色體是同型的(homomorphic)，木瓜為其中一種。作者欲找出木瓜的MSY (small male specific region of the hermaphrodite Y (Yh) chromosome)位於何處，並研究其基因組的特性。結果發現MSY位於木瓜Y染色體著絲點(centromere)附近，其序列具
有高密度的retroelement且序列有重複的現象。

[Paper] The floral genome project updated

August 8th, 2007 by jmhu
作者：Douglas E. Soltis, Hong Ma, Michael W. Frohlich, Pamela S. Soltis, Victor A. Albert, David G. Oppenheimer, Naomi S.
Altman, Claude dePamphilis and Jim Leebens-Mack
出處：Trends in Plant Science (2007) 12(8): 358-367. pdf HERE
說明：
這篇有點像是Floral Genome Project這個大計畫的進度報告，也統整了近年有關花的基因演化的研究，並對ABC model做了一些討論。

[Paper] New home for tiny aquatics

作者：Jeffery M. Saarela, Hardeep S. Rai, James A. Doyle, Peter K. Endress, Sarah Mathews, Adam D. Marchant, Barbara G. Briggs & Sean W. Graham
文章出處：Nature (2007) 446: 312-315. pdf here.
說明：
作者發表了可謂繼確認Amborella為被子植物第一個分支之後，最為重大的發現：一個原本放在禾本目的一個小科Hydatellaceae (獨蕊草科)，現在確定是Nymphaeales (睡蓮目)的姐妹群。Hydatellaceae是水生草本，形態上有許多特化，如花部器官的退化等，它的花序由許多單性小花
組成，小方有四個小苞片(下圖b)。但它有許多特徵其實的確與單子葉植物不合。除了它會影響原始被子植物演化的解讀之外，蠻值得注意的是，之前Michelangeli et al. (2003)所發表的Trithuria submersa之rbcL序列，其實是PCR的artefact!它是一個grass和一個moss的chimeric。(所以大家在cloning時要小心啊…)

另外，Else Friis和Peter Crane有一篇介紹在
Nature (2007) 446:269 (pdf)