[Paper] Instability of Plastid DNA in the Nuclear Genome

作者: Anna E. Sheppard and Jeremy N. Timmis
出處: PLoS Genetics 2009 5: e1000323
簡介:
Timmis團隊2003年在Nature發表了一篇paper，直接測量了在菸草花粉發育時葉綠體DNA轉移到細胞核的速度；同年Stegemann等人在PNAS發表了在菸草體細胞分裂(無性繁殖)時葉綠體DNA發生轉移的類似實驗；這兩篇paper的Corresponder Timmis和Bock在2008年在BioEssays共同發表了一篇這個主題的review。而Timmis團隊在2008年Plant Physiology的paper中顯示了在雄配子形成時以及體細胞分裂時，產生葉綠體DNA轉移到細胞核的情形較為頻繁。本篇paper延續這系列的實驗，顯示了在這些細胞核裡擁有葉綠體DNA的子代中，有些轉殖株在細胞核裡的葉綠體DNA並不穩定，而會在體細胞分裂或減數分裂時丟失。
相關閱讀：
Nature 2003 422:72-76
PNAS 2003 100:8828-8833
BioEssays 2008 30:556-566
Plant Physiology 2008 148:328-336

[Paper] MORE IS BETTER: THE USES OF DEVELOPMENTAL GENETIC DATA

作者: Lena C. Hileman and Vivian F. Irish

出處: American Journal of Botany 96(1): 83–95. 2009.

年初就已出現的一篇討論花被片演化與B-class gene功能的文章.
再拿來複習一下挺不錯的

[Paper] Defensin-like polypeptide LUREs are pollen tube attractants secreted from synergid cells

作者: Satohiro Okuda et al
出處: Nature 2008 458: 357-362
簡介:
引導花粉管生長的化學引誘劑
本期封面所示為一個花粉管在一種新發現的化學引誘劑LURE1引誘下按“N-形”形狀生長。精確的花粉管引導是開花植物成功受精的關鍵。花粉管引誘劑的概念是十九世紀末提出的，當時人們發現花粉管朝介質上被切除的雌蕊組織的方向生長。2001年，助細胞（英文名synergid cell，其位置在卵細胞旁）被發現分泌一種可溶因子，該因子引導花粉管向胚囊生長。現在，這些花粉管引誘劑終於被識別出來了。助細胞是從名為“藍豬兒”（Torenia fournieri）的植物中分離出來的，這種植物的獨特之處是有一個突出的胚囊。所分泌的引導因子被發現是富含半胱氨酸的多勝，屬於類似防衛素的蛋白，被命名為LUREs。

[Paper] Altered circadian rhythms regulate growth vigour in hybrids and allopolyploids

作者: Zhongfu Ni, Eun-Deok Kim, Misook Ha, Erika Lackey, Jianxin Liu, Yirong Zhang, Qixin Sun & Z. Jeffrey Chen
出處: Nature 2008 457: 327-333
簡介:
雜交優勢的機制基礎
多倍性（或稱整基因組複製）是植物中常見的一種演化創新。幾種主要作物（包括小麥、棉花和油菜）是異源多倍體，含有兩個或多個趨異的基因組，而且一些植物也以種內和種間雜交體的形式存在。這樣的植物會有旺盛的生長現象。對兩種阿拉伯芥植物（Arabidopsis thaliana和A. arenosa.）的雜交體所做的一項研究，為了解雜交體生長能力增強的機制基礎提供了線索。研究表明，生物節律時鐘的表觀基因調製在異源多倍體中調節光合作用通道及澱粉代謝通道中的基因表達。因此，它們比其父輩積累更多葉綠素，產生更多澱粉，而且長得更大。所以，雜交體和異源多倍體植物似乎能通過可逆調整生物節律時鐘調控因子而從生理及代謝通道的控制中獲得優勢，以更好利用白天的時間。

[Paper] Parallel adaptations to high temperatures in the Archaean eon

作者: Bastien Boussau, Samuel Blanquart, Anamaria Necsulea, Nicolas Lartillot & Manolo Gouy
出處: Nature 2008 456: 942-946
簡介:
現代生物的最後共同祖先——“LUCA”
人們對進一步了解“LUCA”很著迷。所謂“LUCA”，是假設存在的最後一個普遍性共同祖先，現存所有生物都是從它繁衍來的。來自距今35億∼38億年前的化石證據很少，所以尋找“LUCA”的人們依靠間接證據來獲取關於“LUCA”的生物信息及環境信息。根據來自現存基因組的基因證據對先祖蛋白序列所做重建表明，“LUCA”所處環境很熱，“LUCA”是嗜熱生物。但核糖體RNA（rRNA）序列過去被認為與一個溫度較低的環境相一致。一種新的“分子溫度計”方法可能已經解決了這一明顯的偏差。利用關於分子演化的最新數學模型對來自數百種現代物種的rRNA及蛋白序列所做分析表明，存在兩個環境溫度變化階段。後來變成“LUCA”的生物先是嗜中溫的，生活在大約60℃的水中，然後適應了較高的溫度（高於70℃），產生了一個嗜熱的共同祖先。隨著之後海洋溫度降低，細菌（Bacteria）和古細菌—真核生物（Archaea-Eukaryota）發生分化。

[Paper] Extinction Risk Escalates in the Tropics

作者：Jana C. Vamosi and Steven M. Vamosi

出處：Plos ONE. 2008. 3. e3886.

(Link to the article)

摘要：

本文作者研究維管束植物在全世界各國的滅絕率，他們發現，地球上緯度越低，也就是越靠近熱帶的地方，滅絕率越高，世界上的大陸型國家都展現類似的趨勢，而對海島型國家而言，不論緯度高低普遍呈現很高的滅絕率。

心得：

這篇論文調查的基本單位是國家，因為通常植物誌調查記載的是每個國家的植物，而在估算瀕危植物上的資料來自IUCN的red list，這份名單也是以國家為單位，也就是說，這種方法目前最小的解析度就只能到國家了，不過有的國家幅員遼闊，每個地區的情況不是均質的，因此會影響到資料的解讀。

在這篇論文的fig 1中，每個國家都被依照滅絕率的高低上色，台灣是最危險的紅色，這樣的訊息值得我們注意。

[Paper] A partial but radical solution to the problem of nomenclatural taxonomic inflation and synonymy load

作者：Alain Dubois
出處：Biological Journal of the Linnean Society. 2008. 93. 857

(Link to the article)

摘要：

作者希望現行的生物分類學命名法規可以做些修改。在目前的二名法系統下，完整的學名包括屬名與種小名，後面加上命名者的名字與命名年份。作者希望取消命名者的姓名，在種小名之後加上命名年份就可以了。這樣做至少有兩個好處，一個是減少學名的長度，二是減少部分同物異名的數量，這是因為某些學者輕率的命名只為了在歷史上留名，本文作者認為只加上命名年份的作法可以適當的停止這樣的作為。

另外作者也提到，即使只加上年份也不會影響後來的科學家查詢文獻，因為只要知道確實的年份，不知道命名者一樣可以找的到原始文獻，反而命名者的名字對資料搜尋的幫助比較小。

以上是這位作者大概的想法，這篇文章刊出之後，立刻也有學者站出來反駁他的意見。請參考以下的文章：

What's in a name? Or a namer's name? A reply to Dubois (2008)

作者：Stephen K. Donovan and Lars W. Van Den Hoek Ostende

出處：Biological Journal of the Linnean Society. 2009. 96. 709.