[Paper] Nitrogen stress response of a hybrid species: a gene expression study

出處: Annals of Botany, 2011, 107: 101-108

作者: Larry C. Brouillette and Lisa A. Donovan

摘要:

Helianthus anomalus是一種雜交起源的一年生向日葵，根據先前的研究顯示，相較於父母親本，此雜交種可生活於較低肥沃度的土壤當中，也產生相對適應的特徵，包含較低的生長速率與較長的葉子存活時間。cDNA microarray的方式發現此三種物種在不同營養處理下，會有不同的表現情況。已經screen到5個可能參與基因，其中一個的同源基因是阿拉伯芥葉子老化有關的基因-catalase 1。作者認為這樣的研究有助於生活在貧瘠環境的作物基因調控的了解。

[Paper] Sexual dimorphism in resource acquisition and deployment: both size and timing matter

出處: Annals of Botany, 2011, 107: 119-126

作者: Julia Sa´nchez Vilas and John R. Pannell

摘要:

雌雄異株的植物，因為功能性的差別，雌雄個體在生活史或是植物個體的大小也會有不同。本篇文章使用一年生雌雄異株的Mercurialis annua作為研究材料，了解不同性別隨著生長時間的改變，碳與氮對於生長及生殖組織上資源的分配。結果發現在生殖初期，雄株會比雌株分配較多資源，此趨勢到了晚期則會相反。在晚期時，雄株相對而言投資較多部份在根部，但是實際上雌株的根會比較大。研究證實雌雄個體的資源分配，不僅在空間上，在時間上也會有性別分化的產生。

[Review] Using proteomics to study sexual reproduction in angiosperms

出處: Sexual plant reproduction, 2010

作者: Ja´n A. Miernyk • Anna Pretˇova´ • Adela Olmedilla • Katarı´na Klubicova´ • Bohusˇ Obert • Martin Hajduch

摘要：

蛋白質體的研究在過去十年間明顯地增加，不論是在方法學的增進、技術的進步或是機器的靈敏度，都有顯著的成長。本篇review對於樣品製備、gel-based及gel-free的方法以及解釋資料的分析等在植物生殖生物學中的應用，提供了一個簡短的介紹。並且整理了目前利用蛋白質體學研究被子植物生殖的報導（例如在花、雄配子體、自交不親和、種子不孕、胚乳發育、無配生殖等研究結果），以及對於這個方法將來研究的發展與方向提出討論。

[Review] Adaptation genomics: the next generation

出處: Trends in Ecology and Evolution, 2010, 25: 705-712

作者: Jessica Stapley1, Julia Reger1, Philine G.D. Feulner, Carole Smadja, Juan Galindo1, Robert Ekblom, Clair Bennison, Alexander D. Ball, Andrew P. Beckerman and Jon Slate

摘要

此篇review是第一篇整理next generation sequencing(NGS)於genome adaptation應用的文章。現在仍有許多困擾著生態遺傳學家的問題，舉例來說，有多少基因參與適應？當環境狀況改變時，genome適應的改變是否採用已經存在的變異或是必需要有新的突變產生？NGS資料將會協助回答這些難解的問題。

[Paper] Mutational dynamics and phylogenetic utility of noncoding chloroplast DNA

Authors: Borsch T and Quandt D
Source: Plant Systematics and Evolution (2009) 282:169-199.
Note:
The authors studied the mutational dynamics of introns and spacers in plastid genomes. They reviewed some of the well-known markers and the argued the usage of them for phylogenetic analysis. The bottom line is that the structural information is needed to be incorporated.
Also, they put up an erratum in PSE 2010 284:129. There are some mislabeling in Figure 1.

[Paper] Universal primer for chloroplast trnK/matK

Title: Universal primers for the amplification of the plastid trnK/matK region in land plants
Authors: Susann Wicke & Dietmar Quandt
Source: Anales del Jardin Botanico de Madrid (2009) 66:285-288.
Note:
I ran across this small paper talking about new primers for PCR of chloroplast trnK/matK of all land plants. They claimed these work for various land plants. Just try for yourself if you like.

[Paper] An Atlas of Type I MADS Box Gene Expression during Female Gametophyte and Seed Development in Arabidopsis

Authors: Marian Bemer, Klaas Heijmans, Chiara Airoldi, Brendan Davies and Gerco C. Angenent
Source: Plant Physiology (2010) 154:287-300.
Abstract:
Type I的MADS-box基因研究的人比較少，在阿拉伯芥中有61個copies，但是除了PHERES1, AGL80, DIANA, AGL62, AGL23之外，幾乎沒有什麼報導。主要的原因在於大部份T-DNA insertion的mutant沒有什麼phenotype。作者利用系統性的gene expression研究，顯示這些基因大多表現於female gametophyte和早期的seed development。相對於MIKCc-MADS genes，是蠻有意思的比較，也許和世代交替的改變有關連。